При митрополите Макарии начинается в Русском государстве печатание книг. Первый «Апостол» вышел более чем за полгода до кончины святителя, а в вышедшем после его смерти Часослове (1565 г.) упоминается о его участии: «Благословением преосвященного Макария митрополита всея Руси составися сия штанба сиречь печатных книг дело, во царствующем граде Москве».
На том же Соборе была осуждена ересь Матфея Башкина, не почитавшего Христа Богом и не признававшего церковных Таинств.
Постничество и пребывание в молитве было повседневным правилом митрополита Макария. Об этом пишет современник святителя: «Когда митрополит Макарий в Москве стал жить, правя слово Божие истинное (…) так постился, что от воздержания в пище и питии едва ходил, был кроток и смирен, и милостив ко всем, не терпя гордости и в других ее искоренял со властью, как дитя был умом, оставаясь всегда совершенным».
Митрополит провидел грядущие бедствия Русской земли, которые принесла ей опричнина, учрежденная царем вскоре после кончины Макария. «Грядет нечестие и кровопролитие, и разделение земли». Так и было.
В том же году однажды прислал царь Иван Васильевич к митрополиту Макарию с просьбой передать душеполезную книгу. Макарий прислал ему чин погребения. Разгневался царь и сказал: «Ты прислал мне погребальную, а в наши царские чертоги такие книги не вносятся». Макарий же ответил ему: «Я богомолец твой попросту прислал, по твоему приказу, ведь ты просил книгу душеполезную, а эта всех полезней; если кто ее со вниманием почитает, тот во веки не согрешит».
В середине сентября 1563 года на память мученика Никиты митрополит Макарий совершал крестный ход, вовремя которого простудился и заболел. Вечером он «нача сказывати старцам своим, что изнемогает сильно, тело его студеное со болезнью одержимо есть».
Наступил праздник Рождества Христова, 25 декабря. Жизнь святителя между тем угасала. Он уже не мог сам читать Святое Евангелие, которое всегда ежедневно читал, и теперь по его просьбе ему читали Евангелие разные духовные лица. И вот 31 декабря 1563 года, когда колокол ударил к заутрене, «преосвященный, дивный Святитель и пастырь Митрополии всея Руси предал душу свою в руки Бога Живаго, Его же возлюби от юности своея». Погребен был святитель в Успенском соборе Московского Кремля.
Так окончил свою славную жизнь великий устроитель Церкви Русской митрополит Московский Макарий, и чада российские не забывают забот, трудов и подвигов его. Почитание святителя началось сразу после его кончины, вскоре же появились и первые его иконы. Царь, вернувшись из похода против Литвы в 1564 году, просит перед надгробием святителя благословения, ибо митрополит Макарий еще до похода предсказал ему победу. Иван Васильевич прикладывается к образам святителей Петра, Алексия, Ионы и Макария, «любезно их целоваше».
О личной святости святителя Макария имеется много свидетельств современников: о нем говорили как о постнике, воздержнике, прозорливом и смиренном подвижнике.
Память святителя Макария совершается 30 декабря.