Пребывая во многих трудах и подвигах ради Святой Церкви, он перенес тяжелые телесные болезни. хотя от природы был весьма крепкого сложения. Многие годы он болел каменной болезнью арфритидой, при которой больше всего поражались ноги и руки (подагра и хирагра). Кроме телесных болезней, он великодушно претерпел и многие душевные невзгоды: обиды, поношения, клевету и наветы недоброжелателей, и даже своих домочадцев. Бог же сохранил его целым и невредимым до самой его кончины, ибо благочестивый государь, хотя по наветам некоторых несколько и усомнился в нем, однако по превысокой своей и Церкви милости к нему нисколько не отдалил его, напротив, добавил ему еще одну должность. Когда в Росии Патриаршество заменил Святейший Синод, Государь утвердил Митрополита Стефана, вопреки его желанию, Председателем (Президентом) Синода. Так, достойно, в трудах, болезнях и заботах о Святой Церкви провел свою жизнь Преосвященный Митрополит Стефан Яворский, благочестиво преставившийся в царствующем граде Москве 27 ноября 1722 года от Рождества Христова в возрасте 64 лет. Тело его после совершении надгробного отпевания в Москве по его завещанию отвезли в его Митрополию в Переяславль Рязанский и положили в Соборной Церкви Пречистой Богородицы, достойного и славного Ее Успения, вместе с другими Архиереями этого Престола.
Боже духов и всякой плоти, со святыми упокой душу усопшего раба Твоего Стефана, аминь.
В 1713 году от Рождества Христова в царствующем пресловутом граде Москве началось дело, которое из-за многих, связанных с ним событий и достоверных свидетельств о них стало широко известным.
Среди русского народа появился некий ересеучитель стрелецкого происхождения по имени Димитрий Евдокимов, сын Тверитинов, который прежде назывался Дерюшкиным. Смолоду он пристал к некоему врачу-иноверцу, от которого научился врачебным хитростям, но при этом повредился душой от недуга еретичества. Он стал телесным врачом, но жесточайшим душевным губителем. Ибо, собрав единомышленников среди подобных себе, лиц, не твердых в Православной вере, подобных трости, ветром колеблемой, в Священном Писании или весьма неискусных, или и извращающих его еретическим духом, он стал ересеучителем и, возглавив сборище губителей, стал засеивать плевелы различных ересей посреди пшеницы святого благочестия. То, что он впитал с молоком с молодости, в совершенстве лет и своей злобы стал выплевывать. Он учил не по чину, вопреки всем Вселенским и Поместным Соборам, что следует отвергнуть святые иконы, что в Святейшей Евхаристии есть только обычный хлеб, что бесполезно призывать святых, что напрасно поклоняться животворящему Кресту Господню, что не следует почитать святые мощи и молиться за умерших, а также другим нечестивым догматам, издревле проклятым Вселенскими Соборами. В этом ересеучителе видели второго Феиду или Иуду Галилеянина, о которых написано в Деяниях Апостолов (
Деян. 5:26). У него были последователи и почитатели, люди своевольные, о которых здесь лучше бы и не вспоминать. Так, у него появился сообщник, Михайло Андреев, сын Косой, из Котельной слободы, в котором звериная ярость Тверитинова усугубилась и проявилась и раньше, в смутное время, в 1682 году, в Москве — он был известным подстрекателем стрельцов к мятежу. За это он был отправлен в изгнание в Сибирь. Другие единомышленники — холмогорец Михайло Минин, сын сапожника, да купец овощного ряда Никита Мартинов, да ученик, учившийся вне школы, Иван Максимов, да Фома Иванов, по ремеслу своему цирюльник. Все они, принявшие демоническое учение, скорее бесословы, чем богословы, среди них последний среди упомянутых, но первый по злобе, Фома Иванов, достиг такой степени беснования, что по демонскому наущению, из-за своего еретичества, будучи пьяным, дерзнул надругаться даже над образом Божия угодника святого Митрополита Российского Алексия в Чудовом монастыре. О, сколь долготерпелив Ты, Владыка! В давние времена Ветхого Завета Филистимляне осквернили Твой ковчег, раскопали Твои жертвенники, опустошили храм Святое Святых, надругались над святыми иконами в Новом Риме в царствование Льва Исавра. Так и в наше время Ты видел свершившееся злодеяние этого Фомы Своими плачущими Очами и ужасался. Впрочем, всемогущий Творец по великой Своей милости не допустил, чтобы это пламя разгорелось и эта пагуба хоть сколько-нибудь распространилась. Ибо по монаршескому указу благочестивейшего и во всей вселенной Православием сияющего, многими победами прославленного победителя, Всероссийского императора, великого монарха нашего, Петра Первого, в царствующем великом граде Москве, звероподобный еретик Фома за свое безумное дерзновение понес соответствующее суровое наказание — смертную казнь. За это он достоин похвалы, поскольку, хотя и сотворил вначале зло. но после этого совершил добро, загладив свое злодеяние искренним покаянием, исповеданием своих грехов и публичным покаянием в своей дерзости. Остальные еретики, не покорившиеся Святой Церкви, то есть Димитрий Тверитинов с единомышленниками, на общем Совете Священного Собора были преданы анафеме.