Когда началась война, Мясоедов рвался на фронт. Его не брали, помня, какой шлейф скандалов тянется за этим человеком. Он обращался с просьбой к Сухомлинову направить его в армию, но военный министр ему не помог, хотя и подчеркнул, что ничего не имеет против. Тогда Мясоедов попытался заручиться поддержкой генерала Курлова, но и здесь не получил помощи. Тем не менее осенью 1914 года генерал Будберг взял его в штаб переводчиком, а также для осуществления разведывательной деятельности. На фронте Мясоедов показал себя с наилучшей стороны, наладил рейды к немцам за «языками», причем участвовал в них сам. Его личная храбрость заслужила высокую оценку командования. А в это время в Россию из Швеции прибыл некий Кулаковский (Колаковский), который заявил, что в плену был завербован немцами. Его переправили в Россию через Стокгольм, поручив выполнение целого ряда специальных заданий. На допросах Кулаковский фонтанировал историями, которые могли бы лечь в основу низкопробного авантюрного романа.
По словам Кулаковского, он должен был, ни много ни мало, убедить коменданта Новогеоргиевска сдать крепость, разжечь антирусские настроения в Польше и на Украине, а главное... убить великого князя Николая Николаевича. И все это должен был сделать один человек. Между тем немецкие источники говорят о том, что Кулаковскому приказали всего-навсего собрать информацию о настроениях в Петрограде и установить связь с революционерами, а потом вернуться обратно. Вот это похоже на правду, и характерно, что на первых допросах Кулаковский даже не упоминал Мясоедова. Однако спустя некоторое время заявил, что немцы сообщили ему фамилию связного в России. Им, по словам Кулаковского, и был Мясоедов.
Несуразность показаний сразу бросается в глаза. Кулаковский не знал, что его «связной» находится на фронте, а немцы не сказали ему, где он вообще живет. Интересные методы у германской разведки: направить своего агента на встречу с другим своим «агентом», но не снабдить первого информацией о нахождении второго.
Вскоре Кулаковский отказался от показаний относительно покушения на Николая Николаевича. Дело явно было шито белыми нитками, однако Мясоедова арестовывают 3 марта 1915 года в Ковно. Затем начался шквал обысков у родных и знакомых Мясоедова, и сведения об этом мгновенно попали в прессу. Никаких улик найдено не было, дальнейшее следствие в этом смысле также не дало результатов.
В конце концов дело передали на рассмотрение военно-полевого суда, что, кстати, было нарушением военно-судного устава. Таким образом, Мясоедов не мог рассчитывать на адвоката, более того, из десяти свидетелей в суд вызвали только четырех. Решение такого шутовского «суда» уже не вызывало сомнений: в ночь на 19 марта (1 апреля) Мясоедова казнили через повешение. Вскоре об этом последовало официальное сообщение, которое тут же растиражировала пресса. Гучков мог торжествовать, все его довоенные обвинения и подозрения «подтвердились». Из клеветника, пустого интригана он превратился в прозорливого государственного деятеля, который заранее предупреждал о «гнезде шпионажа» в русской армии, да только «прогнивший режим вовремя к нему не прислушался» .
Тут же припомнили, что Мясоедов когда-то был в дружеских отношениях с военным министром Сухомлиновым, который стал следующим объектом атаки. На его место нацелился Поливанов, близкий друг Гучкова. Разумеется, в большом выигрыше оказался и великий князь Николай Николаевич, который еще до войны был настроен резко отрицательно по отношению к Сухомлинову и теперь получил возможность вешать на него всех собак.
Вскоре, весной 1915 года, Германия и Австро-Венгрия провели мощное наступление на восточном фронте. Произошло так называемое Великое отступление русской армии. Ничего катастрофического не случилось, и уже в сентябре положение стабилизировалось. Однако сам факт отхода нашей армии имел ошеломляющее влияние на умонастроения общественности. Для Поливанова и Гучкова настал звездный час. Неудачи на фронте объясняли действиями военного министра Сухомлинова, который «виновен» в неудовлетворительном снабжении армии. Тут же вспомнили, что в свое время именно он ходатайствовал о возвращении на службу Мясоедова, теперь уже «доказанного немецкого шпиона». Это стало серьезным ударом по репутации Сухомлинова. Летом 1915 года его отправили в отставку, а новым военным министром стал Поливанов. Вот так интрига вокруг Мясоедова в конце концов способствовала и падению Сухомлинова, судя по всему, сторонника Николая II, и приходу на его место генерала Поливанова, противника законной власти.