В основе древнего культа Синто стояло почитание сил природы или персонифицированных божеств, природных феноменов, мифологических богов, местных божеств и предков, героев японской истории. Почитание и обожествление всего существующего на земле, как уже отмечалось, являлось характерной чертой анимистического мировоззрения, и было типичным для ранних форм религии народов мира. Анимистические и тотемистические (вера человека в родство с животными и растениями) представления были чрезвычайно широко распространены на ранней стадии развития человечества, в том числе и на территории Японии. Созданные воображением человека многочисленные божества и духи разделяли мир на две части: реально существующий и невидимый — мир таинственных сил, довлеющих и управляющих всем живым и неодушевленным на земле. Всякое столкновение с неизвестным, неординарным, природные катастрофы — извержения вулканов, землетрясения и цунами, тайфуны и пожары, болезни и несчастья, неудачи на промыслах, неурожаи, голод и смерть — ставили мысль человека в тупик, заставляли его искать объяснение непонятному. С другой стороны, стремление обеспечить себе благополучие и обезопасить от несчастий вынуждало людей искать способы для умилостивления сверхъестественных существ. Поэтому все, что обладало необычной силой и не могло быть объяснено человеческим разумом рассматривалось в Синто как божественное, как предмет поклонения и именовалось «ками» или «микото» — божество.
Ками было неисчислимое множество. Утверждают, что синтоистских божеств восемь миллионов. По японским воззрениям, ками обитали везде — в небесах, на земле и в море. У каждой местности был свой хозяин. Каждая гора, скала, водопад или много лет произрастающее дерево считались ками. В качестве божеств выступали некоторые животные и определенные люди.
От богов, по представлениям японцев, во многом зависело существование отдельно взятого индивидуума, а также общности, в связи с которой эти божества и почитались. Ками — высшие по отношению к человеку таинственные существа, наделенные божественной силой или волей (тама), обладали творческими либо разрушающими способностями. Тама каждого божества имела грубые (арамитама) или нежные (нигимитама) особенности, которые обуславливали способ почитания того или иного ками, то есть ритуальное поведение человека, испытывавшего к божествам двойственное чувство — страх и благодарность. В целом считалось, что ками доброжелательны, если их должным образом почитают. Горе — злых мстительных духов людей, которые были несправедливо обижены и вынуждены были совершить самоубийство или умереть в ссылке, по Синто, всеми силами надлежало повернуть в сторону добра. Иначе беды было не миновать. Народная молва утверждает, что мстительный дух убившего себя Ёсицунэ, косвенно был причастен к смерти его неблагодарного старшего брата Ёритомо.
В первую очередь земледельцы почитали божеств земли и злаков (та-но ками), охотники и путники — богов гор и вулканов (яма-но ками). Небесные божества почитались в храмах, земные — часто вне культовых сооружений, при посредничестве священников (каннуси). При этом священнослужители читали обычно молитвы, называемые норито. Почитание божеств Синто включало в себя обряд очищения (очищение осуществлялось тремя способами: хараи — изгнание демонов, мисоги — омовение тела водой и ими — воздержание), умилостивление духов, когда им преподносили материальные пожертвования (пищу, напитки, гохэй — полоски бумаги, символизировавшие одежду), выражение благодарности и испрашивание для себя различных благ. Почитание сопровождалось обычно танцами и музыкой.
Храм Синто является чрезвычайно важным местом, где происходит контакт человека с миром сверхъестественных существ, то есть ками. Все храмы Синто обычно включают в себя алтарь (хондэн), в котором находятся символические объекты поклонения — зеркало, меч и драгоценности, и молельню (хайдэн). Непременной принадлежностью храмов Синто являются священные ворота тории, устанавливаемые при входе. Тории, так же как и сэминава — толстые веревки, сплетенные из рисовой соломы с вплетенными в них полосками белой бумаги, считаются в синтоизме, во-первых, преградой для всего злого, а, во-вторых, объектами, производящими очистительное действие.
Постепенно разрозненные синтоистские представления и выработавшиеся на их основе культ природы и культ предков, а также вера в магические силы и суеверия, первобытные шаманские и колдовские обряды были оформлены в мифы, объединенные одной сюжетной линией. В этих мифах с относительной последовательностью толковалось, как возникло все существующее в мире, как возникла страна, именуемая Японией, и кому должны быть благодарны японцы за свою страну. Эти мифы и составили официальную синтоистскую мифологию, на которой базируется национальная религия японцев, не имеющая четко выраженного и зафиксированного свода догм.