Японцами была разработана специальная тактика морских сражений. Для борьбы с противником на воде были сформированы специальные подвижные отряды малых атакующих боевых лодок, предназначением которых было препятствовать высадке монголов на берег. Натренированные японские воины должны были брать крупные монгольские корабли на абордаж, уничтожать на них живую силу врага и сжигать его суда.
Японцы ожидали, что монголы вернутся туда, где их постигла неудача. Так оно впоследствии и произошло. Монголы, будучи мастерами шпионажа, должны были знать, что японцы готовятся к обороне и строят укрепления. Проще было высадиться в другом месте. Однако они пришли туда, где все было готово для отражения нападения.
В 1279 году Хубилай, считавший себя одним из величайших императоров в мире, в последний раз попытался дипломатическим путем склонить Японию к смирению перед своей могущественной империей. Посланники великого хана, прибывшие в столицу сёгуната Камакура, держали себя надменно и нагло. На этот раз они потребовали еще большей дани и грозили еще более страшными карами в случае отказа. Но все попытки монголов были тщетны. Угрозы только еще больше раздражали японских правителей. Подобно предыдущим представителям хана, присланным к Ходзё Токимунэ, иноземные послы были обезглавлены, а их головы отправлены в мешках хозяину. Хубилай был взбешен. Он понял бесполезность и бесперспективность всех переговоров, объявил Японию провинцией своей империи и отдал приказ о подготовке новой военной экспедиции с целью уничтожения непокорного государства и физической ликвидации ее глав. На этот раз Хубилай решил расправиться с Японией окончательно и выделил для ее захвата значительные силы.
Второе нашествие было назначено на весну — лето 1281 года. В это время тайфунов около Кюсю бывает меньше. В начале 1281 года по приказу верховного правителя полководцы Хубилая начали формировать новую армаду кораблей и приступили к разработке конкретных планов операции захвата Японских островов. Весь Южный Китай с его корабельными верфями был в руках монголов, что позволило им строить руками китайских судостроителей новые корабли. Постройка военных судов началась незамедлительно. На этот раз монгольское командование располагало почти в пять раз большим количеством кораблей, чем в 1274 году.
К западным берегам острова Кюсю, где должны были происходить боевые операции, по планам завоевателей, предполагалось на этот раз подойти одновременно с двух сторон. В первой флотилии (восточной группе) было 900 кораблей и примерно 42 тысячи монгольских, корейских и китайских воинов на борту. Как и прежде, она выходила из корейского порта Хаппо, вторая флотилия — главные силы (южная группа), насчитывала около 100 тысяч человек, разместившихся на 3500 кораблях, и выдвигалась из китайского портового города Нинбо (современная провинция Чжэцзян). Общее командование военными действиями Хубилай возложил на монгольского полководца Алахана.
Никогда ни прежде, ни впоследствии в истории не составлялось армии вторжения больше, чем монгольский флот 1281 года, ни по количеству кораблей, ни по численности войск. Достаточно отметить для сравнения, что знаменитая испанская армада, направленная тремя столетиями позже к берегам Англии, имела в своем распоряжении только 130 кораблей и 27 500 воинов.