Действия Карла V, приведшие к появлению Нюрнбергского перемирия, были весьма неоднозначными, в результате чего империя в конституционно-правовом отношении на длительное время оказалась в некотором переходном состоянии. Эта ситуация повторялась и в дальнейшем — в отношении протестантских субъектов империи император на основе двусторонних соглашений в области религиозной политики давал такие обещания, которые шли вразрез и с постановлениями рейхстага, и, следовательно, с действовавшими в то время законами империи. С одной стороны, Карл V лично заявил о прекращении процессов по религиозным делам в имперской судебной палате и сообщил об этом протестантам через посредников и в устной форме. С другой стороны, он не отдал имперской судебной палате однозначного распоряжения о прекращении этих тяжб. Карл вновь надолго покинул империю, что столь же отрицательно сказалось на системе габсбургского правления, как и в 20-е годы. Своим представителем он оставил Фердинанда, который хоть и носил титул римского короля, но для решения всех важных политических и правовых вопросов должен был испрашивать соизволения брата, находившегося в Испании, что опять же было весьма долго и неудобно. Оба брата, и прежде всего Карл V, слишком поздно осознали, к чему может привести динамическая реституционная политика в Гессене, проводившаяся в пользу герцога Ульриха Вюртембергского. Последствия этого сказались в 1534 году.
Значительный рост протестантской партии в Южной Германии заставил и католическую сторону ускорить сплочение, в результате чего в 1538 году возник Нюрнбергский союз. Наряду с императором и Фердинандом I в него входили герцог Баварский, герцог Генрих Брауншвейгский, герцог Георг Саксонский, архиепископы Майнца и Зальцбурга. Этот союз стал выражением императорской политики «твердой руки», и его цели на короткое время совпали с интересами католической «Партии действия» и империи.
Эта ситуация мгновенно изменилась после того, как Карл, в июне 1538 года заключив в Ницце перемирие с Францией, вновь вернулся к «мягкому» курсу «умиротворения Германии» с опорой на умеренную партию, в которую входили Бранденбург, Пфальц и Юлих-Клеве. С точки зрения религиозной политики это означало попытку нового объединения и продолжение линии Нюрнбергского перемирия 1532 года, то есть подтверждение гарантий, данных протестантам. В частности, процессы по религиозным делам в имперской судебной палате были прекращены на время действия «Франкфуртского перемирия» (1539 год).
Этим император вновь отстранился от выполнения Аугсбургских постановлений 1530 года. В обмен на это члены Шмалькальдского союза обязались не принимать в свой состав новых членов и пообещали Фердинанду I помощь в войне против турок. Члены Нюрнбергского союза, и прежде всего Бавария, отвергли Франкфуртское перемирие, которое император под давлением курии также отказался ратифицировать. Тем не менее сложились благоприятные предпосылки для того, чтобы привлечь папу к запланированному императором внесоборному конфессиональному примирению. Папа Павел III согласился на предложение императора направить на рейхстаг в Регенсбург кардинала Коитарини, виднейшего представителя римской реформистской партии после Реджинальда Пола.
Император принял участие в работе Регенсбургского рейхстага 1541 года в надежде, что его личное участие будет способствовать успеху переговоров. Здесь состоялся богословский диспут, в котором с протестантской стороны участвовали Меланхтон и Буцер, а с католической — Юлиус Пфлюг и Иоганн Гропер. В основу диспута был положен документ под названием «Регенсбургская книга», которую совместно написали Гропер и Буцер. Начало диспута породило большие надежды, но участники так и не смогли преодолеть принципиальных расхождений в вопросах учения о святых таинствах и церковной иерархии. Таким образом, выяснилось, что в лучшем случае может быть достигнуто лишь частичное согласие в богословских вопросах. На это, как и на юридическое признание протестантизма, Карл V готов был пойти. Однако этому воспротивились курия (действуя через голову Кантарини) и непримиримая католическая партия во главе с Баварией и Майнцем, которая требовала либо насильственной реституции церковной собственности, а значит, войны против еретиков, либо созыва собора.