Довго чекати не довелося, поки хтось на нього доніс. Арештували покупця, у якого були книги, куплені в Султана. Під час рейду поліція знайшла кілька нелегальних публікацій. Запалало перше поховальне багаття для книг. Султана забрали, били й дали рік в’язниці. Він сидів у в’язниці для політичних, де матеріали для писання й книги були заборонені. Місяцями Султан розглядав стіни. Але якось йому вдалося маминою продуктовою передачею підкупити одного охоронця, і щотижня йому почали надходити книги. У цих сирих кам’яних стінах Султанів інтерес до афганської культури та літератури тільки виріс. Він поринав у перську поезію і драматичне минуле країни. Коли його випустили, він твердо знав своє покликання: боротися за розповсюдження знань про афганську культуру та історію. Султан продовжував продавати нелегальну літературу від ісламських партизанів і від прокитайської опозиції, але тепер був обачнішим, ніж раніше.
Влада спостерігала за ним і через п’ять років його знову заарештували. Йому знову випала нагода роздумувати про перську філософію за в’язничними мурами, але тепер додалося ще одне звинувачення: його записали в дрібні буржуа, середній клас, що згідно з комуністичною ідеологією є найгіршим правопорушенням. Звинувачення полягало в тому, що він заробляв за капіталістичною схемою.
Усе це відбувалося в той період, коли в розпал страждань, спричинених війною, афганський комуністичний режим прагнув покінчити з племінним устроєм суспільства і запровадити «радісний» комунізм. Спроби колективізувати сільське господарство спричинили до жорсткого зубожіння населення. Багато бідних селян відмовлялися від землі, що була примусово викуплена в багатих землевласників, оскільки сіяти на вкраденій землі суперечило приписам ісламу. Село повстало, і в результаті комуністичні схеми рідко коли бували вдалими. З часом влада здалася. Війна всіх виснажила, після десяти років вона забрала півтора мільйони афганських життів.
Коли дрібного буржуа випустили із в’язниці, йому було тридцять п’ять років. Війна з Радянським Союзом велася передусім у сільській місцевості, а Кабул залишався більш-менш цілим. Люди крутилися у вирі щоденного життя. На цей раз мама переконала його одружитися. Вона роздобула Шаріфу, дочку генерала, гарну та яскраву жінку. Вони побралися й народили трьох синів та дочку, по дитині через кожен наступний рік.
У 1989 році Радянський Союз забрався з Афганістану й нарешті мешканці могли сподіватися на мир. Та оскільки режим у Кабулі й надалі спирався на радянську підтримку, моджахеди зброї не склали. У травні 1992 року вони взяли Кабул, і так розпочалася громадянська війна. Помешкання, яке Султан купив у багатоквартирному будинку радянської забудови, опинилося прямо на лінії фронту, між ворогуючими угрупованнями. Ракети потрапляли в стіни, кулі розбивали вікна, а танки роз’їжджали по подвір’ю. Після того, як вони провели тиждень зіщуленими на підлозі, і град пострілів ущух на кілька годин — Султан разом із родиною виїхав до Пакистану.
За час його перебування в Пакистані книгарню пограбували, як пограбували публічну бібліотеку. Цінні книжки діставалися колекціонерам практично задарма або вимінювалися на пальне, кулі та гранати. Султан навіть купив кілька книг, викрадених із національної бібліотеки, коли навідувався з Пакистану глянути на свою крамницю. Дещо йому дісталося справді дуже дешево. За жменьку доларів він придбав раритетні твори, серед них п’ятсотрічний рукопис з Узбекистану, за який пізніше узбецький уряд запропонував йому двадцять п’ять тисяч доларів. Він віднайшов особисту копію Захір-Шаха свого улюбленого твору — величної поеми «Шах Наме» епічного поета Фірдоусі, а також купив — дешевше гною — кілька книг у злодіїв, що навіть не могли прочитати назви.
Після приблизно п’ятирічної інтенсивної боротьби між польовими командирами моджахедів, половина Кабула перетворилася на купи руїн. Загинуло п’ятдесят тисяч людей. Коли одного ранку 27 вересня 1996 року мешканці Кабула прокинулися, стояла цілковита тиша. Напередодні ввечері Ахмед Шах Массуд зі своєю армією втекли в напрямку Панширської долини.
На стовпах поблизу президентського палацу висіли два тіла, з голови до п’ят залиті кров’ю. Одне було кастроване, пальці поламані, тіло й лице побиті, а на лобі зяяла дірка від кулі. Інше — просто застрелене й повішене, а кишені на знак зневаги були напхані місцевою валютою афгані. Тіла належали колишньому президентові Мухамеду Наджибуллі та його братові. Наджибуллу ненавиділи. Він був головою служби безпеки під час радянського вторгнення і подейкували, що він наказав стратити вісімдесят тисяч так званих ворогів суспільства. За підтримки росіян він був президентом країни з 1986 по 1992 рік. Після моджахедського перевороту міністром оборони став Массуд, а президентом перших три місяці був Сібгатулла Муджадіні, а потім Бархануддін Раббані. Коли втеча з кабульського аеропорту була унеможливлена, Наджибулла попросив притулку в Об’єднаних Націй і залишався з того часу на території місії ООН.