В то же время Куманев справедливо замечает, что все это, конечно, не означало, что эвакуация советских граждан с самого её начала протекала гладко и слаженно. Срочно поднять миллионы людей с «обжитых мест», организовать их погрузку, перевозку и обеспечить размещение в тылу было чрезвычайно сложно. Как и во всяком большом деле, да к тому же без соответствующей подготовки, здесь в разное время было немало неполадок. Тут и отсутствие транспортов, длительное простаивание ряда эшелонов на некоторых станциях (нередко из-за нераспорядительности местных властей или ответственных лиц), перебои со снабжением продуктами питания, кипятком, потери родных в пути следования, кражи вещей эвакуируемых, отсутствие оперативной медицинской помощи и т. п. Однако, как свидетельствовали впоследствии сами участники событий и многочисленные документы, эти недостатки все же не носили массового характера. С ними боролись, их преодолевали весьма решительно и последовательно по законам военного времени. Имели место и упущения другого рода, во многом связанные с отсутствием необходимого опыта при проведении столь масштабного перебазирования.
Погрузка эвакуационных грузов на станциях и узлах западноевропейской части СССР зачастую распылялась, что затрудняло быстрое формирование эшелонов. Точные направления продвижения эвакопоездов и конечные пункты их следования были указаны в большинстве случаев только для пассажирских составов. Новые места размещения многих предприятий первоначально устанавливались самими наркоматами. Они нередко планировали или чрезмерно дальнюю переброску некоторых грузов (в Сибирь и даже на Дальний Восток), или в районы ближайшего тыла, которые вскоре сами становились зоной боевых действий. Бывали случаи, когда вместе с эвакогрузами в глубокий тыл без всякой надобности отправлялись вагоны с боеприпасами и вооружением, предназначенные для действующей армии. И все же в целом грандиозная операция по перемещению в тыл целой индустриальной базы страны, включая огромные людские контингенты, принимала все более планомерный и целеустремленный характер. Советом по эвакуации был выработан твердый порядок планирования и организации эвакуационных перевозок. Наркоматы заблаговременно представляли в Совет по эвакуации заявки по каждому предприятию, подлежавшему перебазированию в тыл. В них содержалось требуемое число и тип вагонов (крытых, полуплатформ, цистерн, полувагонов и т. п.). «Ночью еду по темной Москве в Кремль, в Совет эвакуации, „выбивать“ эшелоны под погрузку, — вспоминал нарком авиационной промышленности военных лет А. И. Шахурин. — Докладываю, сколько погрузили за день и сколько нужно на завтра. Для авиации — первая очередь, но ведь вагоны нужны и другим. Поэтому строгая проверка: весь ли транспорт использован, насколько обоснована новая заявка». По свидетельству бывшего заместителя председателя Совета по эвакуации М. Г. Первухина, «Совет по эвакуации с участием представителей наркоматов и почти всегда с участием представителя Наркомата путей сообщения уточнял представленные проекты решений, определял сроки эвакуации, пункты размещения и количество требуемых для этого железнодорожных вагонов. Проекты постановлений об эвакуации вместе с короткой запиской посылались на рассмотрение ЦК ВКП(б) и ГКО». Затем выносились согласованные решения по каждому крупному промышленному объекту, который следовало эвакуировать. В них указывались сроки перебазирования, необходимое количество вагонов, которое должен выделить НКПС, скорость продвижения грузов, пункты назначения и т. п. Постановления Совета по эвакуации или ГКО немедленно поступали в НКПС и соответствующие наркоматы для исполнения. С середины июля 1941 г. Совет по эвакуации совместно с НКПС стал составлять планы эвакоперевозок (промышленности, ресурсов сельского хозяйства, населения, культурных ценностей и т. п.) на каждую декаду месяца. Эти планы рассматривались и утверждались Государственным Комитетом Обороны. Был уточнен весь наличный вагонный парк и предусмотрено наиболее целесообразное его использование под перевозки. В частности, было намечено, что многие эшелоны, осуществляющие мобилизационные перевозки на запад, должны после разгрузки немедленно предоставляться для эвакогрузов. С этой же целью в прифронтовые области перебрасывалась часть порожних вагонов и платформ. Но вагонов не хватало, и потребность в них все время увеличивалась. Это заставляло искать дополнительные резервы, усиливать контроль за правильностью погрузки и заполнения емкости вагонов. Ввиду нехватки порожних вагонов наркомату путей сообщения неоднократно приходилось обращаться в Совет по эвакуации или в ГКО с просьбой разрешить досрочную разгрузку части неоперативных эвакогрузов. Преимущественно с этой целью на всех магистралях периодически проводилась перепись вагонов с эвакогрузами, в которой указывались номер каждого вагона, откуда, куда и с грузом какого предприятия и наркомата он следует и т. п. Такие переписи, например, состоялись на железнодорожной сети 14 и 25 июля, 25 августа, 5 и 30 сентября, 5 и 10 октября, 15, 17 и 27 ноября, 12 декабря 1941 г.