Юстин I (518—527) возобновил преследование монофизитства и насаждение православия, сначала в Антиохии, откуда был изгнан и бежал в Египет монофизитский патриарх Север. Тимофей III, занявший патриарший престол в Александрии в 518 г., в 521 г. был по велению Юстина сослан. Народ безуспешно пытался помешать солдатам исполнить императорский приказ. Многие из сопротивлявшихся были убиты. Пробыв в ссылке три года, Тимофей вновь занял престол, на котором оставался до своей кончины в 536 г., уже в царствование Юстиниана (527—565). Преемником Тимофея стал Феодосий. Император предложил ему принять халкедонскую доктрину, но тот отказался, и император приказал изгнать его. Феодосий бежал в Верхний Египет. Александрийским патриархом решено было сделать Павла, настоятеля монастыря Табениеси, и константинопольский патриарх посвятил его. Но когда Павел прибыл в Александрию, народ назвал его Иудой–пре- дателем и восстал против него. Павел обратился за помощью к императору и, получив необходимые полномочия, иа год закрыл все монофизитские египетские церкви. Тогда александрийцы построили две новые церкви на окраине города.
Юстиниан запретил всем «еретикам» не только занимать государственные и военные должности, но и деятельность в области свободных профессий, таких как адвокатура или преподавание, «чтобы не вводить души в заблуждение». Им запрещалось также свидетельствовать в судах и наследовать имущество. Это было жестоким экономическим притеснением. Фактически большинство монофизитов обрекалось на нищету, и при этом они были обязаны платить прежние налоги. Многие вынуждены были бежать в пустыню, скрываться в монастырях.
После кончины Павла патриархом Александрии по приказу Юстиниана был назначен Аполлинарий, наделенный также и губернаторскими полномочиями. Он явился в церковь с военным отрядом и в своей вступительной проповеди угрожал монофизитам расправой. В ответ раздались крики и полетели камни. Тогда и началась обещанная расправа. После убийств в церкви преследования монофизитов продолжались. Общее число жертв достигло двухсот тысяч, внешнее спокойствие было восстановлено силой. Почти везде епископами были поставлены диофизиты. Монофизитские епископы не могли открыто появляться в Александрии. Избранному ими патриарху Петру IV (576—578) пришлось скрываться в церкви в девяти милях от Александрии, но и оттуда он вскоре был вынужден бежать в монастырь в Табуре. Когда Петр скончался, его преемником стал Дамиан, который пробыл в этом монастыре все последующие 27 лет своей жизни.
В 578 г. императором стал Юстин II. Он хотел предоставить монофизитам свободу, но константинопольский патриарх отговорил его. Преемник Юстина II Тиверий снова склонился к легализации монофизитства. Преследование монофизитов прекратилось. Установилось некоторое равновесие между партиями, но терпимость византийского правительства не могла снять напряжения полностью.
С 619 по 629 г. Египет находился под властью персов. К этому времени почти все его население стало монофизитским, и персы рассматривали эту религию как официальную, а халкедонское учение, напротив, преследовалось. Когда император Ираклий отвоевал Египет у персов, александрийским патриархом по его приказу был назначен диофизит Кир, впоследствии названный арабами аль–Мукавкасом. Совместив в своем лице церковную и губернаторскую власть, он стал преследовать монофизитов. Монофи- зитскому патриарху Вениамину пришлось скрываться в монастырях. По всему Египту Ираклий поставил диофизитских епископов.
В 640—641 гг. военачальник арабского халифа Омара Амр ибн аль–Ас завоевал Египет. Патриарх Вениамин возвратился в Александрию, и преследование монофизитов прекратилось. Для мусульман–арабов все христиане были просто «неверными».
тическое письмо и соответствующий литературный язык были связаны с древней языческой традицией, оторваны от живого языка масс. И сам характер этого письма, приспособленного к традиционной передаче египетских слов и неспособного точно передавать звучание, делал его неприемлемым для записи христианских текстов. При неизбежном заимствовании новых терминов нужно было записывать их таким образом, чтобы читающий мог достаточно точно воспроизвести их в речи. Для этой дели подходило алфавитное письмо, и первые переводчики Писания создали новую систему египетского письма, взяв за основу греческий алфавит и дополнив его знаками для обозначения звуков египетского языка, которые отсутствовали в греческом, стилизовав при этом демотические знаки в духе греческого алфавита. Попытки записать египетский текст греческими буквами делались и раньше, например, в магических текстах, где требовалось точно отразить звучание. Самые ранние попытки восходят к III в. до н. э. Но в каждом случае пишущий пользовался более или менее индивидуальным алфавитом. Первые переводчики Писания выработали единый алфавит, который и называется коптским.