Всё возраставшая угроза советской столице вызвала необходимость проведения эвакуации также Москвы и Московской области. Так, уже в первые недели войны развернулась подготовка к перебазированию из столицы на восток двух заводов наркомата судостроительной промышленности. Одновременно была начата довольно широкая эвакуация населения. Следует учесть, что с конца июня через Москву, как важнейший транспортный узел, стал проходить большой поток беженцев из западных районов СССР, На пути этого потока наркоматом внутренних дел были организованы заслоны железнодорожной милиции, которая на близко расположенных к столице станциях вела строгую проверку всех прибывавших лиц. Только в течение одной недели — с 28 июня по 4 июля 1941 г. — ею было задержано для проверки 49 730 человек, из них оказались арестованными по разным причинам — 2116 человек. Одновременно органы милиции изъяли 29 пулемётов, 1026 винтовок, 1260 пистолетов, 223 боевые гранаты, свыше 47,2 тыс. патронов и др. По данным Пассажирского управления НКПС, с 29 июня по 29 июля специальные эвакопоезда вывезли из Москвы 959 530 человек (включая беженцев из прифронтовых областей). Быстрое приближение линии фронта потребовало форсировать эвакуационные мероприятия. 26 июля 1941 г. Совет по эвакуации вынес решение об ускорении эвакуации гражданского населения столицы. Наркомату путей сообщения было предписано с 26 июля по 2 августа ежедневно эвакуировать не менее 64 тыс. человек. Более широкие масштабы эвакоперевозки из Москвы и Московской области приняли в осенние месяцы 1941 г., когда гитлеровское командование начало операцию «Тайфун» — генеральное наступление на советскую столицу. «Ввиду неблагополучного положения в районе Можайской оборонительной линии» ГКО вынес 15 октября постановление «Об эвакуации столицы СССР г. Москвы». На 12 декабря, по данным 24 наркоматов, эвакуацией было охвачено 523 предприятия Москвы и Московской области. На 10 декабря вместе с предприятиями удалось переместить в тыл 564 248 работников промышленности и членов их семей. Общее число эвакуированных москвичей достигло 2 млн. человек.
Как отмечает Куманев, несмотря на чрезвычайные трудности, перемещение производительных сил в тыловые районы страны в 1941 г. прошло в целом слаженно и в основном в соответствии с намеченными сроками. Из прифронтовой зоны в течение второго полугодия 1941 г. на восток только по железным дорогам, согласно сводкам НКПС, было вывезено 2593 промышленных предприятия. Однако эти данные нельзя считать сколько-нибудь полными, хотя в отечественной военной историографии и сегодня их постоянно используют в качестве итоговых и даже гордятся ими. Куманев справедливо замечает, что значительную часть перевезённых на восток промышленных объектов составляли нигде не учтенные так называемые бездокументные грузы, спасенные от врага зачастую в «последний час». Между тем на подвергшейся оккупации территории СССР накануне войны действовало 31 850 крупных и средних предприятий. То есть 2593 эвакуированных предприятия составляли лишь ничтожно малую долю из действительно переброшенных и быстро восстановленных в интересах фронта в глубоком тылу производственных мощностей. Однако если бы в восточные районы страны было переведено только 2593 предприятия из 31 850, то никакой военной перестройки советской экономики не получилось бы. Хуже того. Советский Союз войну проиграл бы. Следовательно, вполне закономерно и обоснованно вести речь о куда более масштабной переброске на восток промышленных предприятий, нежели постоянно фигурирующие в исследованиях 2593 предприятия. Хотя бы потому, что производство оружия и боевой техники того периода требовало густой сети весьма разветвленных кооперационных связей между предприятиями. Без этого оно было бы невозможно. Тем более что многочисленные факты и документы свидетельствуют, что в районы новой военно-промышленной базы страны, где создавалось оружие Победы, действительно удалось перебросить подавляющую часть предприятий оборонного комплекса и их оборудования. Без этого не был бы возможен рост производства оружия, боевой техники и боеприпасов уже в 1942 г.
Наиболее полно было перебазировано оборудование военных, машиностроительных, металлообрабатывающих) алюминиевых, химических предприятий, а также турбогенераторы электрических станций, чему помимо других факторов способствовала сравнительная легкость демонтажа и транспортировки этих видов оборудования. В меньшей степени ввиду громоздкости, ограниченности времени и транспортных средств удалось перебросить в тыл котельное оборудование электростанций и основные фонды горной, металлургической и коксовой промышленности, которые в большей своей части состояли из крупных сооружений (шахты, мартеновские и доменные печи, коксовые батареи и т. п.). Лишь в некоторых случаях имела место полная эвакуация металлургических сооружений. Так было, например, при перемещении двух доменных печей Новолипецкого металлургического завода, которые удалось разобрать на части, перевезти на Урал и здесь использовать во время сооружения нового металлургического завода. Из прокатного оборудования в ряде случаев пришлось ограничиться переброской лишь особо важных и технически современных агрегатов.