Переход на сторону императора нескольких крупных военачальников и успешная оборона замка Тихая помогли императору свергнуть власть сиккэнов.
Для рода Ходзё 1333 год оказался роковым. Император Го-Дайго возглавил восстание и вместе с могущественнейшими представителями военных родов сокрушил власть Ходзё и истребил почти всю верхушку этого клана. Многие знаменитые побежденные покончили жизнь самоубийством. Вместе с ними по пути смерти пошли их семьи, а также и вассалы, не желавшие после гибели своих господ жить с позором, благодаря милости победителей. Ходзё, являвшиеся потомками рода Тайра, опять пострадали от клана Минамото, провинциальной ветвью которого управлял полководец Асикага Такаудзи (1305–1358).
Триумфальное возвращение к власти опального Го-Дайго в японской истории получило название «реставрация Кэмму» (1334–1336), то есть восстановление власти императора в годы Кэмму. Однако попытка Го-Дайго взять на себя всю полноту власти, оттеснив от нее самураев, совершенно не устраивала военных, которые этой властью реально обладали.
В стане победивших началась новая борьба за главенство в стране. Одну мощную группировку возглавил Асикага Такаудзи, поднявший мятеж против императора, другую, менее могущественную, но такую же воинственную, — Нитта Ёсисада (1301–1338), также из рода Минамото, сначала назначенный Го-Дайгс командующим левым крылом стражи внешнего дворца, а затем — полководцем императора, и Кусуноки Масасигэ, которому Го-Дайго доверил командование императорской армией. Каждая группировка преследовала в военном противостоянии свои интересы.
Обладавшие более многочисленным войском, Асикага были намного сильнее сторонников императора. На завершающей стадии противоборства двух враждебных группировок, когда войска Асикага подошли к Киото, Масасигэ предложил императору временно оставить столицу, чтобы набраться сил и партизанскими методами борьбы обескровить врага. Го-Дайго отверг это предложение, приказав принять бой около Минатогава (провинция Сэтцу, современная префектура Хёго, около города Кобэ). Масасигэ, как опытный воин, понимал, что поражение неминуемо, однако противиться приказу не стал. Битва на реке Минато (Минатогава но татакай) была проиграна. Масасигэ, члены его клана и оставшиеся воины, всего 73 человека, могли еще уйти от врага, но решили испить чашу поражения до дна, покончив собой, чтобы не нарушить принципа верности своему благодетелю и не спасать жизнь ценой позорного плена. Честь воина в то время часто отступала перед вероломством. Перед смертью Масасигэ обратился к своему брату Масасуэ с вопросом, в качестве кого он хотел бы возродиться после кончины. «Я хочу возродиться человеком еще семь раз, чтобы расправиться с врагами императора», — заявил тот. «Я думаю точно так же», — произнес в ответ Масасигэ.
Масасигэ и его вассалы совершили обряд самоубийства путем харакири, чем прославили себя на века как верные слуги императора. Этот случай считается в истории Японии одним из самых благородных примеров верности долгу.
В 1336 году Го-Дайго силой был отстранен от управления страной и вынужден был вместе со своим окружением бежать на юг Японии, в Ёсино, где провозгласил себя главой Южной династии (Южного двора). В 1338 году вместо бежавшего императора Асикага Такаудзи возвел на престол четырехлетнего императора Комё и от его имени был провозглашен сегуном. Так был основан второй сёгунат — Асикага бакуфу Время господства второго сёгуната называлось также периодом Муромати, по названию одного из районов города Киото, в котором находились основные учреждения бакуфу. Такаудзи стал первым сегуном нового военного правительства. Принц Коме царствовал с 1336 по 1348 год, но официально был возведен на трон лишь в 1338 году. Коме стал управлять Северной династией (Северным двором), резиденция которой находилась, так же как и ставка сёгуната, в Киото. Такое существование двух дворов именовалось Намбокутё дзидай — Период Северного и Южного дворов. Оно сопровождалось постоянной борьбой за главенство между ними и длилось до 1392 года, пока Асикага не упразднили южную императорскую линию. А это было незаконно, так как Го-Дайго от престола не отрекался. Асикага Такаудзи расколол уникальную и непрерывную династию японских императоров, берущую свое начало якобы от божеств, перед Второй мировой войной историками-националистами рассматривался как одна из самых отрицательных фигур японской истории. В 1911 году правительство премьер-министра Кацура Таро убедило императора Мэйдзи издать указ, признающий Южный двор законным правящим институтом императорской линии в период раскола династии в XIV веке.