В 1942 г. Владыку ненадолго освободили из лагеря и отправили в ссылку в Ишимскую область. В течение недолгого пребывания в ссылке Владыка пытался наладить церковную жизнь в городе, где не было ни одной церкви, совершал богослужения на дому, хлопотал через своих духовных чад об открытии храма[33].
Решение о воссоединении с Московской Патриархией созрело уже в марте 1943 г., когда стало ясно, что Местоблюстителя Патриаршего Престола митрополита Петра Крутицкого уже нет в живых.
В 1943 г. несмотря на перемену официальной политики в отношении Церкви не прекратились преследования церковных деятелей, находившихся в оппозиции к митрополиту Сергию (Страгородскому). В их числе был и епископ Афанасий (Сахаров). Его арест был произведен по обвинению «в проведении про–фашистской агитации и распространении провокационных слухов и участии в антисоветской агитации». В 1944 г. дела епископа Афанасия (Сахарова), епископа Василия (Преображенского), иеромонаха Иеракса (Бочарова), священника Петра Шипкова, монахини Ксении (Гришановой) и Н. В. Трапани были объединены в одно следственное производство. Следствие стремилось получить картину стройной и разветвленной организации нелегальной церковной жизни, которая возглавлялась епископом Афанасием в то время, когда большинство оппозиционных архиереев были замучены или расстреляны. Н. Г. Трапани в своих воспоминаниях о святителе Афанасии писала, что в тюрьме, куда она попала вместе с епископом, о. Петром Шипковым, иеромонахом Иераксом и монахиней Ксенией, она столкнулась с созданной ГПУ гипотезой о существовании «Антисоветского церковного подполья».
Владыке инкриминировались тайные богослужения, рукоположения, ему предъявляли обвинения в том, что в своих письмах он отвечал на текущие вопросы церковной жизни.
Приговоренный к восьми годам ИТЛ, он отбывал срок сначала в Сибирских лагерях. Здесь в 1945 г. Владыка узнал об избрании на Архиерейском Соборе Патриарха Алексия (Симанского). Сразу после получении этого известия он и другие священнослужители, близкие ему, стали возносить на своих молитвах имя Святейшего Патриарха Алексия, «как законного первоиерарха Русской Православной Церкви, признанного всеми восточными патриархами, чрез которого совершается и наше единение со Вселенскою Церковию»[34].
С декабря 1946 по июль 1947 г. Владыка томился в Темниковских лагерях. С июня 1947 г. — в Дубровлаге. В мае 1954 г. перемещен в Зубово–Полянский дом инвалидов для заключенных, где находился до 7 марта 1955 г. О пребывании в доме инвалидов свидетель–ствует письмо Председателю Совета Министров СССР Г. М. Маленкову. Уже предельно измученный, больной святитель описывает условия, в которых жил он и другие заключенные инвалиды, среди которых было немало священнослужителей[35]. 7 марта 1955 г. Владыка был освобожден из инвалидного дома и поселился в г. Тутаеве (Романово–Борисоглебск) у своего давнего знакомого исповедника Георгия Седова, который заявил себя опекуном епископа. С 24 октября 1955 г. до дня кончины святитель прожил в г. Петушки Владимирской области.
К этому времени относятся знаменитые два письма святителя к духовным чадам, распространившиеся среди церковных групп «непоминающих». Одно из этих писем, известное как письмо к О. И. Сахарновой, было послано монахине Варваре (Адамсон), живущей в Загорске (ныне Сергиев Посад) и монахине Серафиме (Ольге Сахарновой). В этом послании был канонически обоснован призыв к воссоединению с Московской Патриархией. Епископ Афанасий писал: «В настоящее время положение церковных дел совершенно не похоже на то, что было при м[итрополите] Сергии. Митр[ополита] Петра, конечно, нет в живых. Помимо первоиерарха Поместной Русской Церкви, никто из нас, ни миряне, ни священники, ни епископы, не можем быть в общении со Вселенской Церковию. Не признающие своего первоиерарха остаются вне Церкви, от чего да избавит нас Господь!»[36] После ознакомления с этим письмом многие воссоединились с Московской Патриархией.
33
В иноказательный форме Владыка писал из Ишима: «Кум пишет, что попал в такое место, где на большое расстояние в округе нет медицинского пункта. Местные жители, узнав, что он немного знаком с медициной, стали к нему обращаться, а он не считал себя вправе отказать в помощи больным. Теперь они хлопочут об открытии медиц[инского] пункта, а он предполагает не оставлять без помощи жителей до тех пор, пока не будет прислан для пункта специальный врач» (Письмо к диакону Иосифу Потапову от 29 мая 1943 г.).
34
Письмо свт. Афанасия Св. Патриарху Алексию от 2 апреля 1955 г. // Молитва всех вас спасет. С. 400.