По декрету Валента монахи были признаны военнообязанными. В монастыри Нитрийской пустыни была послана военная экспедиция с целью захвата монахов. Проводниками солдат стали арианские священники. В результате было схвачено пять тысяч монахов.
Между тем, во Фракии вспыхнуло восстание вестготов, которые поселились там около 376 г., оттесненные гуннами. Предоставив вестготам убежище во Фракии, Валент обещал снабжать их пропитанием, но римская администрация не заботилась об этом, и терзаемые голодом поселенцы восстали. Военные действия приняли настолько серьезный оборот, что Валенту самому пришлось отправиться на войну. То ли предчувствуя опасность, то ли из суеверия он отдал приказ о возвращении из ссылки всех священнослужителей. 9 августа 378 г. в битве с готами римская армия потерпела жестокое поражение, а Валент таинственным образом исчез. Ходили слухи, что его перенесли в хижину, чтобы перевязать раны, а хижина сгорела. Во всяком случае, тело его найдено не было. Император Западной империи Грациан, горячий сторонник православия, подтвердил указ Валента о возвращении священников. Петр поспешил вернуться в Александрию. Едва он там появился, как вспыхнуло народное восстание против ариан, и Лукий был изгнан.
Грациан провозгласил одного из своих военачальников, Феодосия, августом и поручил ему управление Восточной империей; это был будущий Феодосий Великий (379—395). В начале 380 г. он принял крещение от епископа Ахолия, приверженца никейского Символа веры. 27 февраля Феодосий издал эдикт, который предписывал всем исповедовать религию, «которую апостол Петр некогда преподал римлянам, и которой в настоящее время держатся папа Дамас и Петр, епископ александрийский, муж апостольской святости». Все прочие объявлялись еретиками.
После кончины Петра в 380 г. александрийским патриархом был избран Тимофей. В том же году на соборе в Константинополе было осуждено учение константинопольского патриарха Македония, полуарианина, отрицавшего божественность Святого Духа. Тимофей, по отзыву Созомена, был душой этого собора. Преемником Тимофея в 385 г. стал Феофил. При нем произошла знаменитая осада Серапеума, которую, в частности, описал Георг Эберс в своем романе «Сестры».
В Александрии стоял бывший языческий храм, при императоре Констанции перестроенный для арианского богослужения. Феофил занялся переделкой его в православный храм. При этом были обнаружены предметы языческого культа, в том числе дарственные приношения за исцеление в виде изображений разных частей тела, в том числе непристойных. Для обличения язычников Феофил велел пронести изображения по городу. Это вызвало мятеж язычников. Во время уличного боя они были оттеснены и забаррикадировались в Серапеуме, храме Сераписа, в котором находилась гигантская статуя этого бога, как передают, чудо искусства. Этот огромный храм вместе с подсобными строениями стоял на искусственном холме, и к нему вела лестница в сто ступеней. Язычники совершали временами вылазки и захватывали христиан, которых пытками принуждали к отречению; некоторые при этом погибали. О происходящем уведомили императора Феодосия, который не стал карать мятежников, но велел уничтожить культ Сераписа, и статуя была уничтожена.
Преемником Тимофея в 412 г. стал его племянник, Кирилл I Великий. Он приобрел такой авторитет и такую власть, что враги прозвали его «фараоном». Он стал организатором третьего вселенского собора, созванного по поводу несторианской ереси, и председательствовал на нем. Вместе с ним на соборе был и упомянутый выше архимандрит Шенуте, виднейший деятель коптского христианства.
Константинопольский патриарх Несторий утверждал, что Сын Божий только обитал в человеке Иисусе Христе, почему Деву Марию следует называть не Богородицей, а Христородицей. Несторий рассылал свои письма по египетским монастырям. Призыву Кирилла вернуться к православию Несторий не внял, и тогда Кирилл обратился с посланиями к императору Феодосию II (408—450), его супруге Евдокии, его сестре Пульхерии и к папе Селестииу I. По велению императора в 431 г. был созван собор в Эфесе, городе, в котором прошли последние годы жизни Девы Марии. Собор утвердил 12 анафематизм, представленных Кириллом, осудил Несто- рия и вместо него избрал константинопольским патриархом Максимиаиа.