Впрочем, Паррота недолго прельщала сельская жизнь, поскольку он всегда стремился найти точку приложения для своих научных занятий. В 1795 г. в Риге с разрешения Екатерины II, благодаря пожертвованному капиталу, открывалось Лифляндское общеполезное и экономическое общество, которое должно было объединять 13 членов, представлявших лифляндское дворянство, и ежегодно отчитываться перед ландтагом (дворянским собранием) о своих достижениях. Обществу был нужен постоянный секретарь, и Паррот прекрасно подходил на эту должность, рекомендовал же его туда еще один новообретенный друг из рода Сиверс, Фридрих Вильгельм (1748–1823), предводитель дворянства Лифляндской губернии. 11 декабря 1795 г. Паррот выступил с речью перед ландтагом, в которой среди прочего призвал помещиков облегчить участь крестьян-латышей через улучшения в сельском хозяйстве, и был единодушно избран секретарем общества, а 10 января 1796 г. состоялось его первое заседание[14].
Должность секретаря принесла Парроту немалое годовое жалованье в 500 альбертовых талеров (что составляло около 700 рублей серебром), а также бесплатную квартиру в съемном доме общества, снабженную всем необходимым. Это позволило ему вновь начать семейную жизнь – его второй брак оказался не только счастливым, но на этот раз и материально обеспеченным. Место домашнего учителя в семье Сиверс он, естественно, оставил, что вовсе не означало прекращения их дружеских связей. В Риге у Паррота появились и новые друзья: его свояк, архитектор Иоганн Вильгельм Краузе, который позже также станет профессором университета в Дерпте; пастор и литератор Карл Готлоб Зонтаг, выдающийся педагог, автор многочисленных сборников проповедей и речей, посвященных нравственному воспитанию; молодой аптекарь Давид Гриндель, страстный экспериментатор, будущий дерптский профессор химии и член-корреспондент Петербургской академии наук. Такое расширение круга знакомых Паррота за счет «светлых умов» отражало общий процесс развития в Риге идей Просвещения: в него включилась и элита местного дворянства, рассматривавшая проекты в пользу крестьян, и писатели-просветители – так, именно в 1796 г. была опубликована книга Г. Меркеля «Латыши», значительно повлиявшая на дальнейшее национальное движение. В этом смысле как нельзя более кстати пришлись практические идеи Паррота: он составлял планы по очистке воды из Двины, очистке воздуха в сиротских приютах и больницах, конструированию новых печей, проект медицинского термометра и т. д. Не забывал он и о теоретических трудах: так, в Риге ученый впервые описал физическое явление осмоса, т. е. прохождения жидкостей через тонкие мембраны за счет диффузии, и его влияние на процессы в живом организме (на этих же результатах Паррот позже построит написанную им для Александра I заметку о вреде шерстяных фуфаек). Тогда же вместе с Гринделем Паррот провел первые на территории Российской империи эксперименты по изучению гальванического тока[15]. Кроме того, ежегодно под его редакцией выходили отдельные тетради трудов Лифляндского общеполезного и экономического общества, а родственные по научной тематике экономическое общество в Лейпциге и общество естествоиспытателей в Йене избрали Паррота в свои члены.
Приобретенные за несколько лет пребывания в Риге научные и общественные связи оказались настолько крепкими, что, едва была высказана мысль об основании университета в Лифляндии, кандидатура Паррота рассматривалась для него как само собой разумеющаяся. После того как проект университета, выдвинутый лифляндским, эстляндским и курляндским дворянством, был согласован с Павлом I, с середины лета 1800 г. начались поиски профессоров, которыми руководила комиссия дворянских кураторов, заседавшая в Дерпте. Парроту сперва предложили кафедру «смешанной математики» и военных наук, но тот ответил, что предпочел бы профессуру по чистой и прикладной математике. Его просьба была удовлетворена, и в ноябре Паррот получил официальное приглашение занять кафедру в университете. Однако прежде ему необходимо было завершить свои дела в Риге: Паррот направил членам общества обширное рассуждение, в котором объяснял причины, склоняющие его к принятию новой должности. 10 декабря 1800 г. Лифляндское общеполезное и экономическое общество рассмотрело это рассуждение (а также новую положительную рекомендацию Ф. В. фон Сиверса) и одобрило переход Паррота с должности секретаря на университетскую кафедру – именно с этого дня он потом и будет отсчитывать свою профессорскую службу.