По справедливому замечанию Куманева, в не менее напряженных условиях прошла эвакуация и в республиках Прибалтики. В первые дни войны, несмотря на непрерывные налеты вражеской авиации и действия диверсантов, железнодорожники и рабочие коллективы предприятий Риги, Елгавы, Вентспилса, Даугавпилса и других грузили в 4–5 раз больше вагонов, чем обычно. В работу по эвакуации включились и транспортные суда, расположенные вдоль Балтийского побережья. Недостаток времени и быстрое продвижение вражеских войск не позволили эвакуировать из этого региона страны много материальных ценностей. Не было вывезено оборудование ряда предприятий металлообрабатывающей, цементной, текстильной промышленности, в частности Рижского электротехнического завода, Кренгольмской и Балтийской мануфактур и др. Эвакуация дольше всего продолжалась в Эстонской ССР, где непосредственные боевые действия развернулись несколько позднее. Она началась по решению Комитета обороны республики в конце июня 1941 г. В соответствии со срочно разработанным планом эвакуации в первую очередь было полностью вывезено оборудование и часть основных производственных кадров машиностроительного завода «Красный Крулль», завода № 463 и завода радиоаппаратов «Радио-Пионер». С 15 июля по решению того же Комитета демонтаж производственного оборудования на заводах и фабриках Эстонии был приостановлен, а часть предприятий даже установила это оборудование и приступила к работе по выполнению военных заказов. Перевозки по Эстонской железной дороге были прекращены лишь после того, как 7 августа 1941 г. противник захватил станцию Раквере, перерезав тем самым основную линию Таллин — Нарва. На западном участке перерезанной линии осталось более 1 тыс. вагонов и 40 паровозов. В эвакуационном отчете Совнаркома Эстонской ССР отмечалось, что «условия эвакуации были крайне тяжелые из-за нехватки железнодорожного подвижного состава и больших потерь вследствие бомбежек при перевозках морским транспортом. Мобилизация в армию и на фортификационные работы вызвала острый недостаток в рабочей силе при погрузочно-разгрузочных работах». И всё же за время эвакуации удалось перебросить в тыл значительную часть людей и материальных ценностей: около 13 тыс. единиц различного производственного оборудования предприятий республики, 65 паровозов и мотовозов, более 6 тыс. единиц электрооборудования, 750 тыс. кв. м хлопчатобумажных тканей и т. п. на сумму свыше 600 млн. рублей.
Согласно постановлению Военного совета Северо-Западного фронта от 28 июня 1941 г. началась эвакуация из Ленинграда и области. В первую очередь по указанию местных партийных и советских организаций стали вывозиться старики и женщины с малолетними детьми. Одновременно был организован вывоз ленинградских архивов, импортного оборудования, уникальных станков, агрегатов; началась разгрузка города от ряда оборонных предприятий. В начале июля Отделом военных сообщений штаба главнокомандующего Северо-Западным направлением совместно с начальниками военных сообщений Северного и Северо-Западного фронтов был составлен декадный план эвакуации военного имущества и различных материальных ценностей с территории фронтов. Этот план предусматривал погрузку 600 вагонов в сутки. Как отмечал в своих мемуарах М. Д. Опендик, работавший начальником службы движения Октябрьской железной дороги, погрузка оборудования ленинградских заводов и фабрик проходила тогда «не совсем организованно. Это объяснялось отсутствием не только достаточного опыта, но и приспособлений для погрузочных работ. И все же на грузовые и сортировочные станции Ленинградского железнодорожного узла, на подъездные пути фабрик и заводов подавались тысячи вагонов и платформ». Массовая же эвакуация ленинградских промышленных предприятий и населения по решению ГКО от 11 июля 1941 г. развернулась после того, как противник овладел Псковом и вышел к р. Луге. Работа Ленинградского узла резко осложнилась. Значительно возрос поток эшелонов с грузами из Прибалтики, со станций Карельского перешейка и других районов. Ход эвакоперевзок находился под контролем заместителя председателя Совнаркома СССР А. Н. Косыгина, направленного в Ленинград в качестве уполномоченного ГКО. В первую очередь вывозилось оборудование тех оборонных предприятий, которые не могли в создавшихся условиях выпускать продукцию. Решение ГКО о перемещении в тыл Кировского и Ижорского заводов было вынесено 26 августа 1941 г., однако через два дня по указанию ГКО их вывоз был временно остановлен. В то же время демонтаж и эвакуация других ленинградских предприятий продолжались. Но 29 августа 1941 г. враг перерезал последнюю железнодорожную линию. 8 сентября замкнулось кольцо блокады, и эвакуировать в тыл многих ленинградцев, а также материальные и культурные ценности полностью не удалось. К этому времени из города Ленина было эвакуировано, согласно оперативным сводкам НКПС (с 29 июня по 26 августа включительно), 773 590 человек (в том числе беженцев из Прибалтики и Карело-Финской ССР) и десятки крупных предприятий. Вывоз из Ленинграда населения и оборудования возобновился воздушным путем и через Ладожское озеро, которое использовалось для этой цели и в зимние месяцы. Как сообщал в ГКО Косыгин, только с 22 января по 11 апреля 1942 г. из Ленинграда по льду Ладожского озера удалось переправить на автомашинах и специально оборудованных товарных вагонах 539 400 человек.