Началась самостоятельная, полная событий и переживаний пастырская деятельность. «Я поставил себе за правило сколько возможно искренне относиться к своему делу и строго следить за собой, за своей внутренней жизнью». Эти слова характеризуют всю жизнь отца Иоанна, его цели, устремления, правила и принципы.
Он поставил целью прежде всего заслужить любовь паствы, потому что только ее сердечное отношение может стать прочной поддержкой и утешением в трудном деле священничества. В сердце его сложился образ духовной деятельности: хранить в чистоте совести дары Духа Святого, сообщенные через рукоположение архипастырское; совершать богослужение ежедневно, приносить бескровную Жертву и молиться о верующих; по прохождении земного пути предстать на Страшный Суд Вседержителя и дать отчет о делах не только своих, но и о делах паствы, наставлять которую в деле спасения было ему поручено.
Средоточием христианской жизни отец Иоанн считал молитву. Он, по завету Спасителя, воспринимал храм Господень прежде всего как дом молитвы и призывал людей молиться искренно, сердечно, глубоко, с верой в чудодейственную силу молитвы. «Всегда твердо верь и помни, что каждая мысль твоя и каждое слово твое могут несомненно быть делом». Ему был дан от Господа особый дар – дар помогающей и исцеляющей молитвы. Многих спасла его молитва. Почти ежедневно совершал отец Иоанн Божественную Литургию в Андреевском соборе, где был штатным священником. «Есть люди, для которых Литургия – все на свете», – писал отец
Иоанн. Сам он решился как можно чаще совершать Литургию, а в последние 35 лет своей жизни служил ежедневно, кроме тех дней, когда утро заставало его в пути или когда тяжело болел. Объяснял он это так: «Если бы мир не имел Пречистого Тела и Крови Господа, он не имел бы главного блага, блага истинной жизни – живота не имате в себе (Ин. 6, 53)".
О живительном действии Святых Таин отец Иоанн свидетельствует: «Дивлюсь величию и животворности Божественных Таин: старушка, харкавшая кровию и обессилевшая совершенно, ничего не евшая, от причастия Святых Таин, мною преподанных, в тот же день начала поправляться. Девушка, совсем умиравшая, после причастия Святых Таин в тот же день начала поправляться, кушать, пить и говорить, между тем как она была почти в беспамятстве, металась сильно и ничего не ела, не пила. Слава животворящим и страшным Твоим Тайнам, Господи!»
Слушая наставления отца Иоанна, многие изменяли свой образ жизни, приносили истинное покаяние и с радостью причащались Святых Таин из рук любвеобильного пастыря, получая исцеления от недугов. Люди тянулись к нему сначала десятками, затем сотнями. В Андреевском соборе собиралось до 5–6 тысяч молящихся; ежегодно Кронштадт посещало более 20 тысяч паломников, а позднее их число достигло 80 тысяч. На одной первой неделе Великого поста собиралось до 10 тысяч человек.
Отец Иоанн искренне любил свою паству. Для него не было чужих: каждый, кто приходил к нему за помощью, становился родным и близким. Личной жизни у него не было, но именно в отказе от своей личности ради другого существа и перенесении на него любви и заключается сущность пастырской деятельности.
В то время правительство ссылало в Кронштадт убийц, воров и прочих уголовных преступников. Жизнь ссыльных была ужасна. «Темнота, грязь, грех, – писал современник, – здесь даже семилетний становился развратником и грабителем». «Но нельзя смешивать человека – этот образ Божий – со злом, которое в нем, – учил отец Иоанн, – потому что Божий образ в нем все-таки сохраняется».
Эта среда, которая для обыкновенного работника стала бы бесплодной каменистой пустыней, для отца Иоанна оказалась плодоноснейшим виноградником. Он приходил в землянки и подвалы не на 5–10 минут, чтобы исполнить какую-либо требу и уйти; он шел к живой бесценной душе, к братьям и сестрам, он оставался там часами, беседовал, увещевал, утешал, плакал и радовался вместе с ними. С первых же шагов он заботился и о материальных нуждах бедноты: сам отправлялся в лавочку за провизией, в аптеку за лекарством, за доктором – словом, проявлял попечение, оставляя бедным последние копейки, которых мало имел сам. Уходил он оттуда постоянно радостный, умиленный, с твердой верой в милосердие Божие и надеясь, что Господь пошлет средства для дальнейших благодеяний, помня слова Святого Писания: дающий нищему не обеднеет (Притч. 28, 27).
Добрый пастырь всегда находил случай помочь людям. Кронштадтские жители видели, как он возвращается домой босой и без рясы. Не раз прихожане приносили матушке обувь, говоря ей: «Твой отдал свою кому-то, придет босым».