Ослабление Ассирии и ее распад задержали гибель Иудеи и даже дали ей возможность распространить свою власть на те ассирийские провинции, которые были образованы ранее на месте Израильского царства. Религиозная реформа ознаменовалась ликвидацией языческих святилищ, искоренением элементов ассирийского культа. Разрушению оказались подвергнуты и традиционные культовые сооружения северных колен. В результате реформ Иерусалим превратился в единственный центр законного богослужения всего еврейского народа.
В 598 г. до н. э. Навуходоносор вторгся в Иудею и осадил Иерусалим. К этому времени Иегоякима уже не было в живых, и на престоле находился его сын Иегояхин. Готовность вассала покориться не удовлетворила вавилонского царя. Он пленил и увел в Вавилонию отборные войска, родовую знать, искусных ремесленников и весь двор во главе с царем. Сокровищница Храма была разграблена. Во главе Иудеи царь Вавилонии поставил дядю Иегояхина, принявшего имя Цидкиягу.
Антивавилонские настроения после жестокого наказания мятежников стали еще более острыми. Их постоянно подпитывало чувство национального унижения – храмовые служители требовали возвращения сокровищ, а пророки предсказывали скорое падение Вавилонии, где иудейские изгнанники также были охвачены верой в близкое освобождение. Иудея восстала, рассчитывая на помощь Египта. Только известный иудейский пророк Иеремия призывал отказаться от крайних мер и смириться с продолжительным вавилонским владычеством, полагая, что восстание будет губительно для государства. Голос Иеремии, обычно столь авторитетный, не возымел влияния на охваченных жаждой мщения соплеменников.
Иудея восстала, а в 588 г. до н. э. Навуходоносор предпринял свой сокрушительный поход. Крепости Иудеи пали, Иерусалим был осажден и сдался после двух лет осады в 587 г. до н. э. Иудейское царство прекратило свое существование. Народ был выселен из пределов Иудеи, за исключением части работников и крестьян, с тем, чтобы не допустить полного оскудения земли. Иудейский царь был ослеплен и в кандалах уведен в Вавилонию. Его сыновья были убиты у него на глазах. Вместо царя Навуходоносор посадил в Иудее своего наместника, который вскоре был убит. Остатки иудейского войска, а также часть населения, избежавшая плена, спаслись бегством в Египет. Иудея, не заселенная новыми поселенцами, на протяжении двух веков оставалась опустошенной и безлюдной.
Пленники в Вавилонии получили земельные наделы, и их поселение осуществлялось сословными и родовыми группами, поскольку ремесла и профессии были наследственными семейными занятиями. Царский дом Иудеи был сохранен в плену и даже пользовался определенным влиянием при вавилонском дворе. Большинство изгнанников было отправлено в Центральную и Южную Месопотамию, которые пустовали со времен войн с Ассирией. Пленники основали там свои поселения, одно из них, наиболее известное благодаря деятельности пророка Иезекииля, получило название Тель-Авив, которое в современную эпоху было присвоено международно признанной столице государства Израиль.
В период изгнания происходит переворот в религиозном сознании евреев, которые рассматривали вавилонское пленение как наказание за грехи отцов, отступавших от истинной веры и вводивших в религиозную практику элементы языческого культа. С этого времени из богослужения не только исчезают ханаанские и сирийско-финикийские культы и обряды, но и сам ритуал подвергается изменениям. Жертвоприношения заменены молитвами и народными собраниями, ставшими прототипами будущих синагог («синагога» по-гречески – «собрание»). Одновременно иудейские изгнанники подпадают под сильное влияние вавилонской культуры – древнееврейское письмо заменяется арамейским шрифтом, принимаются вавилонские названия месяцев года и т. п.
В 539 г. до н. э. Вавилонию завоевывает персидский царь Кир, с именем которого изгнанники из Иудеи связывают возможность возвращения на родину. Эти надежды оказались не безосновательными. Уже в 538 г. до н. э. Кир издал декрет, разрешающий изгнанникам вернуться в Иудею ради восстановления Храма в Иерусалиме. Этот декрет отразил особенности политики персидских владык. Для укрепления своей власти и влияния в покоренных странах и провинциях они считали необходимым опираться на традиционные для них культы, не навязывая собственных религиозных представлений и канонов. Восстановление Храма в Иерусалиме должно было не только возвеличить Кира, но и обеспечить ему поддержку религиозного сословия и народных масс. Это было особенно важно в условиях, когда Персия почувствовала необходимость создания военной опоры на подступах к Египту. Кроме того, Иерусалим воспринимался Киром как типичный для Месопотамии того времени храмовый город-государство. Об этом свидетельствует изданный им декрет, регламентировавший поствоенную жизнь Иудеи и Иерусалима. Израиль и Самария даже не были в нем упомянуты, поскольку столица Израильского царства не воспринималась как религиозный центр.