Почему такое разрушение вообще происходит? Часто под действием внешних факторов, например ультрафиолетового излучения (вот почему так важно пользоваться солнцезащитными средствами) или радиации, которая всегда присутствует в атмосфере Земли.
Скорость такого распада не очень высока и сильно зависит от условий, в которых находится ДНК. Например, погибший под снежной лавиной мамонт очень быстро замерзнет, и его ДНК может сохраниться в холодных условиях намного лучше, чем ДНК неосторожного кролика, провалившегося в тропическое озеро всего, скажем, лет 50 назад. Но чтобы ориентироваться на какие-то числа, можно сказать, что скорость полураспада ДНК составляет 521 год[16]. Как посчитали? Ученые взяли от давно вымерших нелетающих птиц моа 158 костей из трех мест гибели на территории Новой Зеландии, где они когда-то проживали. Разные кости датировались возрастом от 600 до 8000 лет. Из них выделили митохондриальную ДНК, составили математические модели, учитывающие температуру окружающей среды, особенности почвы, и вывели среднее значение: при температуре около 13 °C молекула ДНК длиной 242 нуклеотида распадается наполовину за 521 год. За следующий 521 год пополам распадется оставшаяся половина, затем еще раз пополам оставшаяся и так далее. Так что получается, что даже от вымершего всего какие-то 4000 лет назад на острове Врангеля последнего мамонта ученым могут перепасть вполне крупные фрагменты ДНК, по которым мы можем узнать очень много всего об этих прекрасных созданиях. А вот надеяться на получение хоть совсем маленького фрагмента ДНК динозавра нам не стоит. Уже через пару миллионов лет от молекулы ДНК даже в самых хороших условиях остается не так много – самая древняя на декабрь 2021 года ДНК имеет возраст чуть больше миллиона лет и получена из зуба мамонта буквально недавно[17]. Последние динозавры же вымерли аж 65 миллионов лет назад.
В этой главе мы обсудили, как хранится информация об организмах и как она передается каждой новой клетке и соответственно дочернему организму от родительского. Мы поняли, что можем сравнить информацию, хранящуюся в ДНК, с набором слов, с книгой, в которой записан организм. Но как эта записанная информация становится вполне вещественными «кирпичиками», из которых состоит организм?
То есть как перейти от слов к делу?
1.3. От слов к делу
Между рецептом в книге и готовым блюдом на столе спрятался повар. Тот, кто сначала прочел, а затем, старательно соблюдая инструкции и выбирая самые лучшие ингредиенты, приготовил и подал на стол свежую, ароматную и невероятно аппетитную пиццу. На молекулярной кухне внутри каждой клетки трудится не один такой повар, а целая армия ответственных и узкоспециализированных профессионалов, чтобы в конечном итоге «подать на стол» свой кулинарный шедевр – белок – цепочку из аминокислот, которая после некоторых превращений станет важной шестеренкой в функционировании живого существа. Одни работники зажимают страницы раскрытой на нужном рецепте книги, другие – читают его вслух. Третьи тащат из кладовых на кухню нужные ингредиенты, а четвертые соединяют их в указанном порядке. Эти ребята – отточенные эволюцией за три с половиной миллиарда лет существования жизни на Земле молекулярные механизмы.
Поэтому мы сосредоточимся на ключевом понятии – центральной догме молекулярной биологии. Название пафосное, но это потому, что описывает оно ключевой принцип молекулярной биологии и вообще жизни. А сформулировал этот принцип Фрэнсис Крик – один из легендарных авторов открытия структуры[18] молекулы ДНК. Если выразить ее коротко, то в изначальном виде она звучит так: информацию, записанную в виде ДНК, можно перевести в форму РНК, а из РНК – в белок[19].
«Она [центральная догма] утверждает, что как только “информация” перешла в белок, она уже не может вернуться обратно. Если точнее, передача информации от нуклеиновой кислоты к нуклеиновой кислоте или от нуклеиновой кислоты к белку может быть возможна, но передача от белка к белку или от белка к нуклеиновой кислоте невозможна. Под информацией здесь понимается точное определение последовательности оснований нуклеиновой кислоты или аминокислотных остатков в белке», – говорит Крик в 1958 году[20], через 5 лет после открытия структуры ДНК.
А еще по ДНК может быть построена новая ДНК. В последующие годы центральная догма была снова расширена – теперь мы знаем, что на основе РНК может строится новая РНК, а некоторые вирусы, такие как ВИЧ, могут даже построить ДНК на основе РНК, – но главный принцип центральной догмы остается неизменен: изменяя последовательность белка, нельзя изменить последовательность РНК или ДНК. Поток в этом случае идет всегда только в одну сторону.
16
The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils Morten E. Allentoft et al Published:10 October 2012. https://doi.org/10.1098/rspb.2012.1745
17
Van der Valk T. et al. Million-year-old DNA sheds light on the genomic history of mammoths. Nature. 2021 Mar;591(7849):265–269. doi: 10.1038/s41586–021–03224–9. Epub 2021 Feb 17. PMID: 33597750; PMCID: PMC7116897. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33597750/
18
Речь здесь именно о классической структуре. То есть двуцепочечной правозакрученной спирали, в виде которой мы обычно видим ДНК на картинках. Такая форма получила название B-форма, что наталкивает на мысль о существовании и других форм вроде A или C. И они действительно существуют! Как еще и буквы Z, H… Разные формы молекула ДНК умеет принимать при различных условиях среды. Она может быть право- или левозакрученной, иметь разное количество «ступенек» на один виток спирали, или даже состоять не из двух, а из трех закрученных нитей! Такую форму – правозакрученной спирали из трех нитей – H-форму ДНК – открыли только в 1986 году. А еще вам может быть любопытно узнать, что H-форма ДНК дает ученым целых две разные возможности для редактирования геномов животных и растений! Чтобы узнать об этом больше, а также забавную историю самого открытия, можно прочесть прекрасную книгу «Самая главная молекула. От структуры ДНК к биомедицине XXI века» от одного из авторов открытия