Генофонд славян (или генотип славян) – термин, используемый для обозначения генетических особенностей славянского этноса по сравнению с другими этносами [181]. Такие современные молекулярно-генетические методы, как определение пропорций гаплогрупп и изменений в Y-хромосоме в человеческих популяциях, позволяют выдвигать гипотезы об этногенезе славян [182]. Y-хромосома определяет мужской пол человека и отвечает за наследственность по отцовской линии. В 2002 году сообщество генетиков (Y Chromosome Consortium) выработало общую классификацию и номенклатуру по линиям Y-хромосомы. Выделено 18 основных мутационных кластеров в хромосоме, так называемые клады, обозначаемые латинскими буквами от A до R. Порядок букв отражает последовательность возникновения мутаций. Эти клады в свою очередь разветвляются на гаплогруппы, которые нумеруются цифрами и буквами. К примеру, гаплогруппу I1b можно разделить на I1b1 – характерную для южных славян вообще и боснийцев особенно; I1b1b – маркер жителей Сардинии; I1b2 – в ареале, пограничном между кельтами и германцами; и I1b2a1 – локализованную только в Англии [183].
Анализ древа всех неафриканских гаплогрупп современного человека показывает, что у них были общие корни в Африке [184]. Самые ранние мутации, относящиеся к гаплогруппе A и B, представлены только в Африке. Примерно 40–50 тыс. лет назад (ледниковый период) мутация M148 привела к возникновению гаплогруппы C. Ареал этой группы охватывает Центральную и Восточную Азию и характерен для монголоидов. Мутация М89 в гаплогруппе B привела к возникновению гаплогруппы F среди раннепалеотических потомков переселенцев из Африки. После ряда последовательных мутаций в ледниковый период Европу заселяли 20 тыс. лет назад носители гаплогруппы R1.
По распространённой гипотезе, носители R1 в результате продвижения ледников в Европе оказались изолированы друг от друга. Те из них, которые пережили трудные времена в Испании, стали расселяться оттуда с началом потепления 10–15 тыс. лет назад по Западной Европе как носители гаплогруппы R1b, а другие выжили в Северном Причерноморье и 6–8 тыс. лет назад развили индоевропейскую экспансию на запад и восток как носители гаплогруппы R1a.
Племена позднего палеолита, носители R1a и отдалённые предки славян, из степей Восточной Европы дошли до Алтая, оставив след в генофонде алтайских народов, киргизов и таджиков, и проникли в Индию (35–45 % на севере Индии).