Адмирал А. А. Попов не давал своим морякам засиживаться на одном месте. Он требовал от офицеров и матросов бдительности и готовности в любую минуту броситься в бой. Корабли эскадры постоянно находились в крейсерстве и создавали иллюзию о многочисленности русского флота у берегов Америки. Русские корабли по очереди чинились на морской базе Мэйр Айланда. Среди офицерского состава эскадры несли службу два кадета: будущий писатель-маринист Константин Михайлович Станюкович и будущий славный адмирал Степан Осипович Макаров. Последний был в звании кадета Николаевского-на-Амуре Морского училища и, как самый младший из команды, находился на борту корвета «Богатырь» под личной опекой капитана П. А. Чебышёва.
Боевая выучка русских матросов вскоре пригодилась. Утром 23 октября 1863 г. в финансовой части Сан-Франциско начался пожар, который огненным валом прошелся по улицам Дэвис, Калифорния и Сакраменто. Одна из версий утверждает, что это был поджог — типичная диверсия тех времен. Городские пожарные команды были не в состоянии противостоять огню. Тогда по приказу адмирала Попова половина команд во главе с офицерами покинула свои корабли и направилась на помощь американским пожарным. Вооруженные топорами, крючьями и веревочными лестницами русские моряки бросились на борьбу с огнем. Проявляя мужество и героизм, моряки спасли многих погибавших.
Как писала позже американская пресса, русские снимали брезентовые мокрые бушлаты, защищая спасаемых детей от пламени, тем самым подвергая себя ожогам. Позже известный морской писатель К. М. Станюкович, очевидец геройских подвигов матросов, рассказал об этом в своем рассказе «Подвиг матроса Чайкина».
Многие русские моряки получили сильные ожоги, некоторые тяжёлые ранения, у двоих были раздроблены руки, у одного нога. Капитан корвета «Богатырь» Пётр Афанасьевич Чебышёв лично вынес из огня нескольких детей, получив при этом ожоги. Раненые и обожженные доставлялись в Морской госпиталь, где им оказывалась срочная помощь. Но именно в этот день русская эскадра понесла потери: шестеро русских матросов, получив слишком сильные ожоги и травмы, скончались на госпитальных койках. Их прах и поныне покоится на кладбище морской базы Мэйр Айланд.
Местные газеты, описывая подвиги русских моряков, преподносили это как яркое доказательство дружбы между Соединенными Штатами и Россией. Городская управа Сан-Франциско и Пожарный департамент города официально опубликовали свои благодарности русским за их помощь на пожаре. Командир корвета «Богатырь» Чебышёв получил личную благодарственную грамоту от муниципалитета Сан-Франциско.
Конец 1863 г. и первую часть 1864 г. обе русские эскадры провели в портах Нью-Йорка и Сан-Франциско, в любой момент ожидая начала военных действий. Таким образом, прошел почти год, и когда к середине 1864 г. стало ясно, что Юг находится на грани поражения, обе русские эскадры были отозваны домой.
Эскадра адмирала С. С. Лесовского вернулась в Кронштадт 25 июля 1864 г. Тихоокеанская эскадра (которой командовал адмирал Ендогуров, сменивший адмирала Попова) вышла из Сан-Франциско 1 августа 1864 г. и прибыла в Шанхай, где суда эскадры были распределены по китайским и японским портам.
Вернувшись к родным берегам, Пётр Афанасьевич 4 октября 1865 г. назначается командиром корабля «Цесаревич», а через полгода он уже в звании капитана 1-го ранга. Спустя 6 лет 24 апреля 1872 г. он принимает командование над 6-м флотским экипажем, а 16 апреля 1878 г. произведен в контр-адмиралы.
Спустя два месяца контр-адмирал П. А. Чебышёв в связи с угрожающими действиями Англии, имеющей мощный броненосный военный флот, направляется приказом Управления Морского министерства руководить морскими укреплениями Свеаборга. Этот крупный российский военный форт, вооруженный крупнокалиберной артиллерией, закрывал подходы с моря к Петербургу. Именно Свеаборг во время Крымской войны не дал подойти большой англо-французской эскадре к северной столице России.
После Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. Англия и Австро-Венгрия, недовольные статьями мирного договора, заключенного в Сан-Стефано 19 февраля 1878 г., стали оказывать на Россию давление. В ходе этой войны, где главные события разворачивались на суше, русский флот, тем не менее, сумел вытеснить с Черного моря турецкие корабли и применил на практике новые средства ведения морского боя — миноносцы. Здесь проявился талант будущего флотоводца и военного инженера Степана Осиповича Макарова, который первые шаги в своей карьере делал под началом Петра Афанасьевича Чебышёва.