Сражение на море и на побережье продолжалось почти без перерывов несколько недель. Встретив со стороны японцев такое неожиданно упорное сопротивление и понеся при этом существенные потери, монголы и их союзники отошли от залива Хаката. Содействовали такому решению начавшиеся в условиях страшной жары и скопления на кораблях большого числа монгольских и китайских войск инфекционные болезни, унесшие несколько тысяч жизней. По изменившемуся плану, агрессоры должны были выйти в море и продвинуться на запад для встречи со вторым соединением, которое запоздало с выходом из Китая, для перегруппировки сил и нанесения нового удара по Кюсю.
В конце июля понесшая потери восточная группа монгольского флота оставила побережье. Часть кораблей снова направилась к острову Ики. Остальные подошли к острову Хирадодзима, расположенному около западного побережья Кюсю. Здесь произошла встреча уже воевавших сил со второй флотилией, задержавшейся с отплытием с континента. После кратковременного отдыха объединившийся огромный флот монголов атаковал остров Такасима с целью создания нового плацдарма для вторжения на юг Японии. На этот раз атаку предполагалось произвести в заливе Имари. Опять над Японией нависла смертельная угроза. Каждый японец знал, что сулит стране монгольское нашествие.
Сёгунат спешно начал стягивать войска в районы предполагаемой высадки монголов. Армия готовилась к решающим сражениям, от которых, возможно, зависела государственная самостоятельность и независимость феодальной Японии, жизнь сотен тысяч людей.
В то же время император и его аристократическое окружение, должностные лица высших рангов, чиновники военного правительства, синтоистское и буддийское духовенство в самый критический момент разворачивавшихся событий обратили свои молитвы к национальным синтоистским божествам. Аристократия, чиновничество, священники и монахи по всей стране начали тщательно готовить и проводить в храмах Синто торжественные церемонии, в ходе которых молящиеся от своего собственного имени и имени защитников Японии умоляли местных японских богов о помощи. Главный обряд был совершен в центре молений — синтоистской святыне — храме Исэ, традиционном месте паломничества японцев. Экс-император Камэяма даже обещал принести себя самого в жертву во имя спасения страны.
И именно в это, а не в другое время, в месте, где должна была решиться судьба Японии, произошли события, которые были истолкованы синтоистскими священнослужителями как подтверждение божественной благосклонности к японскому народу. Как будто услышав мольбы японцев, природа послала им и помощь бурю, опять разрушившую все планы завоевателей.
16 августа 1281 года в середине дня на ясном и безоблачном небе неожиданно появилась темная полоса, которая, быстро увеличиваясь, охватила не-Гюсвод и затмила солнце. В течение считанных минут разразился небывалой силы смертоносный тайфун, нередкий в этой части Восточно-Китайского моря. Смерч пронесся над островом Такасима и прилегающим к нему районам как раз в том месте, где была сосредоточена армада монгольских кораблей. Ураган прошел над сушей и морем с юго-запада на северо-восток. Он переворачивал корабли, бил их друг о друга, давя в разрушающихся судовых конструкциях людей. Те, кто пытался покинуть гибнущие корабли и достичь берега, находили гибель в водной стихии. До побережья добрались очень немногие. Когда через три дня ветер стих, тучи рассеялись, и небо вновь прояснилось, от монгольско-китайско-корейского флота осталась едва ли четверть первоначального состава. Потери монгольских завоевателей были поистине катастрофическими — 4 тысячи военных кораблей и около 100 тысяч человек погибло в пучине. Побережье острова Такасима и берег залива Имари были покрыты остовами выброшенных монгольских судов, корабельными обломками, трупами солдат и боевых коней.