Предательские действия австрийского командования привели к тому, что потери русских войск составляли около одной трети личного состава. Перед выступлением Суворов имел 21 тысячу человек, к Иланцу же он привел до 15 тысяч человек. Но даже в такой безнадежной ситуации сумел привести 1400 пленных французов. Павел I высоко оценил действия Суворова: «Побеждая всюду и во всю Вашу жизнь врагов Отечества, Вам не доставало одного — преодолеть и самую природу, но Вы и над нею одержали ныне верх». Ему был пожалован самый высокий военный чин — генералиссимуса. Появился и другой указ, по которому даже в присутствии царя войска должны были «отдавать ему все воинские почести, подобно отдаваемым особе Его Императорского Величества».
Получив известия о предательском поведении австрияков, Павел I пришел в ярость. «Эти немцы, — говорил он, — могут все снесть, перенесть и унесть». На политическом небосклоне Европы разыгрывается буря. Оскорбленный и обиженный Павел приказывает Суворову немедленно возвратиться с армией в Россию, расторгает союз с Австрией, отозвав своего посла из Вены. В том же году был отозван и наш посол из Лондона по совершенно аналогичной причине — предательское отношение англичан к вспомогательному русскому корпусу, действовавшему против французов в Голландии (русский корпус, находившийся под британским командованием, буквально растаял от голода и болезней).
Увы, тяжести похода и годы сделали свое дело — генералиссимус Суворов умер по прибытии в Петербург 6 мая 1800 года, так и не успев насладиться заслуженными наградами.
Вторая коалиция распалась. После фактического выхода России из войны ни австрийцы, ни англичане без русских войск ничего не смогли противопоставить гению Наполеона. Но если войска венской монархии пытались остановить Наполеона силой, то англичане просто предпочитали отсиживаться на своих островах, доверяя воевать и умирать другим. Вскоре после того, как он вернулся из Египетского похода, Наполеон совершил государственный переворот и провозгласил себя первым консулом. Затем неожиданно вторгся в Италию и разгромил австрийцев в битве у деревни Маренго. С Австрией был подписан Люневильский мирный договор, по которому Франция получила Бельгию, левый берег Рейна и контроль над всей Северной Италией, где была создана марионеточная Итальянская республика.
Бонапарт прекрасно понимал, что участие или неучастие России в войне против Франции играет в раскладе сил решающую роль. «Франция может иметь союзницей только Россию» — таков был его вывод из прошедших событий. И он активно начинает искать союза с Павлом I. Бонапарт готов был заплатить любую цену за симпатии русского царя. Русский император, чья обида и раздражение на своих вероломных «союзников» были столь велики, постепенно начинал приходить к схожим мыслям. Павел I умел учиться на своих ошибках. Теперь он ясно видел, что Россия воевала с Францией за абсолютно чуждые ей интересы и, что немаловажно, ровным счетом ничего за это не получала. Логическим завершением этих рассуждений была мысль о необходимости союза между Россией и Францией. 18 июля 1800 года французское правительство предложило безвозмездно и без всяких условий вернуть на Родину всех русских пленных общим числом около 6 тысяч. Более того, русские воины должны были прибыть домой одетыми в новую специально сшитую униформу, с новым оружием, со своими знаменами и со всеми воинскими почестями. Сложно было придумать более эффектный жест. Также по дипломатическим каналам до Павла I была доведена информация о том, что Франция готова передать Мальту под юрисдикцию России, а от англичан, в данный момент ее осаждающих, наполеоновские войска будут ее защищать до передачи «законному владельцу».
После длительных колебаний Павел I решился протянуть руку Франции, отрубившей голову своему королю. Поэтому монарху в изгнании, Людовику XVIII, чей двор в то время находился на территории России, было предложено покинуть ее пределы. Из Петербурга во Францию с особой миссией был направлен генерал Спренгпортен, известный своими про-французскими настроениями. Он был принят с величайшим почетом. Медленно начинали вырисовываться контуры нового союза. Россия делала резкий поворот и начинала дружить со вчерашним врагом против вчерашних друзей. Конечно, Англия предпринимала попытки удержать Павла I от столь радикального шага. Однако, как всегда, британцы хотели получить все, не давая взамен ничего. Захватив Мальту и поправ права Мальтийского ордена, вместо того чтобы отдать этот остров русскому императору, англичане предложили ему самому захватить. Корсику, родину Наполеона. Это стало последней каплей. Сомнений у Павла I больше не оставалось. Его ненависть к англичанам теперь была так велика, что он легко склоняется к идее Бонапарта о совместном походе в Индию, бывшую тогда британской колонией. По плану Наполеона, 35-тысячный русский корпус должен был выступить из Астрахани, переправиться через Каспийское море и высадиться в персидском городе Астрабаде. Такой же по численности французский корпус от Рейнской армии Моро должен был спуститься до устья Дуная, переправиться в Таганрог, а затем двигаться через Царицын до Астрабада. Далее предполагался совместный поход на Индию.