На верхнем, а фактически первом, этаже (так как описанные выше сооружения находятся на подземном уровне) расположена церковь Александра Невского. Большой резной двухрядный иконостас выглядит непривычно — яркие иконы расположены на довольно большом расстоянии друг от друга, а сам иконостас черный. За иконостасом в верхней части стены — несколько витражей в стиле русского модерна, что тоже выглядит очень необычно для православной церкви. Перед алтарем находится каменный престол византийской базилики времен императора Константина. На стенах висят необычно большие, почти 3-метровые, иконы. В комплекс входит небольшой музей, библиотека, палаты, где раньше размещались паломники.
История Александровского подворья — это часть истории создания «русской Палестины», собирания зданий и земельных участков, приобретенных в пользу России в Иерусалиме и других местах Святой Земли. В истории этой подвижнической деятельности центральной фигурой является архимандрит Антонин (в миру — Андрей Иванович Капустин), человек необыкновенный во многих отношениях. Возглавляя Русскую духовную миссию в Иерусалиме с 1865 по 1894 годы, он оставил такую основу русского присутствия в Святой Земле, на которую опирались все последующие поколения, включая и нынешнее. Мемориальные доски в зале у Судных врат Александровского подворья свидетельствуют о том, что своим энтузиазмом, энергией он пробудил интерес к Святой Земле у самых разных представителей русского общества. Организаторский талант и абсолютная бескорыстность отца Антонина позволили ему преобразовать этот интерес в систему частной спонсорской поддержки (выражаясь современным языком) деятельности по обе-спечению культурного и духовного присутствия России здесь. Его стараниями были приобретены участки в различных частях Святой Земли, на них были построены церкви и монастыри, организованы приюты для паломников, больницы, школы. Вот лишь самое значимое из созданной им «русской Палестины» — участок на вершине Елеонской горы (построен монастырь Вознесения Господня), участок в Гефсимании (построен монастырь святой Марии Магдалины), участок возле Мамврийского дуба (построен монастырь Святой Троицы), участок в Эйн-Карнеме (построен Горний монастырь), участок возле Яффы (построена церковь святого Петра), два участка в Бейт-Джале (простроены школа и женская учительская семинария), участки в Иерихоне, Тивериаде, Вифлееме, Силоаме и Анате. О большинстве из этих мест я напишу в этой главе более подробно.
По подсчетам архимандрита Киприана (Керна), который сам в конце 1920-х годов возглавлял Русскую духовную миссию в Иерусалиме, отцом Антонином было куплено и законно оформлено 13 участков, площадью около 425 000 м2, стоимостью до миллиона рублей золотом, а всего им было сделано около 40 приобретений. К 1917 году российским организациям на Святой Земле принадлежало 70 участков земли с храмами, монастырями, школами, больницами, подворьями, вмещавшими до 10 000 паломников в год. В системе школьного образования православных арабов под российским патронажем находилось около 100 школ, в которых обучалось более 10 000 учащихся и работало 417 учителей.
Во многом благодаря усилиям отца Антонина в 1882 году указом императора Александра III было создано Императорское православное палестинское общество (ИЛІЮ).
Помимо приобретения земельных участков и организации строительства на них, отец Антонин проводил научные изыскания, к которым привлекал известных ученых. На каждом из участков проводились детальные археологические раскопки. Под его руководством были проведены раскопки Александровского подворья, открыты Судные врата и другие исторические памятники. Первоначально на этом месте планировалось поставить здание русской дипломатической миссии. И далеко не все чиновники дипломатического ведомства были рады тому, что им не удалось усесться на столь престижном месте — в нескольких десятках метров от храма Гроба Господня. Найденные во время раскопок вещи составили коллекцию небольшого, но ценного музея. В музей Русского археологического общества и ИППО отец Антонин передал в дар свои коллекции из нескольких сотен греческих, римских и средневековых монет. Научные заслуги отца Антонина были отмечены избранием его членом многочисленных ученых обществ и учреждений России и Европы, и наградами, которые тогда еще вручались за реальные заслуги, а не потому лишь, что награждаемый занимал высокую административную должность и дожил до определенного возраста. Отец Антонин увлекался нумизматикой, астрономией, до глубокой старости писал стихи и рисовал.