Поручение издателя увлекло Манеса. Он подошел к иллюстрированию рукописи с идеей воплотить в обобщенной художественной форме представления чешского народа о славных страницах своей героической истории.
По сравнению с другими иллюстрациями рукописи, появившимися к сорокалетнему юбилею, выполненными в гравюре на меди по рисункам чешских художников Свободы и Тренквальда в Вене (гравированными Шмидтом) в чисто немецком духе - суховато, сентиментально и скучно, иллюстрации Манеса воспринимаются как работа значительно более глубокая и национальная по замыслу и решению.
Он много работает над изучением исторических документов, читает археологические исследования, делает в музее зарисовки с памятников материальной культуры, одежды и убранства далекого прошлого. Одновременно Манес изучает и копирует знаменитые старинные чешские миниатюры и орнаменты - все то, что могло бы ему помочь при иллюстрировании народного эпоса.
Метод работы Манеса, как всегда, был длителен и необычайно тщателен. Эрбен писал: «…Манес работает очень медленно, или, точнее сказать, работает слишком добросовестно. Когда что-то уже готово, он часто это уничтожает и начинает сызнова; он хочет, чтобы эта работа была его шедевром». Листы Манеса к рукописи получили высокую оценку современников. Божена Немцова писала: «… какие это прекрасные иллюстрации, их делал Манес!»
Может быть, не все одинаково равноценно в работе художника. Различна и степень законченности иллюстраций. Однако всегда мастер старается их тесно слить с текстом, строго продумывая композицию каждого листа. Иногда иллюстрации решаются как обрамление текста, иногда соединяются с орнаментальными украшениями. Сам Манес так пишет о методе своей работы: «Работаю над каждым предметом, если уже за него взялся, со всей возможной тщательностью, поэтому я более медлителен, чем другие, которые, рассчитывая на то, что имеется много дилетантов, превращают свое искусство в торговлю. Я допустил большую- ошибку, пообещав быстрое исполнение порученной мне задачи, она заслуживает строгого наказания, так как я раньше должен был знать, какое плохое впечатление оказывает на всех невыполнение определенного задания, и лишь любители искусства иногда и без определенной законченности могут понять особенности, присущие художнику…» Естественно, что при таком замедленном методе работа сильно затянулась. Издатель Бельман порывает со своим иллюстратором. В свет вышел лишь один выпуск издания, да и то спустя много лет. Однако сохранились многочисленные рисунки. Здесь встречается и множество эскизов - первоначальных набросков, эскизов с более проработанным решением иллюстраций, штудий натуры, драпировок и т. п. и, наконец, законченных рисунков,- которые должны были уже без изменения быть перенесенными с бумаги на клише.
Среди всех этих работ самыми живыми, непосредственными и сильными воспринимаются первоначальные эскизы. Рисуя пером по предварительному наброску, сделанному тушью, Манес подчеркивает большие тени, противопоставляя им яркие освещенные места. Эскизы иллюстраций к героическим поэмам «Забой и Славой», «Забой на скале», «Забой в долине», «Забой и Славой в бою с Людеком», «Забой и Славой на поле битвы» решены необычайно живо, полны динамики и яркой выразительности.
Высится скала из чернолесья,
На скалу выходит сильный Забой,
Все края кругом он озирает…
От краев тех дух в нем замутился…
поется в песне, и ее эпическое звучание подхватывается в рисунках, от которых веет могучей силой подвига этого народного сказителя. Персонажи Манеса - мужественные и отважные витязи, подлинные герои древнечешских преданий. Если иллюстрации к поэмам «Краледворской рукописи» исполнены героического пафоса и мужественной силы, то иллюстрации к народным песням той же рукописи решены в более лирическом плане. Особенно удавшимися следует считать эскизы иллюстраций к песням «Горсть цветов», «Сирота», «Жаворонок».
Помимо иллюстраций к «Краледворской рукописи» и народным песням, Манес в 50-х годах создает карикатуры и литографии бытового характера, рисунки на веерах, в письмах и т. д. Он полон творческих замыслов, мечтает о работе над монументальными полотнами, однако в условиях того времени их было почти невозможно осуществить и художник вынужден был много работать над заказными композициями («Утро», «Вечер», 1857) и портретами.
К 50-60-м годам относятся наиболее яркие работы мастера в области портретного жанра. Его портретные рисунки этого времени приобретают характер классической ясности и законченности. Штриховая моделировка, ложащаяся по форме, пластически лепит объем. Тщательность отделки рисунков отнюдь не лишает их непосредственности и первоначальной свежести. Таковы отличные портреты К. Гайловой (1855) и Каролины и Франтишки О'Хегертовых (1856), головка девочки (около 1861) и многие другие.