Два благополучных года в жизни Паррота вскоре сменились периодом испытаний. Еще во время обучения в академии он обручился с невестой, Сюзанной Вильгельминой Лефорт, дочерью одного из профессоров, который вскоре скончался, что ввергло всю семью в нужду. Узнав об этом, Паррот принял решение досрочно оставить свое место (передав его из рук в руки Кювье) и осенью 1788 г. вернулся на родину, чтобы поскорее подготовиться к бракосочетанию, которое было совершено в апреле следующего года. Супруги обосновались в Карлсруэ, столице Бадена, где жили родственники жены Паррота. Вскоре родились два сына: Вильгельм (1790–1872), позже – пастор в Лифляндии, и Фридрих (1791–1841), который в свое время сменит отца на кафедре физики Дерптского университета. Однако молодая семья никак не могла обрести финансового благополучия: в Карлсруэ Парроту не нашлось подходящей должности для ученых занятий, к которым он стремился, и ему пришлось зарабатывать на жизнь частными уроками математики. Научные работы он теперь писал на немецком языке, сперва даже вынужденно извиняясь за то, что еще не владеет им в должной степени, но ими не удавалось заинтересовать публику, хотя Паррот обращался к темам, сулившим различные практические применения (он предложил теорию и новый способ конструкции ветряных мельниц, затем опубликовал работу по теории света и его разложения на цвета).
В 1792 г. Паррот переехал в Оффенбах, город на Майне, возле Франкфурта. Здесь жизнь была дешевле, чем в Карлсруэ, но начинающему ученому опять не удается получить место в учебном заведении, на которое он рассчитывал, и он продолжает жить частными уроками, а также надеждами на успех научных трудов. В Лондон на конкурс Общества улучшения кораблестроения Паррот выслал работы о защите кораблей от пожаров и о спасении судна, получившего пробоину, во Франкфурте-на-Майне опубликовал книгу, посвященную теории и практике очищения воздуха в помещениях, а также небольшой, но ценный по содержанию трактат «Дух воспитания, или Катехизис отцов и наставников». Одновременно Паррота одолевали бытовые трудности: он вынужден был ютиться в двух комнатах вместе с женой и маленькими детьми, за обедом не хватало мяса, все члены семьи болели. А происходившие вокруг политические события не обещали никаких радостных перспектив. Во Франции наступала эпоха Террора, что делало абсолютно невозможными поиски там места для службы. На Среднем Рейне, сравнительно недалеко от города, где жил Паррот, уже начались боевые действия, обернувшиеся поражением войск первой антифранцузской коалиции. В соседнем Майнце вообще была провозглашена республика по революционному образцу, а с октября до декабря 1792 г. знамя революции временно развевалось даже над Франкфуртом, куда вошли французские войска. Надо полагать, что, хотя прямых высказываний Паррота о Французской революции не сохранилось и как человек, воспитанный на идеях Просвещения, он, скорее всего, приветствовал ее, в дальнейшем Паррот весьма серьезно страдал от ее непосредственных следствий, а более всего – от полной неопределенности будущего, которая ощущалась в близких к Франции немецких землях.