Афанасий Андреевич Чебышёв женился на Александре Николаевне Кожиной, дочери сенатора Н. П. Кожина, богатого помещика, который заново отстроил дом в Аладино, поскольку старый был уничтожен пожаром 1 марта 1820 г. Как гласит семейное придание Чебышёвых, именно в этот день и родился младший сын Афанасия Андреевича — Пётр, будущий вице-адмирал. После возвращения с войны Афанасий Андреевич стал периодически страдать от приступов психического заболевания. Родственники считали, что ночной пожар случился именно по его вине, поэтому позже Афанасий Андреевич был отправлен на лечение в Калугу, в Хлюстинскую губернскую больницу, где и скончался.
Детство Петра Афанасьевича прошло в Аладино, в большом новом доме, фасад которого украшали четыре белые колонны. Усадьба была расположена в живописном месте, рядом находились барский сад и большой пруд. Старшая сестра Анна, не вышедшая замуж, посвятила свою жизнь воспитанию младшего брата. Она так основательно знала математику, физику и другие науки, что смогла подготовить Петра для поступления в Морской кадетский корпус.
В 1831 г. Пётр Чебышёв становится кадетом Морского корпуса, а в 1838 году оканчивает его унтер-офицером 3-го класса и направляется в корпус морской артиллерии.
В том же 1838 г. Пётр Афанасьевич уже ходит на судах разного класса у Абхазских берегов в Черном море, где и состоялось его первое боевое крещение в боях с горцами. В 1839 году за отличие при занятии местечка Субаши, у абхазских берегов, он был произведен в юнкера. Во время одной из высадок десанта в июле этого же года Чебышёв ранен в правую руку. В марте следующего года за отличие в боях против горцев получает звание прапорщика морской артиллерии, а в декабре — по собственному ходатайству «переименован» в мичмана. С этого времени и до 1856 г. Петр Афанасьевич Чебышёв служит в составе Черноморского флота. В дни Крымской войны лейтенант Чебышёв — на переднем крае обороняющегося Севастополя. В гарнизоне состоял с 13 сентября 1854 по 27 августа 1955 г.
С января по август 1855 г. он командует батареей № 10 на 4-м бастионе. Это укрепление располагалось в одном из самых опасных мест обороны, поскольку находилось ближе остальных к передовым позициям противника. Не случайно великий писатель России Л. Н. Толстой (в то время подпоручик из вольноопределяющихся) в своих «Севастопольских рассказах» красочно описал бой артиллеристов именно этого бастиона. Потери личного состава на этом участке обороны от огня вражеской артиллерии и штуцерных пуль были очень велики. Смертельный риск сопровождал каждого, кто хоть ненадолго посещал 4-й бастион. Выписка из послужного списка лейтенанта Чебышёва свидетельствует о том, что он находился в самом пекле сражения:
«…10 мая 1855 г. разрывом бомбы контужен в голову с обожжением лица, 6 июня ранен в голову с обожжением черепа и 10 июня ранен в орбиту правого глаза».
Ратные подвиги Петра Афанасьевича были оценены по заслугам. Тот же послужной список говорит о его наградах:
«…Награждён орденами св. Анны 3-й степени с мечами и св. Станислава 2-й степени с мечами, Золотою саблею с надписью „За храбрость“ и чином капитан-лейтенанта».
К этим наградам Петра Афанасьевича добавились медали: серебряная с Георгиевской лентой и бронзовая на Андреевской ленте, а позже, за 18 морских кампаний, Чебышёву был пожалован орден св. Георгия 4-й степени.
29 июня 1855 г. Пётр Афанасьевич пишет письмо на родину своей жене Юлии Григорьевне Чебышёвой, в котором были такие слова:
«…Неприятели все строят новые и новые батареи, роют траншеи и теперь нет места в городе, куда бы не попадали их ядра; даже залетают через весь город на северную сторону… Лучшие наши адмиралы все убиты, осталась такая дрянь, что срам сказать… Вчера вечером нас постигло большое горе, Нахимов ранен пулей в голову. Потеря эта велика для всей России, а для нас необъятна… Вот будут рады турки-французы, когда узнают, что он убит, и ошибутся, потому, что дух его не убит, а надолго останется с нами…».
30 марта 1856 г., после тяжелейших переговоров, был подписан Парижский мирный договор. Ни Россия, ни Турция не имели права держать военный флот на Чёрном море. Были нейтрализованы также проливы, дельта Дуная перешла к Молдавии, которая была, фактически, вассалом Турции. Христиане, подданные султана, перешли под протекторат всех европейских держав. Николай I не дожил до окончания войны. Мирный договор подписал новый император Александр II, который был намерен менять внешнюю политику и сосредоточить усилия на внутренних реформах государства.