Одна из причин в том, что хотя молекулярные часы - вещь, безусловно, полезная, пользоваться ими совсем не просто. Их стрелки, похоже, далеко не всегда двигаются с постоянной скоростью, да и определить эту скорость тоже задача не из легких. Дело в том, что результаты датировок, получаемых методом молекулярных часов, зависят от целого ряда плохо поддающихся проверке допущений. Таковы, в частности, допущения относительно скорости накопления различий (мутаций), постоянства этой скорости, «нейтральности» мутаций, т.е. отсутствии влияния отбора на их накопление, размера популяций и их демографической истории. Для расчёта темпа накопления мутаций необходимы надёжные и хорошо датированные палеонтологические реперы (точки отсчёта), которые на самом деле имеются лишь в редких случаях. Например, для людей в качестве такого репера часто используют время расхождения линий гоминид и шимпанзе, но датировка этого события зависит от того, кого мы принимаем за первого гоминида. Если сахельантропа, то расчёт нужно вести от даты 7 млн. лет назад, если оррорина, то 6 млн. лет назад, а ведь есть ещё и иные варианты. Авторы первых генетических датировок происхождения гомо сапиенс (или, точнее, времени жизни «митохондриальоной праматери» ныне живущих женщин) в качестве репера использовали время дивергенции американоидов и монголоидов, которую тогда (четверть века назад) относили в прошлое на 12 тыс. лет. Сегодня почти никто не сомневается, что это событие (т.е. заселение Америки) произошло, по крайней мере, на 2 тыс. лет раньше, а многие готовы увеличить его древность и ещё больше. В последние годы появились данные, указывающие на то, что скорость «хода» молекулярных этих часов у людей оценивалась до сих пор неверно (сильно завышалась), и едва ли не все хронологические оценки, полученные таким способом для разных событий в эволюционной истории гоминид нуждаются, скорее всего, в существенном удревнении.15 Есть и другие факторы, осложняющие расчёты и заставляющие воспринимать молекулярные датировки с осторожностью. Во многих случаях они являются единственным способом оценить время интересующих нас эволюционных событий, но точность их не стоит переоценивать.
Вторая, и едва ли не более важная причина, заключается не в самих часах, а в том, что те "события", давность которых они позволяют худо-бедно измерить, совсем не обязательно совпадали во времени с образованием новых видов или групп более высокого ранга (родов и т.д.). Что, собственно, датируют методом молекулярных часов? Это может быть либо "момент" расхождения эволюционных линий сравниваемых групп (например, гомо сапиенс и неандертальцев), либо время, когда жил последний общий предок всех или части современных представителей одной из них (вроде знаменитой "митохондриальной Евы", к геному которой восходят мт-гены всех современных женщин).
В первом случае датируемое событие может на сотни тысяч лет предшествовать видообразованию, если понимать под последним формирование того комплекса анатомических особенностей, который отличает новый вид (а только такое понимание и имеет смысл в палеонтологии и палеоантропологии, имеющих дело не с живыми организмами, а с их ископаемыми останками). Например, разделение эволюционных линий сапиенсов и их ближайших родственников, неандертальцев, произошло, судя по имеющимся генетическим датировкам где-то в интервале от 500 до 700 тысяч лет назад, или, если брать крайние даты, от 320 до 850 тысяч лет назад. Причиной стала, вероятно, географическая изоляция: часть представителей предкового для тех и других вида (гомо гейдельбергенсис) переселилась в Европу. Понятно, что те, кто остался в Африке, не превратились немедленно после разделения в анатомически современных людей - этот процесс занял еще десятки, а скорее сотни тысяч лет. Да и затронул он, вероятно, не все популяции африканских "гейдельбержцев": континент-то огромный, и внутренних географических барьеров там тоже хватает.
Во втором же случае датируемое событие, т.е. время жизни последнего общего предка, может как предшествовать видообразованию, так и следовать за ним. Откуда, например, известно, что та же "митохондриальная Ева" анатомически была уже сапиенсом? Кто знает, к какому виду причислили бы ее антропологи, попади им в руки ее скелет! С другой стороны, она вполне могла жить и значительно позже того времени, когда появились первые анатомически современные люди, на что, кстати, указывают и многие генетические датировки. Да и вообще: последний общий предок не обязательно является также и первым, а нам-то гораздо важнее датировать именно первого. Знать бы еще, как это сделать ...
15
Smith F., Ahern J. Introduction: Thought on modern human origins: from 1984 to 2012 // The Origins of Modern Humans: Biology Reconsidered. Hoboken, 2013, p. xi-xxv.