Тайфун, который стал считаться в Японии божественным, конечно, сыграл свою роль. Но были и другие причины провала кампании по завоеванию Японских островов. Возможно, все сложилось бы иначе, если бы не запоздалое прибытие главных сил монголов к Кюсю, именно ко времени свирепствования здесь штормов. Задержка, в свою очередь, была обусловлена большими трудностями, связанными со снаряжением и обеспечением огромной по численности военной экспедиции, неудовлетворительной организацией. Монгольская армия была вооружена намного лучше японской, в частности метательной артиллерией, которая посылала в противника зажженные снаряды, уничтожившие немалую часть береговых укреплений японцев. Монголы, владевшие более совершенной тактикой, могли бы победить самураев. Однако армию завоевателей составляли воины из покоренных монголами государств Восточной Азии, что затрудняло управление войсками. Воины-сателлиты воевали без особого рвения, характерного для монголов. Это была не их война. Монголы не были моряками и вынуждены были при операциях на море полагаться во всем на китайских, корейских и маньчжурских мореходов и их командиров. Кроме того, самоуверенные руководители похода недооценили мужество японцев, их готовность к самопожертвованию, единство и сплоченность перед лицом внешней опасности.
В ходе боев на море громоздкие и неповоротливые корабли флота Хубилая оказались неспособны противостоять небольшим, но маневренным и быстрым боевым судам японцев. Монголы соединили свои корабли железными цепями, чтобы создать из них плавучие крепости, что сыграло роковую роль во время урагана — корабли ударялись друг о друга, разбивались и шли ко дну.
И вторая неудача покорения Японии не обескуражила Хубилая. Людей, в подвластных монголам Китае и Корее, было много. Их жизни для верховного правителя Монголии и китайского императора ценности не представляли, впрочем, как и жизни монголов. Поэтому Хубилай не отказался от своих планов относительно Японии и начал готовить третий завоевательный поход.
Новое вторжение было запланировано на 1286 год. Ряд обстоятельств воспрепятствовал этой экспедиции. У монголов были проблемы и с другими территориями, завоеванными и еще не завоеванными. Неприятности были и у самого Хубилая. В год гибели монгольского флота у берегов Японии умерла любимая жена хана, а в год, на который была назначена третья экспедиция в Японию — любимый сын, наследник престола. Здоровье Хубилая начало ухудшаться, и в 1294 году Хубилай умер, так и не победив Японии и не реализовав свою мечту об империи, простирающейся и за морем.
Со смертью Хубилая закончилась эпоха великих монгольских ханов. Все последующие правители Монголии и Китая были менее значительными и масштабными фигурами и таких титулов уже не имели. В 1368 году монгольские феодалы вместе с последним императором империи Юань — Тогон Тэмуром были изгнаны из Китая, их власть была сброшена народными восстаниями. Юаньская династия монголов не просуществовала и столетия. Во второй половине XIV века монгольское господство пало в Иране, Закавказье, затем в Средней Азии и на Руси. Роскошь и развращенность монгольской верхушки, сытая жизнь большинства среднего и низшего звена монгольской армии снижали ее боевую способность. Монголы уже не могли сражаться так, как раньше. В конце XVI века они сами пострадали от маньчжурской экспансии. Окончательно закатилась звезда некогда могущественнейшей империи в 1758 году, когда войска маньчжурских феодалов уничтожили монгольское ойратское государство, истребив более полумиллиона монголов. Монгольскую феодальную империю постигла та же участь, что и все империи мира.
После неудавшегося вторжения монгольский флот ушел от берегов Японии. Однако бдительности японцы не теряли. Западное побережье Кюсю оставалось в постоянной военной готовности практически до конца XIII столетия. Оборонительные сооружения содержались в полном порядке, войска были готовы к боевым действиям. Для улучшения контроля над военным положением на острове Кюсю и юго-западе Хонсю сёгунат назначил специальных полномочных представителей — тиндзэй тандай. Наиболее важные посты, координирующие усилия по безопасности и обороне, регенты Ходзё сконцентрировали в своих руках. Чиновники сёгуната должны были решать всевозможные вопросы, которые возникали между сёгунскими вассалами на Кюсю, выступать в качестве руководителей войсками в случае вторжения.