Несогласие с волей монарха, а тем более открытый протест против него — это был на то время ответственный и чрезвычайно рискованный шаг. Каждый, даже очень мощный феодал, идя наперекор великому князю, королю, особенно такому властолюбивому, как Сигизмунд III Ваза, ставил на карту все: свою политическую карьеру, положение в обществе, материальное благополучие.
Конечно, Лев Сапега не был аскетом и совершенно не хотел расставаться со своими привилегиями. И все же, невзирая на опасность, он мужественно принял вызов монарха. Значит, можно предположить, что судьбу, в том числе белорусского народа, сохранение его самобытной культуры, традиций и выполнение государственных законов он ставил выше собственного благополучия.
Конфликт между Сигизмундом III Вазой и Львом Сапегой из-за Виленского епископства интересен еще одним обстоятельством. Он позволяет понять все величие личности канцлера. Как известно, Лев Сапега в 1586 году принял католическую веру и, казалось бы, по логике тех времен, должен был бы защищать интересы своей конфессии, способствовать ее укреплению. Однако, как это ни странно, канцлер поставил на первое место не конфессиональные, а политические интересы своего государства. Символически звучат слова Льва Сапеги, высказанные им в письме к Христофору Николаю Радзивиллу: «Я католик и по милости Божией католиком хочу умереть, но покой Отчизны своей до конца дней моих стеречь буду».
Выбор, сделанный Львом Сапегой, — уникальный случай в истории средневековых государств и деятельности тогдашних европейских политиков. Позиция канцлера — это патриотизм высочайшей пробы, подтверждение того, что Лев Сапега никогда, ни при каких условиях не торговал Родиной.
Сигизмунд III Ваза, столкнувшись с поистине железной волей великого канцлера, был вынужден, наконец, согласиться с ним. При решении даже незначительных вопросов на территории Великого Княжества Литовского он, хотя и без особых симпатий к принципиальному Льву Сапеге, должен был считаться с его мнением, отсылая ему все бумаги и грамоты для предварительного согласования. Ни один документ монарха с этого времени без канцлерской подписи и печати Великого Княжества Литовского не имел сил на землях государства.
Вследствие напряженных отношений с Сигизмундом III Вазой Лев Сапега свое материальное благополучие улучшал, пользуясь нередко услугами королевской тети — Анны из Ягеллонов. Канцлер присылал ей подарки, а она, со своей стороны, ходатайствовала перед племянником, помогая Льву Сапеге получать новые земли и привилегии. До настоящего времени сохранились два письма Анны к Льву Сапеге (за 20 октября и 29 декабря 1589), которые как раз и дают представление о характере взаимоотношений между ними.
Однако если частные проблемы Льву Сапеге удавалось решать обходными путями и, как видно, довольно тривиально, то защита общегосударственных интересов Княжества требовала от него смелых действий, воли и личного мужества.
Опасность потери Княжеством независимости из-за беспрестанных претензий польских панов на его земли фактически никогда не исчезала — ни в течение канцлерства Льва Сапеги (даже после того, как он нашел «общий язык» с Сигизмундом), ни позже. История сохранила сведения о многочисленных схватках канцлера с польскими панами. О некоторых из них следует сказать несколько слов.
Весной 1590 года, когда срочно понадобились средства для усиленных войск на южных рубежах, поляки настаивали на внеочередном поборе именно с белорусских земель, сами же ничего не желали давать. Лев Сапега испортил много крови и нервов, пока отвел эту угрозу от Княжества, которая, кажется, угрожала ему полным разорением. Но, как свидетельствовали последующие события, совсем ненадолго.
Уже в мае 1590 года канцлеру снова пришлось сражаться с польскими сенаторами. Во время Варшавского Генерального Вального сейма при разделе «господ» (владений) поляки лезли из кожи, чтобы обмануть Панов-Раду Великого Княжества Литовского и лицемерно обобрать их, захватив лучшие куски. Только приезд в Варшаву Христофора Радзивилла Перуна и его авторитет помогли Льву Сапеге на тот момент остановить неприкрытое давление поляков.
Как видно, совсем не случайно, что польские паны люто ненавидели его. И, наоборот, в глазах ВКЛ авторитет канцлера как политика и борца за великокняжеские интересы увеличивался с каждым годом.
Популярности Льва Сапеги среди населения Великого Княжества не мог не заметить и Сигизмунд III Ваза, в планы которого в начале 90-х годов XVI века входило укрепление связей Польши с Австрией. Польские магнаты во главе с коронным канцлером Яном Замойским, не желая видеть при дворе иностранцев, не поддержали намерений короля и великого князя и выступили против его планов жениться на Анне Г абсбургской.