Власти вынуждены были признать поражение. «Инструктивное письмо» и «Новое положение» (т.е. Устав 1961 г.) были устранены и принят новый Устав в редакции оргкомитета. Правда у рядового делегата не было возможности провести такой сравнительный анализ, но и не могло ускользнуть основное направление поправок.
Отныне Устав гарантировал, что власть принимать решения будет принадлежать только съезду, а президиум ВСЕХБ превратиться в исполнительный орган, проводящий эти решения в жизнь или принимающий решения в промежуткам, между съездами в свете принятых на съезде решений.
Впервые с 1944 года этот Союз ВСЕХБ получил в Советском Союзе свободную церковную структуру. Это был сильный удар по централизму, насаждаемому властями с помощью проводимой ими религиозной политики.
Карев заявил, что новый вариант Устава снимает все спорные моменты, которые, могли привести к расколу.
Действительно, формулировка Устава звучала многообещающе. Но нужно было еще убедиться, будут ли выполнять его предписания всемогущий Совет и старшие пресвитеры и позволят ли этому документу власти вступить в силу, Сомневаться заставили сами, последовавшие за принятием Устава выборы.
В списке нового Совета было только одно новое имя старый баптист И.Я. Татарченко, вместо Михаила Орлова, который выбыл из состава президиума еще в 1961 году. Такие перевыборы на новый срок старой команды, несмотря на прозвучавшую в ее адрес серьезную критику, не вселяли оптимизма.
В своем заключительном слове Генеральный секретарь Карев подтвердил необходимость привлекать на руководящую работу более молодые кадры, но тут же призвал сохранять старые кадры, приведя для сравнения образ Корабля, плывущего по бурному морю: «Нам нужны братья с убеленными сединой головами, которые могли бы беспрепятственно провести корабль нашего братства через множество подводных рифов».
Съезд 1963 года положил начало движению, которое вынуждено было санкционировать Советское руководство и которое лидерами ВСЕХБ пришлось возглавить, чтобы сохранить единство. Сценарий этого съезда был тщательно отработан (это практиковалось и в дальнейшем), однако, вскоре стало очевидным, что наличие альтернативы в лице Оргкомитета ведет к тому, что местные церкви приходится убеждать, тогда как раньше им можно было просто спускать директивы.
Впервые за много лет о назначении старших пресвитеров стали объявлять. Начал функционировать расширенный пленум ВСЕХБ, впервые состоявшийся в сентябре 1964 года. Он был, главным образом, посвящен проблеме единства. Среди приглашенных на него были бывшие .сторонники «Инициативников» и колеблющиеся, решившие наконец окончательно примкнуть ко ВСЕХБ. Молодой проповедник В.Ф. Василенко, поддерживавший до этого Оргкомитет, был назначен старшим пресвитером Винницкой области.
Итак, гонения на верующих, развернувшееся было по всей стране, чтобы «в кратчайший срок покончить с организованной религией», теперь сконцентрировалось на одном участке - против сторонников движения за независимость церкви. Тем самым, основная часть верующих была освобождена от набиравших силу гонений и, более того, власти постепенно стали давать льготы общинам ВСЕХБ, только бы не допустить их перехода в независимое братство и сохранить в руководстве, вступивших в компромисс с властями, работников ВСЕХБ. Оргкомитет по созыву съезда ЕХБ предложил вести разъяснительную работу среди верующих, призывая осудить этот грех, и удалить из своей среды скомпрометировавших себя работников ВСЕХБ.
Кроме того, для разрешения создавшегося положения внутри церкви и по причине повсеместно усилившихся гонений на сторонников созыва съезда, Оргкомитет вел постоянные ходатайства перед центральными органами власти и непосредственно перед Советом по делам религиозных культов. С мест от верующих в правительство шли тысячи писем в поддержку этих ходатайств и направлялись делегации верующих ЕХБ.
В 1964 году с ходатайствами в Москву прибыла делегация верующих Урала, которая в приемной УК партии была избита.
В начале июня 1965 года в Москве находилась делегация верующих из числа, только что освободившихся из заключения в количестве 26 человек. Они обратились в Прокуратуру СССР и другие органы власти с ходатайствами об освобождении остальных верующих, томящихся в тюрьмах и лагерях за дело Евангелия. Делегация посетила приемную Генерального Прокурора, Президиум Верховного Совета СССР и ЦК партии, где получила устное заверение, что вопрос о прекращении притеснений верующих на местах в ближайшее время будет решен положительно. Но заверения остались лишь на словах.