Петр Александрийский был склонен к милосердию по отношению к отступникам. В каноническом послании 306 года условия для принятия отступников были сравнительно мягкими, и это вызвало противодействие со стороны ригористов. Епископ Ликопольский Мелетий возглавил оппозицию. Когда гонения возобновились, Петр и некоторые епископы скрылись, другие были посажены в темницу. Между тем, Мелетий странствовал по Египту, пропагандируя свои взгляды и возбуждая волнения, осуждая послание Петра и рукополагая новых епископов вместо тех, что находились в темнице или в изгнании. Его поведение резко осудили томящиеся в александрийской темнице четыре епископа, которые послали ему суровое письмо. Вскоре они погибли, а Мелетий явился в Александрию, где приобрел двух помощников, Исидора и Ария. Они указали ему, где скрываются заместители Петра, и Мелетий сместил последних, назначив на их место других. Узнав об этом, Петр, в свою очередь, отлучил Мелетия, который вскоре был арестован и сослан в рудники Фэно. Но и в среду христиан–каторжан он умудрился внести раздор. Те разделились на партии, споря друг с другом и проклиная друг друга.
В 311 г. Петр Александрийский был арестован и казнен. Когда солдаты должны были вывести его из темницы на казнь, собралась огромная толпа народа, чтобы этому воспрепятствовать. Опасаясь кровавых столкновений и гибели людей, Петр посоветовал солдатам сделать пролом в стене с другой стороны и вывести его тайком от народа. Так и было сделано, и Петра казнили. В коптской церкви этот семнадцатый александрийский патриарх, Петр I, получил титул «последнего мученика».
После окончания гонений преемникам Петра были возвращены церкви, а мелетиане отделились, назвав себя «церковью мучеников». Среди них находился и Арий, будущий основатель арианства, крупнейшего еретического течения в христианской церкви. Он был отлучен Петром Александрийским, несмотря на заступничества Ахиллы и Александра, ставших один за другим преемниками Петра на патриаршем престоле.
Арий был пресвитером церкви в Бавкалии, районе Александрии, и прослыл аскетом. В 318 г., когда патриархом был Александр, занявший престол после смерти Ахиллы в 313 г., Арий выступил со своим учением, главной идеей которого было то, что Сын Божий не вечен и не единосущен Отцу. Только Бог вечен, все остальные — твари, и Сын, Логос, Слово, был сотворен Богом из ничего, а не из божественной сущности. Бог усыновил его, предназначив ему стать Спасителем. Логос является душой в воплощенном Христе, который, в свою очередь, сотворил Духа Святого. Арий вел энергичную пропаганду своего учения, сочинял песни, выпустил сборник «Пир». Он приобрел много сторонников в Египте и за его пределами, среди которых был даже Евсевий Кесарийский. Александр осудил учение Ария и собрал египетских епископов для обсуждения этого вопроса. Их было около ста, и только двое оказались на стороне Ария. Эти двое, сам Арий, а также шесть александрийских пресвитеров и шесть диаконов были низложены. Они покинули Египет и прибыли в Кесарию, где во главе церкви стоял Евсевий. Он рассылал послания к епископам в поддержку Ария. На соборе, созванном сторонниками Ария в Вифинии, Евсевий объявил, что отлученные должны быть вновь приняты в лоно церкви, и требовал от Александра отменить отлучение, но тот отказался. Все же Арий со своими сторонниками вернулся в Египет. В Александрии возникла смута, начались стычки между сторонниками и противниками Ария.
Император Константин, считавший спор чисто богословским, написал письмо, в котором, обращаясь к Александру и Арию, призывал их к согласию и миру. Посланник императора, доставивший письмо в Египет, убедился, что о мире не может быть и речи. Тогда Константин решил созвать собор.
В 325 г. на собор в Никею съехалось более 300 епископов. Собор подтвердил приговор, вынесенный Александром, и провозгласил Символ веры, в котором заявлялось, что Сын не сотворен и единосущен Отцу. На соборе был рассмотрен и вопрос о мелетианском расколе. Признав Мелетия виновным, собор решил оставить мелетианский клир при исполнении обязанностей, слив его с клиром Александра, а самому Мелетию сохранить звание епископа, воспретив ему пастырскую деятельность. На Никейском соборе Александр присутствовал в сопровождении своего диакона Афанасия, будущего св. Афанасия Великого, который произнес речь, оказавшую на собравшихся большое впечатление.
Афанасий (295—373) родился в языческой семье, получил греческое образование, но обучался также у александрийских духовных наставников и посещал в пустыне св. Антония. Был сначала чтецом, затем диаконом у Александра. После смерти последнего в 328 г. стал александрийским патриархом. Его продолжительное пастырство было насыщено борьбой с ме- летианами и арианами, интриги которых навлекали на него императорский гнев. Пять раз Афанасию приходилось отправляться в изгнание.