Близкие к отцу Иоанну лица утверждали, что по согласию с супругой он всю жизнь оставался девственником. Матушка Елизавета, принимая участие в молитвах и благотворениях своего блаженного супруга, никогда не называла его иначе, как «братом Иваном». Он же иногда напоминал ей о своем долге: «Я священник, я принадлежу другим, а не себе. Счастливых семей и без нас, Лиза, достаточно, а мы должны посвятить себя на служение Богу».
В 1862 году открылась в Кронштадте классическая гимназия. Когда пастырю было предложено взять на себя в этой гимназии преподавание закона Божия, то это вызвало в нем неподдельную радость. Обращаясь к учителю, наставляющему юные души в истинах веры и благочестия, отец Иоанн говорит, исходя из личного опыта: «Ты преподаешь детям закон Божий!.. Больше всего берегись делать из Евангелия учебную книгу, это грех. Это значит в ребенке обесценивать для человека книгу, которая должна быть для него сокровищем и руководством целой жизни. Страшно должно быть для совести разбивать слово жизни на бездушные кусочки и делать из них мучительные вопросы для детей». И у отца Иоанна не было неспособных. Его беседы усваивались навсегда как сильными, так и слабыми учениками.
Огромную пользу, радость и утешение для себя получал любвеобильный пастырь, когда ему доводилось помочь людям духовно или телесно, не исключая и той пользы, которую он приносил как педагог-душепопечитель.
В редкие минуты отдыха отец Иоанн брал в руки перо и изливал на бумаге все, чем жила и дышала его душа. «Моя жизнь во Христе» – так называл он свой дневник. «Все содержащееся в нем есть не что иное, как благодатное озарение души, которого я удостоился от всепросвещающего Духа Божия в минуту глубокого к себе внимания и самоиспытания, особенно во время молитвы. Когда мог, я записывал эти благодатные мысли и чувства, и из этих записей многих годов составилась теперь книга».
Вера отца Иоанна была живой, деятельной; она влекла к бедному, нуждающемуся люду, побуждала его помогать бедным не только словом молитвенного и нравственного ободрения, но и материальными средствами. Горя любовью к Богу и ближним, он с самого начала своего священства служил делу благотворения – сначала в малой степени, без определенной системы, давая все, что имел. Он не разбирал, что привело человека к нищете и падению, а подавал потому, что человек нуждался.
В 1874 году он основал при Андреевской церкви православное христианское братство «Попечительство святого апостола Андрея Первозванного».
В 1882 году на многочисленные пожертвования был создан «Дом трудолюбия» с домовой церковью, рабочими мастерскими и мастерскими женскими, вечерние курсы ручного труда, школа и детский сад, загородный летний дом для детей, сиротский приют, народная столовая с небольшой платой, огороды. Сюда многие из бедных обращались с просьбой дать им определенную работу за вознаграждение, которое давало бы им средства для пропитания.
К отцу Иоанну приходили с верой в помощь Божию и, помолившись вместе с ним, исцелялись. Когда отец Иоанн молился, всем казалось, что он видит перед собой Бога и дерзновенно говорит с Ним. Он умолял, упрашивал и даже как бы настаивал, словно, схватившись за ризу Христову, был готов не выпустить ее из рук до тех пор, пока не будет услышан.
Отец Иоанн старался лишь об одном – о спасении вверенных ему душ. «Каждый из людей имеет бессмертную душу, предназначенную для спасения, – говорил он, – люби в каждом человеке эту бессмертную его душу и моли ему спасение, так как без спасения все блага жизни – ничто». Не только в России знали силу молитв отца Иоанна – тысячи трогательных писем и телеграмм присылали ему из Германии, Франции, Испании, Италии, Америки, Индии, Англии, Австрии, Швеции, Португалии, Греции. Отец Иоанн живо откликался на различные просьбы и приглашения посетить болящих в их домах, утешить, помочь или разделить радость какого-либо торжества не только в самом Кронштадте или Петербурге, но и по всей России и за ее пределами.
Во всех испытаниях отец Иоанн прибегал к Богу и к Пресвятой Богородице, и Господь и Матерь Его не оставляли Своего служителя милостью. «15 августа 1898 года, – пишет отец Иоанн, – на Успение Божией Матери, я имел счастье первый раз во сне ясно видеть лицом к лицу Царицу Небесную и слышать Ее сладчайший, блаженный, ободряющий голос: «Милейшие вы чада Отца Небесного». Тогда я, сознавая свое окаянство, смотрел на Ее пречистый лик с трепетом и с мыслью: не отгонит ли от Себя с гневом Царица Небесная? О лик святой и преблагой! О очи голубые и голубиные, добрые, смиренные, спокойные, величественные, небесные, божественные! Я не забуду вас, чудные, дивные очи».