Закончив Тамбовскую семинарию, Василий Богоявленский отправляется в Киев, где в 1870 году поступает в Духовную академию.
По окончании академии в 1874 году В. Н. Богоявленский, проявивший замечательные способности и получивший звание кандидата богословия, был рекомендован на кафедру церковнославянского языка и славянских наречий. Ему предстояла заграничная командировка для усовершенствования в знаниях, а затем ученая деятельность. Но Промыслом Божиим ему был приуготовлен более высокий путь служения Церкви и народу. На кафедру был определен В. Н. Малинин, впоследствии выдающийся ученый, а В. Н. Богоявленский получил назначение преподавателем в родную Тамбовскую семинарию.
31 января 1882 года Василий Никифорович был рукоположен во священника и определен к соборной Покровской церкви г. Козлова; вскоре отец Василий становится настоятелем приходской церкви. В том же году он получает набедренник, а в 1883 году назначается благочинным городских церквей города Козлова и награждается скуфьей.
В Козлове проявились богатые духовные задатки и административные способности отца Василия. Здесь он показал себя и как замечательный проповедник, и как ревностный благочинный. Снискав всеобщую любовь, отец Василий, которого постигло тяжелое горе – потеря жены и ребенка, нашел утешение в этой любви и, посвятив себя служению Церкви, принял иночество с именем Владимира. Постриг состоялся 8 февраля 1886 года. А на следующий день иеромонах Владимир был возведен в сан архимандрита и назначен настоятелем Троицкого монастыря в городе Козлове.
Новую свою должность архимандрит Владимир исполнял всего несколько месяцев. В октябре 1886 года он был назначен настоятелем первоклассного Антониева монастыря в Великом Новгороде, а через два с небольшим года – викарием новгородской епархии в сане епископа Старорусского. Хиротония, возглавленная митрополитом Санкт- Петербургским Исидором, состоялась в Александро-Невской лавре 3 июня 1888 года.
В звании новгородского викария преосвященный Владимир оставался около двух с половиной лет, проявляя редкостную отзывчивость на все духовные и материальные нужды паствы и духовенства. Его отличала простота, общедоступность, любовь к церковной уставности и учительности.
С апостольским усердием святитель Владимир проповедовал Слово Божие, подвигая к тому новгородское духовенство. По отзывам присутствовавших на проповедях владыки, «простая, безыскусная форма речи была согрета огнем такой глубокой искренности, что производила изумительное впечатление, неотразимо увлекая слушателей. Неудивительно, что церковь, где проповедовал владыка, была всегда полна».
19 января 1891 года преосвященный Владимир был назначен епископом Самарским. Весьма непродолжительное (менее двух лет) самарское служение отмечено было снискавшими владыке уважение и всеобщую любовь архипастырскими трудами. Он возбудил перед высшей церковной властью ходатайство об открытии миссии для приведения ко Христу еще не вступивших в церковную ограду; учредил в Самаре «Алексеевское религиозно-просветительское братство», которого сам был почетным председателем; открыл в городской думе бесплатные вечерние чтения религиозного содержания; обратил внимание на развитие и правильную постановку катехизических поучений; устраивал для любителей духовного просвещения чтения в залах семинарии. Особо заботился владыка о распространении церковных женских школ для поддержания роли женщины в русской семье.
Много внимания владыка уделял и благолепию церковного богослужения. Любил служить весьма часто, и даже в самых отдаленных самарских храмах. Предписывал через благочинных вводить ревностное соблюдение канонов богослужения и особо церковного пения и чтения.
Благодаря деятельному участию владыки, который изыскивал средства, в Самаре построено было 10 храмов. Он проявлял постоянную попечительскую заботу о лицах духовного звания, особенно о престарелых, немощных и нуждающихся.
В дни бедствий владыка делал все возможное для облегчения положения народа. Когда в Самарской губернии разразился голод, были учреждены епархиальные комитеты, работавшие совместно с губернскими и уездными властями. При монастырях и состоятельных храмах были устроены столовые и чайные; в школах учащихся кормили бесплатно. Владыка направлял повсюду воззвания о помощи, обращался в Петербург, посылая туда образцы «голодного хлеба».