14 октября 1912 г. рукоположен во иеродиакона, 17 октября 1912 г. — во иеромонаха.
С ноября 1912 по сентябрь 1913 г. иеромонах Афанасий преподавал в Полтавской духовной семинарии. Затем был переведен во Владимирскую духовную семинарию. На погребении Владыки протоиерей Алексей Громов, его бывший ученик, сказал: «Я хорошо помню день, когда ты, молодой, энергичный, ревнующий о славе Божией, прибыл из Полтавы в родную семинарию, чтобы занять вакантную кафедру преподавателя литургики и гомилетики. Помню блестящую лекцию, которую ты прочел нам, приступая к работе, о значении литургики и гомилетики в системе богословского образования. Никогда не забуду начальных слов этой твоей лекции. "На фронтоне нашей семинарии, — сказал ты, — написаны подлинно золотые слова: Дондеже свет имате, веруйте во свет, да сынове света будете (Ин. 12:36)". И дальше потекла речь, плавная, красноречивая, убежденная и убеждающая»[7].
Иеромонах Афанасий 1913 г.
Ученик епископа Афанасия протоиерей Владимир Елховский вспоминал о том, как однажды по предложению о. Афанасия семинаристы подготовили «такую всенощную, какая пелась в старину», продлившуюся с шести часов вечера до трех часов утра.
В период преподавания во Владимирской семинарии иеромонах Афанасий вместе с игуменией Успенского Княгинина монастыря Олимпиадой (Медведевой) был избран на Всероссийский съезд духовенства и мирян, состоявшийся в Москве летом 1917 г. В январе 1918 г. иеромонах Афанасий вошел в состав членов Священного Собора Российской Православной Церкви вместо настоятеля Белогорского Свято–Николаевского монастыря Пермской епархии архимандрита Варлаама (Коноплева), который 20 декабря 1917 г. (3 января 1918 г.) заявил о сложении с себя полномочий члена Собора.
На Соборе иеромонах Афанасий встретился с профессором Б. А. Тураевым, инициатором восстановления в богослужебной практике службы Всем русским святым. Священный Собор постановил восстановить существовавшее в Русской Церкви празднование дня памяти русских святых. Проф. Б. А. Тураев и иеромонах Афанасий приняли на себя труд исправления и дополнения древней службы, составленной иноком Григорием в XVI в. После кончины проф. Б. А. Тураева в 1920 г. вся работа по составлению службы легла на плечи Владыки Афанасия, эту работу он выполнял всю свою жизнь, вынужденно оставляя ее лишь в связи с пребыванием в заключении. Он писал впоследствии: «Господь судил мне в 1918 г. участвовать вместе с + Борисом Александровичем Тураевым (инициатором восстановления этого праздника) в составлении службы Всем русским святым. Изданная в том же году служба эта, хотя и обвеянная дыханием Священного Собора, как составлявшаяся спешно (праздник был восстановлен 13 августа, мы спешили, чтобы провести службу хотя бы чрез Богослужебный отдел Собора; который был распущен пред Рождеством Богородицы) была неполна. + Борис Александрович уже вскоре после Собора писал мне о замеченных им недостатках. Но он не мог заняться их исправлением, ибо вскоре, в 1920 г., скончался. Я считал, что это дело завещано им мне, как соавтору. И я занялся им, побужденный одобрениями авторитетных лиц и чтимых мною иерархов, почитателей нашего праздника»[8]. Участие будущего епископа Афанасия Ковровского на Священном Соборе 1917–1918 гг., работа в Отделе о богослужении, проповедничестве и храме определили основные направления его научной деятельности. В 1918–1920 гг. иеромонах Афанасий — член Владимирского епархиального совета.
В феврале 1919 г. происходит вскрытие мощей святых князей Андрея, Георгия и Глеба в Успенском соборе г. Владимира. В ожидании начала демонстрации вскрытых мощей народу владимирское духовенство установило в соборе дежурство по два человека. Первыми дежурными были иеромонах Афанасий и псаломщик Александр Афанасьевич Потапов[9]. Когда открылись двери собора, именно иеромонах Афанасий начал молебен владимирским угодникам.
В 1920–1921 гг. иеромонах Афанасий — наместник Владимирского Рождество–Богородицкого монастыря с возведением (2 февраля 1920 г.) в сан архимандрита. Ему пришлось быть непосредственным свидетелем того, как весь монастырь перешел к ЧК. В июле в одном из помещений монастыря еще совершалось богослужение. В августе 1920 г. монастырь был занят полностью. В сентябре 1920 г. был закрыт епархиальный совет, а в ноябре произведена проверка и переучет всего имущества монастыря. В 1921 г. часть церковного имущества из собора вывезли в Троицкую церковь, куда было переведено духовенство из архиерейского дома. Церковные облачения и другие предметы были свалены в кучу и обречены на гибель. Хорошо об этом сказала владимирский историк и поэт Т. Тимофеева:
9
Потапов Александр Афанасьевич (1887–1971) с 15–летнего возраста в течение почти 60 лет оставался в соборе сначала пономарем, потом псаломщиком. В качестве сторожа он охранял собор в те годы, когда в нем не совершалось богослужение. А. А. Потапов оставался в составе притча до дня кончины.