Но почти одновременно с торговцами на острова стали прибывать христианские миссионеры — проповедники римской католической церкви, в частности, священнослужители из монашеского ордена иезуитов (от латинского самоназвания Societas Jesu — Общество Иисуса), задачей которых было распространение католицизма, защита и упрочнение власти папства. Иноземных священнослужителей-католиков, принесших на острова христианство (кирисутокё), японцы начали называть «батэрэн», от португальского «падре». Первым в Японии начал читать проповеди испанец Франциск Ксавье (Франциско де Джавье, 1506–1552) с двумя братьями-иезуитами. Его католическая миссия (каторикку сэнкёси) была основана на юге Кюсю и просуществовала на островах с 1549 по 1551 год. Впоследствии христианские общины были основаны на Хонсю, но наиболее активно миссионеры действовали на юге Японии, особенно в городе Нагасаки.
У португальцев и испанцев был богатый опыт приобщения с помощью католических миссий других народов к христианству, с последующей организацией колоний на земле обращенных в свою веру, чем они вознамерились заняться и в Японии. Первоначально распространение христианства на Японских островах было затруднено в связи с языковым барьером, но очень скоро это препятствие было с успехом преодолено миссионерами. Христианская религия столь активно и напористо осуществляла свою пропаганду в Японии, что примерно до начала XVII века в католицизм было обращено около трехсот тысяч японцев.
Христианами становились не только простые японцы — крестьяне и горожане, но и даймё со своими самураями. Организация любой миссии в той или иной провинции Японии всегда была связана с разрешением на это ее феодального владетеля, чем пользовались католические миссионеры, стараясь приобщить к христианству, прежде всего, князей. К 1579 году христианство приняли уже шесть даймё. Их называли кириситан даймё — христианские князья. Первым японским князем, принявшим христианство и крещеным в 1563 году, стал хозяин района Соноги провинции Хидзэн (часть современной префектуры Нагасаки) Омура Сумитада, получивший после крещения христианское имя Дом Бартоломео. Наиболее крупной среди даймё фигурой, приобщившейся к католичеству, был Отомо Сорин (Дом Франциско) из провинции Бунго (часть современной префектуры бита).
Отомо Сорин был самым могущественным князем Кюсю. В 1578 году он принял крещение после многолетней дружбы с иезуитами. Несколько даймё стали христианами под влиянием друзей и наущению других феодалов. Такаяма Укон (Дом Джусто), крещенный в 1564 году, повлиял в принятии христианства на Гамо Удзисато (Дом Леао). Вместе они убедили креститься даймё из провинции Харима (современная префектура Хёго) Курода Ёситака (Дом Симеао), сторонника Ода и Хидэёси. Христианином был известный военачальник Хидэёси Кониси Юкинага (Дом Агостиньо). Очевидно, он стал католиком под влиянием своего отца Кониси Рюса Иоахима, служившего интендантом в армии Хидэёси. Естественно, крещеные князья содействовали религиозной агитации иезуитов на своих территориях, а также обращению своих людей в христианство. Иногда даймё-христиане с помощью силы или запугивания принуждали членов подчинявшихся им кланов принимать католичество.
Для христианских миссий выгода от такого союза с даймё была несомненной. Омура Сумитада, к примеру, не только разрешил португальским торговым судам заходить в гавани его владения, но и в 1580 году позволил иезуитам хозяйничать в районе порта Нагасаки.
В 1582 году в интересах христианских даймё вместе с иезуитом отцом Алессандро Валигано, который инспектировал католические миссии в Японии, в Европу ко двору короля Испании Филиппа II и в резиденцию папы Григория XIII в Рим (в Ватикан) отправились четверо юношей (Ито Манчио, Тидзива Мигель, Накаура Джулиано и Хара Мартиньо). Эта миссия с японскими посланцами получила наименование Тэнсё кэнъо сисэцу, по названию годов Тэнсё (1573–1592). Иезуиты преследовали свои цели. Они хотели, чтобы папа видел, как хорошо работают миссионеры в Японии, знал, что иезуиты заняли там ключевые позиции и выделил бы для священнослужителей денежные субсидии. Пользу получали и японцы — это была их первая ознакомительная поездка в Европу, во время которой посланники побывали в Испании, Португалии и Италии. Однако феодальные князья, прежде всего, были даймё, а уже потом христианами. Исключением из этого ряда был Такаяма Укон, безгранично преданный христианской вере почти всю свою сознательную жизнь. Приняв христианство еще в детстве вместе с родителями, он не отказался от него после объявления этой религии в Японии вне закона, за что был изгнан из страны в 1614 году. Такаяма Укон умер в ссылке в Маниле через год.