Когда в 1707 году умер Киевский Митрополит Варлаам (Ясинский), Стефан обратился с просьбой к царю освободить его от Местоблюстительства и назначить Митрополитом в Киев, но Петр I не согласился на это.
Стефан вначале поддерживал деятельность Петра, его реформы в армии и на флоте, приветствовал строительство дорог и каналов, развитие промышленности, расширение торговли и заботы о просвещении, однако позже открыто выступал против ограничительных тенденций царя по отношению к церковной власти и его благосклонного отношения к протестантизму. Широко известна история его противостояния Феофану Прокоповичу, крупному церковному деятелю того времени, который тяготел к протестантизму и всячески поддерживался Петром I.
Стефан Яворский был смелым и мужественным человеком, поступавшим по совести, хотя часто его пытались представить как нерешительного и мягкотелого, роль которого в церковно-административных делах была незначительна. Действительно, власть Местоблюстителя по сравнению с Патриаршей была ограничена Петром. Но в этих нелегких и весьма тяготивших и унижавших условиях Стефан делал все, что мог, чтобы остановить отступление русского народа от Православной веры. Он подавал царю протесты против «новшеств в духовной жизни» народа и открыто обличал царя в проповедях, не страшась его гнева, наконец, он написал свою знаменитую книгу.
За свою жизнь Стефану пришлось вынести немало клеветы. Одни ставили ему в вину католическое образование, другие, напротив, «традиционность» и сопротивление реформам Петра. Особенно много неприятностей пришлось на последние годы его жизни, когда он стал Президентом Святейшего Синода. Тяжело больной, он фактически постоянно находился под следствием по доносам. Каждый раз он оказывался оправданным, однако постоянные обвинения и допросы сокращали дни его жизни. Он скончался в Москве в возрасте 64 лет и похоронен в Успенском соборе Рязани. В настоящее время останки Митрополита покоятся в Малоархангельском Рязанском соборе. Свои деньги и книги он завещал основанному им Нежинскому Богородичному монастырю.
Немало клеветы возводилось на него и после смерти, вплоть до обвинений в тайном иезуитстве.
«Камень веры Православно-Кафолической Восточной Церкви» Стефан начал писать, когда в 1713 г. началось «дело Тверитинова» и его сообщников, увлекавшихся лютеранством. Тогда Стефан приложил все силы, чтобы изобличить их и — косвенно — царя, потворствовавшего им. «Камень веры» — полное систематическое изложение Православного вероучения, с детальным разъяснением основных положений Православия, книга, написанная в защиту Православия в условиях активной пропаганды протестантизма. Это Камень веры «Православным сынам Святой Церкви на утверждение и духовное созидание, претыкающимся же о камень — на восстание и исправление». При эмоциональности и образности изложения книга имеет очень четкую структуру. Она включает в себя двенадцать обширных трактатов — Православных Догматов о святых иконах, о знамении Честного Креста, о святых мощах, о Таинстве Евхаристии, о призывании святых, о входе святых душ в Небесные обители, о благотворении преставившимся, о Преданиях, о Святейшей Литургии, о святых постах, о добрых делах, о наказании еретиков. Каждый Догмат излагается, затем доказывается, и, наконец, опровергаются возражения против него. Доказательства взяты из Ветхого и Нового Завета, Соборных правил, творений святых Отцов.