Принятый законом порядок судопроизводства сплошь и рядом не соблюдался в отношении политических преступников: их сажали в тюрьму и ссылали без всякого суда, по приказу василевса или эпарха. С того момента, как был провозглашен указ Алексея I (приводить в исполнение приговор суда через 20 дней после его вынесения), простолюдин практически уже не имел возможности пожаловаться василевсу. В XII в. нельзя было надеяться на получение приема у императора без связей при дворе и без даров дворцовым служителям.
Суровость светского суда, лихоимство его чиновников сделали среди поселян весьма популярным более быстрый, дешевый и снисходительный церковный суд. Это было выгодно и церкви (она получала доход от решения дел, не совсем входивших в ее компетенцию). Митрополит Навпакта творил суд в деревне, разбираясь в том, сколько телег урожая украдено, сколько нив ослы потравили, у скольких из них были при этом отрублены хвосты. Митрополит разводил супругов, рассматривал дела о наследстве и даже об убийстве.
Разумеется, при судах имелись стражники, палачи, тюремщики. Главная тюрьма в Константинополе находилась рядом с ведомством эпарха, на Месе, между форумом Константина и Августеоном. Полицейские функции исполнялись штатными и нештатными служителями эпарха. Трапезиты (менялы — члены корпорации) хватали «диких» менял и фальшивомонетчиков (за нерадение самому трапезиту-меняле могли отрубить руку), салдамарий должен был знать, не копит ли кто продовольствие, вофр выслеживал тех, кто на рынке продавал краденых коней, аргиропрат наблюдал, не ведут ли торг драгоценностями женщины, кируллярий незаметно принюхивался, не пахнет ли от свечей коллег бараньим или иным жиром.
Кроме того, в империи был отлично налажен тайный сыск, всеми делами которого руководили непосредственно из дворца и главной целью которого было обеспечение безопасности государя. Дворец был крепостью. Никифор II обнес его прочной стеной. Мраморный вестибюль, ведший из Большого дворца на площадь Августеон, отделялся от нее сооружениями с коваными воротами (Халка). Во дворце имелись запасы оружия и продуктов на случай осады. Тайные агенты действовали не только в столице, но и в провинциях. Пселл пишет, что Орфанотроф имел всюду "многоглазную силу", от которой невозможно было укрыться. Кекавмен с детства втолковывал детям, что главное — осторожность и оглядка. Не поминай вообще имени василевса и царицы, предупреждал он сына, не ходи на пирушку, где можешь попасть в дурную компанию и быть обвиненным в заговоре, не устраивай пиров сам — легко сболтнуть лишнее слово, не рассуждай в присутствии важного лица, молчи, пока не спрашивают, не порицай поступки начальников, не то тотчас скажут, что ты "возмутитель народа". Он лично, заключает Кекавмен, видел немало виновных оправданными, а невиновных осужденными на смерть.
Даже незаподозренный сановник, сознавая, что провинился перед василевсом, иной раз не выносил напряженного ожидания разоблачения — и постригался в монахи. Сохранилась книжная миниатюра, на которой показано, как, укрывшись за занавесями в частном доме, служители тайного сыска записывают ведущуюся рядом беседу домочадцев.
Донос и клевета в таких условиях частенько торжествовали победу. Завистливый сановник сочинял от имени своего соперника письмо к врагу василевса (мятежнику, иноземному правителю) и подбрасывал в вещи хозяина. Следовали донос, обыск и обнаружение «неопровержимой» страшной улики. Либо «друга» любезно приглашали для доверительной беседы в помещение, где за ширмой сидел царский скорописец (а иногда и сам василевс), а разговор такой «приятель» умело направлял в нужное русло. Анна Комнин с восторгом рассказывает о «мудрости» отца, который сам поймал с поличным ересиарха Василия: притворясь приверженцем учения вождя богомилов и позволив старцу высказаться, василевс встал и отдернул занавес, за которым сидели его грамматики.
