Назначаемые правительством СССР начальники управлений СВАГ должны были осуществлять руководство и контроль за деятельностью соответствующих германских органов и учреждений. Связь с германскими учреждениями и должностными лицами в провинциях и районах в первый период оккупации было поручено осуществлять уполномоченным Главноначальствующего. Управления занимались четырьмя решающими сферами деятельности — экономикой, демилитаризацией, гражданскими делами и политическими вопросами. Позднее были сформированы еще несколько управлений.
Небезынтересно отметить, что немецкое население сразу обратило внимание на различия в наименовании военных органов управления в западных зонах и советской зоне оккупации. Если западные союзники назвали свой орган «военным правительством», что в представлении немцев ассоциировалось с определенными властными функциями, то советский орган именовался «военная администрация», что в немецком языке выражало меньшую категоричность в осуществлении этих функций и большую демократичность.
В руководящий состав Управления военного коменданта (Берлина (с 28 апреля 1945 г.), затем Управления военного коменданта советского оккупационного сектора Берлина (с 10 июля 1945 г.) входили начальник гарнизона и военный комендант г. Берлина генерал-полковник Н.Э. Берзарин (апрель-июнь 1945 г. Затем ими последовательно были: генерал-полковник А.В. Горбатов (июнь-октябрь 1945 г.), генерал-лейтенант Д.И. Смирнов (октябрь 1945 г. — апрель 1946 г.), генерал-майор А.Г. Котиков (апрель 1946 г. — июнь 1950 г.).
В августе 1945 года в структуру СВАГ входили 136 районных и 272 городские комендатуры, а также 88 комендатур в городских районах. Таким образом, в среднем одна комендатура приходилась на 30–35 тысяч жителей. Кроме того, 309 населенных пунктов с населением более 5 тысяч жителей также имели по комендатуре. Таким образом, в зоне в целом было 644 комендатуры с 32 тысячами сотрудников. После массовой демобилизации военнослужащих Красной Армии число комендатур было сокращено, и в июле 1947 года их оставалось 151, то есть одна комендатура на 120 тысяч жителей. Общая численность сотрудников СВАГ на конец 194 8 года составила 15 тысяч человек.
Комендантами окружных, районных и местных военных комендатур назначались, как правило, строевые командиры среднего звена, их заместителями по политической части были армейские политработники. Это была самая многочисленная категория сотрудников СВАГ.
Кроме органов СВАГ, занимавшихся немецкими делами, существовали подразделения, обслуживавшие самих сотрудников СВАГ. К ним относились различные партийные, комсомольские, профсоюзные органы, органы выполнявшие консульские функции, а также культурные учреждения, торговые и бытовые предприятия и многие другие. Газета «Советское слово» издавалась специально для советских граждан, работающих в системе СВАГ. Их же «обслуживала» и специальная служба безопасности с сетью гласных и негласных сотрудников, включая и армейские органы «СМЕРШ».
Решением СМ СССР 10 октября 1949 года вместо СВАГ была образована «Советская контрольная комиссия в Германии» (СКК). Председатель СКК генерал армии В.И. Чуйков, его заместитель, политсоветник и управляющий делами назначались Советом министров, начальники управлений и отделов, а также представители СКК в землях и в Берлине утверждались Советом министров СССР по представлению председателя СКК.
В соответствии с особым Положением СКК выполняла следующие функции:
— обеспечивала выполнение в восточной зоне Германии установленных соглашениями между союзными державами задач оккупации;
— контролировала осуществление Потсдамских и других совместных соглашений Германии и содействовала дальнейшему развитию ГДР на демократической и мирной основе;
— обеспечивала выполнение германским правительством обязательств по репарационным поставкам и покрытию оккупационных расходов;
— участвовала в работе четырехсторонних консультативных совещаний;
— представляла доклады советскому правительству о положении в ГДР и Западной Германии.
Как явствует из справки, подписанной и.о. управляющего делами СКК в Германии генерал-лейтенантом Н.А. Борзовым, по состоянию на середину ноября 1949 года штатная численность СКК, включая ее представительства в землях и крупных городах, а также учреждения обслуживания, составляла 3831 сотрудник, из них в представительствах работали 1053 человека.