Частичное согласие было отвергнуто и протестантской стороной — курфюрстом Иоганном Фридрихом Саксонским, а также Лютером и Меланхтоном. Провал идеи компромисса и императорской политики объединения четко обозначил фронты. Теперь надежды на сохранение церковного единства Германии и Европы были связаны только с созывом собора, и все усилия были направлены на эту цель. Император вновь был отброшен на позицию жестких сроков ограничения уступок протестантам. Религиозно-политическая ситуация внутри Германии по-прежнему оставалась неопределенной.
Никогда до сих пор вопрос о политическом и религиозном будущем Германии не был так тесно связан с личностью Карла V и с будущим Европы, как в период с 1543 по 1551 год. До сих нор, как уже неоднократно указывалось, Карл лишь ненадолго появлялся на территории империи. Так было в 1521 году, с 1530 по 1532 год и в 1541 году. Теперь же он впервые почти на 10 лет остался в империи и попытался отсюда, из центра Европы, осуществить свою идею Monarchia universalis. Когда Карл Бранди с позиций ex post говорит о «великом плане императора», то с этим вполне можно согласиться, учитывая последовательность в постановке целей: разгром Франции, урегулирование религиозно-политических противоречий в империи и решение династических и конституционных вопросов в монархистском, императорском ключе. При решении всех этих задач на первый план выходило применение военной силы. Однако не следует переоценивать последовательность и согласованность политических шагов императора в эти годы.
Уже первая военная акция Карла V на территории империи была направлена на то, чтобы решающим образом изменить неясное соотношение сил. Речь идет о наступлении на Юлих-Клеве в 1543 году. Поводом для него послужили интересы Нидерландов, оказавшиеся под угрозой после того, как в 1538 году герцог Вильгельм Юлих-Киевский унаследовал герцогство Гельдерн и Цютфеп. Для защиты своих прав герцог обратился к Франции, Шмалькальдскому союзу и кельнскому архиепископу Герману фон Виду. В результате герцог Вильгельм проиграл и вынужден был уступить свои права Карлу V и, кроме того, отказаться от поддержки Реформации. Закрепив результаты своей победы договором, подписанным в Венло, император не только положил конец реформационным устремлениям в Клеве, Кельне и Вестфалии, но и существенно ослабил Шмалькальдский союз.
Это резко повысило престиж Карла V во всей империи. Перед рейхстагом в Шпейере в 1544 году император уже выступал со значительно более твердых позиций. Этот рейхстаг был, несомненно, выдающимся успехом Карла, так как субъекты империи в первый (и, кстати, в последний) раз согласились оказать ему военную помощь в кампании против Франции. Не приходилось сомневаться в том, что протестантские князья потребуют за это компенсаций в области религиозной политики, и было ясно, что Карл V на это пойдет. Протестанты потребовали окончательного и бесповоротного прекращения религиозных тяжб в имперской судебной палате и юридического признания равноправия Аугсбургского исповедания. Это создавало совершенно новую ситуацию и было связано для Карла с немалым риском, если учесть возложенные на него обязанности «защитника церкви». Преследуя свою ближайшую политическую цель — военную победу над Франциском I — и не желая жертвовать небывалым доселе единством всех внутриимперских сил, Карл согласился на все важнейшие требования протестантов, хоть и с оговоркой о том, что это согласие носит временный характер либо до созыва собора, либо до ближайшего рейхстага. Таким образом он смог успокоить свою совесть.
При решении вопросов религиозной политики Карл V постоянно обращался к тактике отсрочек. Это привело в конечном итоге к тому, что под прикрытием ограниченных но срокам обещаний императора произошли необратимые изменения как в практическом создании евангелической церкви, так и в религиозном сознании широких масс протестантов.
Карл V добился очень многого: субъекты империи поддержали его войну против Франции и предоставили помощь для отпора Турции в юго-восточной Европе, однако мгновение победы было недолгим. Папа подверг очень резкой критике соглашательскую политику императора в грамоте, которая летом 1544 года разошлась по всей Европе. После этого протестантская партия, и в первую очередь лично Лютер и Кальвин, начали публицистическую кампанию в защиту Карла V — дело, доселе неслыханное, по так уж сложилось соотношение сил в Европе того времени.