Частица христа, поглощенная материею и ставшая Душою Мира, называется также «страждущим Иисусом». Другая же часть его, оставшаяся свободною от материи, называется «бесстрастным Иисусом» и помещается в солнце, подобно языческому Митре. Для освобождения своей страждущей половины, томящейся в узах материи, «бесстрастный Иисус» дважды сходит на землю, один раз — в образе змея и научает человека вкусить от древа познания, другой раз — принимает вид человека-Иисуса и открывает людям их божественное происхождение, а также учит их, как освободиться от материи. Апостолы, как люди, в которых материя берет перевес над духом, извращают учение Спасителя. Христос, предвидя это, обещает послать после Себя Духа-Утешителя и посылает его в лице Манеса, который возвещает людям истинное знание. Душа же Иисуса снова соединяется с Солнцем, куда должны переселиться и души избранных, очищенные после многих перевоплощений и пребывания на звездах и луне.
Душа Мира, т.е. частицы «бога света» находятся, по мнению Манихеев, не только в человеке, но и в животных, и в растениях, и во обще ко всей природе. Эта чисто пантеистическая теория в практическом своем применении доводила Манихеев до крайних пределов нелепости. Так, они полагали, что мертвая природа заключая в себе Душу Мира, была подвержена ощущению страдания подобно живым существам, и потому многие Манихеи считали преступлением сорвать растение, разрезать плод и проч. Но так как, с другой стороны, нечистая и злая их материя все же требовала питания, то прежде, чем съесть хлеб, Манихеи обращались к нему со следующею речью: «Не я тебя жал, не я молол, не я месил, не я пек, я не повинен в твоих муках и страстно желаю, чтобы виновники твоих страданий претерпели еще горшие муки». Другие же, более утонченные Манихеи полагали, наоборот, что приготовляя пищевые продукты и съедая их, они освобождают частицы «божества», заключенные в материю, и помогают им вернуться в их первоисточнику.
Манихеи осуждали занятие земледелием, так как оно причиняло бесчисленные страдания. Осуждали брак и деторождение, так как это способствовало удержанию духа в узах материи, но допускали в то же время на этой почве распущенность нравов в пределах, исключающих по возможности рождение потомства.
Манихейская секта, подобно масонству, представляла тайное общество, но всего лишь с тремя степенями посвящения: верующих, избранных, и совершенных. Насколько был труден доступ к двум высшим степеням, видно из того, что блаженный Августин, который до обращения своего в христианство, принадлежал к секте Манихеев, пробыв среди них девять лет, не пошел дальше первой степени верующих. По свидетельству блаженного Августина, от посвящаемых требовалось прежде всего строжайшее соблюдение тайны: «Jura, реrjura, secretum рrоdеrе nole (клянись, нарушай присягу, но не выдавай тайны. Блаженный Августин свидетельствует о жестокосердии Манихеев ко всем, не принадлежавшим к их секте: «Никому, если он не Манихей, не подавай хлеба и воды» . О социалистических и анархических идеях Манихев, перешедших от них по наследству в позднейшие тайные общества, св. Августин говорит следующим образом: «Мagistratus civiles et politicos danmadant. ut juae a Deo malo conditae et constitutae sunt» (власти гражданские и политические проклинали, как учрежденные «злым Богом», и далее: «Nec domos, nес agros, nес ресumіаn ullam possidendum» (не должно быть собственником ни домов, ни земель, ни денег).
Мы видим, что Манихеи искусно соединили в своем учении все идеи, поныне служащие к разрушению христианской религии, государства, семейных и общественных установлений. Единому Богу — Творцу мира они противопоставили двойственное божество с его божественными силами или истечениями, состоявшее из света и мрака, добра и зла, духа и материи — персидский дуализм и иудейская Каббала. Они обоготворили творение Единого Бога — грешного человека, бессловесное животное, бездушный камень, словом, всю природу, производя ее от смешения двух якобы противоположных, но равно божественных начал — пантеизм.