После Никейского собора мелетиане присоединились к церкви Александра, но Афанасий, став патриархом, поставил для принятия их в церковное общение условия, показавшиеся им слишком жесткими. В императорской резиденции Никомидии был епископ Евсевий, друг и покровитель Ария. Сосланный после Никейского собора Арий в 328 г. вернул себе расположение императора и добился того, что Константин потребовал от Афанасия принять в церковное общение всех желающих, угрожая ему в противном случае высылкой из Александрии. Афанасий покинул Александрию, отправив императору оправдательное письмо. Но мелетиане обрушились на Афанасия с обвинениями, что он якобы наложил на египтян оброк в виде льняных стихарей, что по его приказанию была разбита чаша в церкви в Ма- реоте, что он послал деньги человеку, злоумышляющему против императора. Константин пригласил к себе Афанасия для объяснений. Последнему удалось оправдаться, и он возвратился в Александрию. Затем Константин вызвал и Ария. Тот представил императору исповедание своей веры, которое подправил таким образом, чтобы оно не вступало в явное противоречие с никей- ским Символом веры. Константин решил, что теперь возможно воссоединение ариан с александрийской церковью, но Афанасий наотрез отказал в этом.
Тогда вновь выступили мелетиане с лживыми обвинениями. Спрятав меле- тианского епископа Арсения в одном монастыре, они заявили, что Афанасий отрезал ему руку, а затем умертвил. По этому делу был объявлен собор в Кесарии, который, однако, не состоялся, так как Афанасию удалось открыть убежище Арсения, и тот письменно просил прощения. Мелетианский епископ Иоанн Архаф внешне примирился с Афанасием и был приглашен императором ко двору. Он воспользовался этим, завязав знакомства и вступив с арианами в союз против Афанасия. Императору была подана мысль, что пора покончить с распрями в Египте и созвать собор для решения вопроса.
В 335 г. в Тире был созван собор, и Афанасий был вытребован на него. Все враждебно настроенные епископы объединились против Афанасия. Обнаружив, что хорошего здесь ждать нечего, он отправился в Константинополь к императору. Собор, между тем, низложил Афанасия, запретил ему пребывание в Египте и принял в общение мелетианского епископа Иоанна и других мелетианских епископов. Решение собора было направлено императору, александрийской церкви и всем епископам. Затем собор переехал в Иерусалим на празднование освящения храма Гроба Господня, воздвигнутого Константином. Там же на заседании собора был принят в общение Арий со своими сторонниками, и постановление об этом было отправлено епископам и александрийской церкви.
Между тем, в Константинополе император, выслушав жалобу Афанасия, вызвал членов собора. Противники Афанасия, в том числе Евсевий Кеса- рийский, обвинили его в том, что он якобы хотел помешать подвозу хлеба из Египта в Константинополь. Для Константина это был вопрос особой важности, и он, не желая выслушивать оправданий Афанасия, сослал его в Галлию, в Трир, а Арий остался при дворе. Согласно постановлению собора его можно было теперь принять в лоно церкви, и император предложил совершить акт принятия константинопольскому епископу Александру, который сам был против этого. Однако в 336 г. Арий умер, а в следующем году скончался и Константин.
Сыновья Константина решили вернуть всех сосланных епископов. Старший, Константин II, освободил Афанасия, в особом послании известив александрийскую церковь, что он выполняет таким образом волю покойного отца. В 338 г. Афанасий вернулся в Александрию и был с восторгом принят паствой. Второй сын Константина, Констанций, получивший при разделе восточную часть империи — Фракию, Азию, Константинополь и Египет, был сторонником ариан. Александрийские ариане начали борьбу против Афанасия. Они повезли в Рим к папе Юлию протоколы Тирского собора, чтобы доказать, что пребывание Афанасия на патриаршем престоле незаконно, поскольку он был низложен. Афанасий со своей стороны послал в Рим соборное послание от имени египетских епископов. Ариане просили папу созвать собор. Тем временем враг Афанасия Евсевий Никомидийский (Евсевия Кеса- рийского уже не было в живых) со своими сторонниками из свиты Констанция рукоположил в сан александрийского патриарха каппадокийца Григория, который прибыл в Египет в 339 г. Назначение нового патриарха без избрания его епископами в Александрии вызвало возмущение христиан. В церквях там служили пресвитеры Афанасия, теперь же Григорий с отрядом полицейских стал отбирать церкви и арестовывать сторонников Афанасия. Начались народные волнения. Тогда Афанасий, находившийся в то время в одной из церквей, чтобы избежать смуты, удалился из Александрии и отправился к папе в Рим, куда прибыло также множество низложенных и изгнанных восточных епископов. На соборе в 340 г. папа Юлий объявил Афанасия свободным от обвинений.