Ответственность за послушание подданных и спокойствие в провинции василевсы возлагали и на церковнослужителей. Константин VIII после восстания населения Навпакта против корыстолюбивого стратига приказал ослепить епископа города, мотивировав наказание тем, что епископ не сумел удержать свою паству от мятежа. Примерно через полтораста лет точно так же при подобных обстоятельствах поступил Андроник I Комнин с епископом Лопадия. Поэтому епископы иногда приказывали хватать в своей епархии заподозренных в заговоре и отправляли их в столицу. Доставляли государственных преступников по дорогам ведомства дрома, на сменных почтовых лошадях. Особо опасных заворачивали в сырую бычью шкуру. Ссыхаясь, она становилась надежнее цепей.
Следствие над государственными преступниками велось, когда они находились уже в тюрьме. Пытка в таких случаях была обычной при допросах: знатного освобождали от нее, если он совершал лишь уголовное преступление. Константин Диоген, повинный в заговоре (этот видный полководец был отцом Романа IV), не вынес пыток, которыми руководил Орфанотроф, и разбился насмерть, бросившись во время прогулки со стены Влахернской тюрьмы. Василий Петин при Романе II и Лев Ламброс при Константине IX сошли с ума от пыток, а Роман Стравороман скончался под пытками.
Наиболее мягким наказанием был запрет опальному вельможе покидать свои поместья и появляться в столице, а также домашний арест: Анна Комнин при Иоанне II и Мануиле I Комнинах (при брате и племяннике) просидела под домашним арестом более 30 лет, занимаясь науками и сочиняя «Алексиаду». Часто практикуемой мерой наказания была ссылка. Иногда она имела замаскированную форму: виновного или неугодного засылали на официальный пост в отдаленную провинцию. Но обычно сосланный томился под стражей на каком-либо острове или в захолустье, причем стражники получали право убить сосланного при попытке к бегству. Ссылка такого рода чаще всего сопровождалась конфискацией имущества в пользу казны, василевса и доносчика. Ссылали нередко также членов семьи и даже дальних родственников преступника, поэтому иные спешили укрыться в монастыре, не ставя под удар родственников и детей.
Не совсем понятным официальным видом наказания было насильственное пострижение в монахи. С одной стороны, пострижение, связанное с отрешением от мирских благ, объявлялось добровольным духовным подвигом. С другой стороны, постриг сделали карой, навсегда лишавшей виновного радостей земной жизни. Это противоречие волновало и современников: патриарх Евфимий упрекал временщика Стилиана Заутцу в том, что тот, часто прибегая к пострижению врагов в монахи, превратил "святую схиму… в наказующий меч".
Серьезной каре (ссылке, ослеплению, казни) обычно предшествовало всеобщее поругание. Преступнику остригали волосы, бороду, брови, даже ресницы, возили его затем по городу и по ипподрому на осле, верблюде или быке (лицом к хвосту). Иногда на него набрасывали мешок, надевали рубаху без рукавов, на шею вешали «ожерелья» из бычьих и овечьих кишок, на голову водружали такие же «короны». Впереди, потехи ради, шествовали жезлоносцы с глумливыми песнями и славословиями. Дочери и жены царей выходили на балконы посмотреть на такое зрелище: его организацию поручали порой скоморохам и мимам как опытным режиссерам забав.
Тюрьмы содержало государство. В тюрьму сажали политических преступников, особо опасных рецидивистов и несостоятельных должников. Дебоширов и гуляк за мелкие проступки просто пороли на месте без суда и разбирательства. Бедняка византийская бюрократия предпочитала карать смертью, отсечением носа, руки, оскоплением, каторгой, поркой, штрафом, изгнанием из города — ей было невыгодно кормить, поить и одевать вместо того, чтобы получать с простолюдина налоги.
Глика пишет, что к нему на дом явился посланец василевса и препроводил его в тюрьму по названию Нумеры — темницу, "страшнее Аида" (подземного царства), ибо заключенные не видели во мраке лиц друг друга. Попавший в тюрьму нередко навсегда оставался в ней. Андроник I морил голодом в тюрьмах даже женщин, причастных к политике. «Поумирали» в тюрьме и «апостолы» ересиарха Василия, хотя получали пищу, заверяет Анна. Разведчик Алексея I, засланный в лагерь Лжедиогена, прикинулся беглым из тюрьмы: для этого он обрезал бороду и волосы и нанес себе множество ран и ссадин.