Структурные органы СКК сохранились в основном такими же, какие существовали в расформированной СВАГ. Наиболее важными и соответственно наиболее многочисленными были управления репараций (625 человек), отдел транспорта (281 человек), отдел материальных балансов и торговли (180 человек), отдел информации (144 человека) и аппарат политсоветника (140 человек). Кроме пяти земель представительства СКК существовали и в 16 крупных городах. В качестве одного из учреждений СКК был и лагерь № 266, предназначенный для репатриантов. В Берлине генерал Котиков передал свои полномочия берлинскому магистрату 1 2 ноября 1949 года. Оставшиеся в Берлине и в других городах военные комендатуры продолжали выполнять функции, являвшиеся обычными для них в населенных пунктах, где дислоцируются воинские гарнизоны.
27 мая 1953 года деятельность СКК была прекращена и создан аппарат Верховного комиссара СССР в Германии во главе с B.C. Семеновым.
На этом этап, когда советские оккупационные органы выполняли управленческие функции, завершился. Наступил качественно новый, когда оккупационные функции ограничивались только контролем. Сотрудничество ГДР и СССР и влияние КПСС и советского правительства на внутриполитическое развитие ГДР стало осуществляться в иных формах и иными методами. В 1954 г. из компетенции Верховного комиссара была изъята функция наблюдения за органами власти ГДР.
Бывший сотрудник представительства Верховного комиссара в Берлине В.В. Карягин в своих воспоминаниях отмечает, что преобразование СКК в аппарат Верховного комиссара было не просто «перетряской». Оно носило принципиальный политический характер. Если СКК возглавлял председатель, который одновременно был и Главнокомандующим группой советских войск в Германии, то Верховным комиссаром был профессиональный дипломат. Но далее, невольно противореча самому себе, автор признает, что аппарат Верховного комиссара, как и бывшей СВАГ, тоже был смешанным, хотя и существенно сокращенным, и что во главе, например, берлинского представительства стоял генерал-майор административной службы С.А. Деньгин. Его заместителем тоже был офицер-подполковник К.Н. Тархов, хотя не носивший, как и другие сотрудники аппарата военной формы.
Но главное, как признает В.В. Карягин, состояло в том, что функции, выполнявшиеся предыдущими государственно-политическими органами СССР в Германии, существенно не изменились. Тот же самый Тархов, который «всю войну занимался» пропагандой на противника и бегло говорил по-немецки, не в пример генералу вызывал к себе «на ковер» бургомистров, руководителей городских партийных, профсоюзных, молодежных организаций, полиции. Не меньшую власть, как свидетельствует автор, имел и другой заместитель генерала Деньгина, фамилию которого он отказывается упомянуть. «Однажды по его указанию прекратили подачу газа в американский сектор, а когда после соответствующего протеста и перекрытия в Западном Берлине шлюзов на Шпрее началось расследование, горе-начальник все свалил на своего подчиненного.» Возникает естественный вопрос, что же изменилось за предыдущие десять лет в функциях советских органов на территории «суверенной» ГДР?
Летом 1954 года состоялось объединение аппарата Верховного комиссара с советским посольством во главе с Г.М. Пушкиным. Функции Верховного комиссара упразднялись, а на место представительств Верховного комиссара в шести городах ГДР учреждались консульства. Однако военная комендатура в Берлине по-прежнему выполняла политические функции в отношении Западного Берлина, где оккупационная власть продолжала существовать. Последняя реорганизация советского военно-политического присутствия в Германии состоялось в ноябре 1955 года, когда в ГДР стало функционировать только советское посольство во главе с Г.М. Пушкиным. Это означало, что советский оккупационный режим в любой форме в Германии был прекращен.
Несмотря на эти шаги советского правительства, все же формально СССР по-прежнему находился в состоянии войны с правопреемниками бывшей Германии — ФРГ и ГДР. Как следует из международного права, капитуляция (в том числе и безоговорочная) не прекращает состояния войны между государствами. Это относилось как к СССР, так и к обоим германским государствам до 25 января 1955 года, когда Советский Союз в одностороннем порядке прекратил состояние войны с Германией.