Между тем, Афанасий продолжал скрываться у монахов в пустыне. Шесть лет полиция безуспешно его разыскивала. Народ был на его стороне. Находясь в изгнании, Афанасий написал ряд трактатов против ариан, Апологию, которую послал Констанцию, и составил жизнеописание своего друга, св. Антония, который в то время скончался.
В 361 г. императорское войско в Галлии, во главе которого стоял двоюродный брат Констанция Юлиан, провозгласило его августом, и он отправился походом на восток. Констанций двинулся ему навстречу, но тяжело заболел и умер. Юлиан стал правителем и восточной части империи. Он объявил себя защитником язычества, велел открыть языческие храмы и совершать жертвоприношения. В историю он вошел как Юлиан Отступник.
Когда Констанций пошел навстречу Юлиану, Георгий вернулся в Александрию. Но как только префект объявил александрийцам о кончине Констанция, народ поднялся против Георгия. Он был заключен в темницу и через месяц, во время нового восстания, убит.
Во дворец императора в Константинополе были призваны представители всех христианских толков, и им было объявлено, что христианство как официальная религия отменяется, но что государство не запрещает никакой толк. Римский историк Аммиан Марцеллин (ок. 330—400), язычник, сторонник политики Юлиана, объяснял эту тактику императора тем, что тот считал, что «не было зверей более страшных, чем христиане по отношению друг к другу». Ту же цель преследовала отмена всех ссылок, к которым приговаривали церковные соборы. Возвращение опальных епископов должно было привести к смутам, поскольку их кафедры были заняты. По распоряжению Юлиана епископы, возвратившиеся из изгнания, занять прежнюю должность не могли. Но в Александрии ко времени прибытия туда Афанасия кафедра оказалась свободной, и он стал исполнять свои обязанности. Разгневанный этим Юлиан велел изгнать его из Александрии, а вскоре —и из Египта. Афанасий скрылся в пустыне. Юлиан запретил христианам преподавательскую деятельность, по отношению к ним чинились беззакония, у них отбиралось имущество. Когда они жаловались, Юлиан издевательски отвечал: «В вашем законе говорится: Кто захочет взять у тебя рубашку, отдай ему и верхнюю одежду. Без имущества вам легче войти в царство небесное». В августе 363 г. Юлиан был убит в сражении.
Преемник Юлиана, Флавий Иовиан, был христианином. Он вызвал Афанасия к себе в Антиохию и встретил его с большим почетом. Затем Афанасий вернулся в Александрию, а Флавий в феврале 364 г. умер по пути в Константинополь, и императором стал офицер его охраны Валентиниан. Он сделал соправителем своего брата Валента, поручив ему управление Востоком. Подобно Константу и Констанцию, Валентиниан стал на сторону никейцев, а Валент — на сторону ариан. Валент издал эдикт, направленный против епископов, изгнанных при Констанции и занявших теперь свои кафедры. Афанасию вновь пришлось покинуть Александрию. В течение четырех месяцев он скрывался в гробнице своего отца. Но популярность его в народе настолько возросла, что император был вынужден уступить настойчивому требованию населения Александрии и восстановить Афанасия в должности. Закончилось его последнее изгнание, и до самой смерти 2 мая 373 г. он оставался на своем престоле.
После смерти Афанасия клир избрал архиепископом его брата Петра. Василий Великий (329—378), архиепископ Кесарии Каппадокийской, один из крупнейший деятелей восточной церкви, и римский папа Дамас тотчас признали Петра. Однако Валент желал, чтобы кафедру занял глава александрийских ариан Лукий. По приказу последнего полиция во главе с префектом в сопровождении толпы ариан ворвалась в церковь Феоны, и вновь в ней, как и 17 лет назад, разыгрались сцены насилия и убийства. Девственниц насиловали, влачили обнаженными по улицам города, убивали. Лукий занял кафедру. Начались преследования недовольных среди священнослужителей и мирян. Их арестовывали, ссылали в рудники. В рудник в Фэно был сосла ндаже посланник папы, прибывший в Александрию, чтобы поздравить Петра по случаю избрания. Все восточные кафедры при Валенте были отданы арианам. Его эмиссар в Египте Магн низложил одиннадцать епископов и выслал их в Палестину. Некоторые из них отправились в Антиохию к императору с жалобой, но тот велел сослать их в Неокесарию — область на севере Малой Азии. Петр бежал в Рим к папе Дамасу.