Местные власти были более чем просто встревожены предприятиями приезжего Великого Мага, и Инквизиция арестовала его в День Св. Иоанна Евангелиста, 27 декабря 1789 г., и поместила в замок Сент-Анджело. Прославившийся своим хитроумием Калиостро вряд ли поступал в соответствии с ним, занимаясь своим уставом прямо в тени ватиканских стен, хотя вполне может быть и так, что здесь он дал волю своему предельному эгоизму и даже помыслить не мог о том, что кому-то будет дело до него и до его занятий посреди огромного и многолюдного города. Также говорят, что о его ложах донес Инквизиции кто-то из его ближайшего окружения, даже, может быть, его жена, в то время как другие настаивают на версии о засланном к нему Ватиканом шпионе-провокаторе.
Оправдание Калиостро Парламентом по делу об афере с ожерельем горько опечалило Людовика XVI, и он постарался задействовать все влияние своего двора во всей Европе, чтобы сделать жизнь мага невыносимой или, по крайней мере, максимально нелегкой. Вследствие этого политические преследования гнали Калиостро из города в город и в конечном итоге привели в застенки Иквизиции. К материалам инквизиторского «дела» постоянно добавлялись все новые опубликованные в разных странах разоблачительные памфлеты и данные о «расследованиях». Как славен и превознесен он бы ни был раньше, после дела об ожерелье жизнь его покатилась под откос, и римское инквизиторское следствие стало просто последним актом этой богатой событиями драмы.
«Суд» над ним был в действительности объявлением Римской Церковью войны, предупреждением с ее стороны, что она не собирается мириться с существованием масонства ни при каких обстоятельствах. Один из историков назвал «Жизнь Жозефа Бальзамо», вышедшую из-под пера автора-инквизитора, впервые официально заявившего о связи между Бальзамо и Калиостро, не просто биографическим трудом о Калиостро, а публицистической атакой на масонство как таковое. Поскольку Бальзамо был всем известен как отпетый мошенник, инквизиторам было очень удобно признать эту связь неоспоримой, так это было в действительности или нет. Так как мнение инквизиторов довольно предсказуемо, многие сомневаются в правдоподобности этой биографии, составленной автором, который, что было доказано, по своей воле добавлял в нее при необходимости некоторые вымышленные подробности.
В ходе судебного процесса Калиостро предположительно сознался в членстве в некоем лондонском масонском ордене, «занятом раскрытием тайн герметического искусства, в особенности Философского Камня», а также в принадлежности к иллюминатам. Зная методы получения показаний, практикуемые Инквизицией, мы совершенно не удивлены. Но подобно всему прочему, что известно нам о его жизни, эти данные тоже должны рассматриваться через призму привычной для него манеры сообщения данных – именно тех, которые от него хотят услышать в тот или иной момент.
Более чем вероятно, что, по крайней мере, частично он описал в своих «признаниях» общество розенкрейцеров, в которое вступил когда-то, возможно, будучи в Лондоне. Это была таинственная секта, возникшая в Германии в начале XVII века, хотя некоторые полагают, что раньше, и окутанная плотной пеленой слухов и непроверенных сведений относительно ее истоков и происхождения. Также ее довольно часто путают с масонством и считают его частью. Поскольку ее члены следовали спиритуалистическим путем и занимались алхимией и целительством, то вполне можно предположить, что рыбак рыбака видит издалека и что Калиостро входил в эту группу.
По окончании процесса 4 мая 1791 г. Инквизиция публично сожгла книги и бумаги Калиостро, что было стандартной для нее процедурой в то время в подобных случаях и что предвосхитило нацистские костры из книг через пару веков. Ему был вынесен смертный приговор, необъяснимым образом затем замененный на пожизненное заключение, и для его отбывания Калиостро перевезли в итальянскую тюрьму Сент-Лео, где он и умер 26 августа 1795 г., проведя несколько лет в темной одиночной камере, похожей на цистерну. Кое-кто утверждает, что причиной смерти стал апоплексический удар, хотя ходили слухи и о том, что охранник «помог» ему умереть. Но даже после смерти противоречивые слухи не оставляли его, потому что поговаривали, что он бежал из заключения и за счет своего чудесного эликсира прекрасно себя чувствует и по сей день ходит где-то среди нас.