Преодолевая неимоверные трудности, Лев Сапега в это время много сил отдает урегулированию конфликтов между знатью, непрерывно ведет переговоры с протестантами, встречается с лидером белорусских евангеликов — Андреем Воляном, обеспечивает охрану южных рубежей, начинает упорядочение главного архива Княжества — Литовской метрики. Он решает чрезвычайно существенный вопрос об участии Великого Княжества Литовского в антитурецкой коалиции христианских государств, которая создавалась в середине 90-х годов XVI века под эгидой Папы Римского Климента VIII.
Через какое-то время из Швеции пришло сообщение о переносе срока коронации на более позднее время, на середину января 1594 года. Причиной послужило отрицательное отношение тамошнего дворянства к королю-католику. Но не это насторожило Льва Сапегу. На шведскую корону неожиданно предъявил претензии Карл, дядя Сигизмунда III Вазы. Возникла реальная угроза войны ВКЛ и Польши со Швецией, что создавало большую опасность для Княжества, так как здесь в 1594 году началась широкая волна выступлений крестьянской бедноты.
Наибольшие хлопоты канцлеру принесли казацкие отряды Лободы и Наливайко, что безжалостно грабили белорусские и украинские города и имения знати, дотла выжигали деревни, разрушали поселения, не жалея, рубили малых и старых, бесчестили женщин и девушек. О варварской жестокости «наливайковцев», которые совершили дикий шабаш в Могилеве, автор древней «Баркулабовской хроники» писал так: «Сожгли славный город Могилев, места божественные, дома, магазины, тюрьму. Всего уничтожили около 500 домов и 400 магазинов с большими богатствами… Мещан, бояр и очень почтительных людей, как мужчин, так и женщин, и малых ребятишек, побили, порубили, осквернили. Кроме того, из магазинов и домов забрали множество богатств».
Лев Сапега и Христофор Радзивилл организовали сопротивление казацким отрядам. Во главе с Николаем Буйвидом и знаменитым кричевским старостой Богданом Соломерецким полки ВКЛ поделом рассчитались с «бунтовщиками» на Буйничском поле, под Могилевом. Главный преступник — Северин Наливайко — был позже пойман и казнен.
Лев Сапега и впредь всегда оставался сторонником сильного правового государства. Об этом ярко свидетельствует то, что он, произнося речь на Варшавском сейме 1597 года, осудил шляхетское восстание, которое возглавили Януш Радзивилл и Николай Зебжидовский. В своей речи канцлер подчеркивал, что ни закон, ни история не дают никому оснований добиваться чего-то от власти с помощью силы.
Лев Сапега, который был могилевским старостой, совершил жесткую расправу над зачинщиками восстания горожан в Могилеве, которое происходило в 1606–1610 годах. К нарушителям закона, кем бы они ни были, канцлер ВКЛ никогда не испытывал ни милосердия, ни сострадания.
Оказавшись на вершине власти, Лев Сапега во многом определял характер государственной политики в духовно-религиозной сфере, в отношениях между государством и церковью. От него зависело достижение согласия между конфессиями, что было делом чрезвычайно сложным. На то время в Беларуси существовало несколько религиозных течений: Католичество, Православие, Протестантизм, Иудаизм и Ислам. Каждое из них имело свои корни, собственную философию и ориентацию на определенный тип культуры. Лев Сапега прекрасно осознавал, что при таком конгломерате конфессий исключительно важно сохранять толерантность, одинаково ровно относиться ко всем верующим, уважать их церковно-религиозные права.
На религиозное положение в ВКЛ чрезвычайно повлияло учреждение в 1589 году Московской Патриархии. Церковные власти Московского княжества сразу же заявили о необходимости объединения под властью Москвы всех православных, в том числе и жителей ВКЛ. Все православные земли провозглашались московскими. Лев Сапега прекрасно осознавал, к чему на практике приведут декларации московских патриархов. А они свидетельствовали как раз о том, что давние претензии Москвы на земли Беларуси приобретают очертания политической программы.
Стремясь оградить интересы Великого Княжества Литовского, Лев Сапега активно поддержал проект региональной унии — соглашения между Православной церковью ВКЛ и Католическим костелом. Он имел целью таким образом сохранить духовно-культурную независимость страны, защитить белорусский народ и верующих от экспансии с Востока.
10 сентября 1595 года Лев Сапега написал чрезвычайно яркое письмо к князю Константину Острожскому, в котором давал князю совет воздержаться от публичных угроз в адрес церковных иерархов. Канцлер настоятельно рекомендовал строптивому князю проявлять сдержанность при подготовке межконфессионального соглашения, советовал не использовать оскорблений в адрес монарха, просил прекратить преследование владимирского епископа Ипатия Потея. Лев Сапега отмечал: «Отношение к церковному объединению — это твое личное дело. Но как можно ругать Папу Римского, называть его антихристом и неприятелем Слова Божьего, оскорблять всех католиков и святую соборную веру, угрожать королю покушением на его жизнь и утратой королевства, приравнивать монарха к еретикам и очернителям величества Божьего! А поскольку король — католик, то пугаешь его тем, что выставишь против него 20 тысяч солдат… Всего этого, мой милостивый господин, не надо делать. А я сам, хотя и добродетельный слуга и кровный вашей княжеской милости, но того одобрить не могу и искренне сожалею, что это от вас исходит».