В этом же году в борьбе между западными императорами, Константином II и Константом, первый был убит, и Констант стал во главе всей За- падной империи. Как и папа Юлий, Констант был против ариан, которым покровительствовал Констанций. К Константу в Трир из Антиохии арианами было послано посольство с новым вариантом Символа веры, в котором говорилось о рождении Сына от Отца «прежде всех веков» и осуждался прежний арианский догмат, что «было время, когда Его не было». Главное же — отрицание арианами единосущности Сына Отцу — было обойдено молчанием. Констант договорился с Констандием о созыве собора, который и состоялся в 343 г. в Сардах (совр. София). Афанасий участвовал в нем, но восточные епископы, которые считали его низложенным, покинули собор и разослали послания своим приверженцам, в том числе Григорию в Александрию. Собор продолжался без них, западные епископы рассмотрели на нем множество жалоб пострадавших от ариан. Был вынесен ряд постановлений о низложении и отлучении, в том числе и Григория, и подтвержден никей- ский Символ веры. В 345 г. Григорий скончался, и Констант обратился к Констанцию с предложением возвратить престол Афанасию, на что Констанций дал согласие. Афанасий отправился из Аквилеи, где он тогда находился, в Рим проститься с папой Юлием, и тот вручил ему послание к духовенству и мирянам Александрии. По дороге в Египет Афанасий заехал в Антиохию и просил Констанция об очной ставке с обвинителями, но император ему отказал.
По пути Афанасий встречал много сочувствующих. Иерусалимский епископ созвал 16 епископов для его чествования, и они тоже вручили ему послание к египетским епископам и мирянам. Афанасий вступал в Египет в торжественной обстановке. По приказу Констанция чиновникам было велено уничтожить в документах все, что там было против Афанасия и его сторонников. Чиновники выезжали навстречу Афанасию за сто миль. Когда он вступил в Александрию, народ ликовал.
В 350 г. в ходе военного бунта, поднятого комитом Магнецием, Констант был убит. Враги Афанасия ободрились; стали поговаривать о возврате к постановлению Тирского собора и низложении Афанасия, но Констанций счел такую спешку неприличной и даже написал Афанасию, что он, во исполнение воли своего покойного брата, будет покровительствовать ему. Между тем, козни противников Афанасия не прекращались; его обвиняли даже в сговоре с Магнецием. В 352 г. папа Юлий скончался, и новый папа Либерий стал получать от некоторых восточных и египетских епископов письма с обвинениями против Афанасия, но оставлял их без внимания. В 353 г. к нему прибыло посольство от египетских епископов и александрийского духовенства во главе с епископом Тмуиса Серапионом, которое привезло заявление восьмидесяти епископов в пользу Афанасия. Папа обратился к императору с просьбой созвать собор. Собор был созван в 355 г. в Милане, и там, по легенде, Констанций, возражая сторонникам Афанасия, произнес: «Моя воля — вот канон!». Он отправил к Афанасию своего нота- рия Диогена с советом удалиться. Афанасий, ссылаясь на имевшиеся у него императорские письма, заявил, что сделает это только по формальному приказу императора. Тогда тот послал в Александрию войско, и в то время как в церкви Феоны, главной церкви Александрии, Афанасий совершал богослужение, в нее ворвались солдаты. Многие из присутствовавших там девственниц были убиты и изнасилованы, людей убивали, давили, топтали. Афанасий оставался на кафедре. Преданным монахам и мирянам удалось вывести его. Но цель была достигнута: ведь добивались не ареста, а удаления Афанасия. Он укрылся в пустыне у монахов.
В 357 г. патриарший престол в Александрии занял избранник императора, арианин Георгий Каппадокийский. Арианство насаждалось всюду силой. Многих епископов изгоняли и заключали в темницу. Подчиненное Георгию войско под командованием манихея Севастиана жестоко преследовало сторонников Афанасия. Из девяноста египетских епископов шестнадцать были изгнаны, тридцать бежали. Сторонников Афанасия из александрийского духовенства ссылали на каторгу, в рудник в Фэно, как это делали с христианами во время гонения Максимина. В городе были запрещены любые собрания, а также собрания христиан на кладбищах за городом. Участников этих собраний, мужчин и женщин, избивали, пытали огнем, заставляя возглашать хвалу Арию и Георгию, многих убивали, ссылали. Георгий, бывший конокрад, пустился в спекуляции, присваивал себе соляные копи, солеварни, взял на себя распоряжение добычей папируса. В 358 г. александрийцы восстали против него, и он бежал. Но оставался Севастиан, и когда сторонники Афанасия пытались вернуть себе церкви, он снова их отбирал.