Не обращая внимания на призывы и просьбы канцлера Льва Сапеги, значительная часть православных провела в Бресте альтернативный собор. Они осудили Унию и отмежевались от нового церковно-религиозного течения.
Лев Сапега не смог предотвратить нарастания вражды между конфессиями. Во всех спорных вопросах, которые возникали между православными и униатами после 1596 года, канцлер, как правило, поддерживал последних. В 1597 году он оказывал давление на Брестское и Виленское православные братства, а также на монахов Киево-Печерского монастыря, не принявших унии и оказывавших сопротивление расширению Униатства.
Канцлер жестоко расправился с виленскими православными мещанами — Григорием Ждановичем, Королем Лазаровичем и Иваном Порошкой, которые наладили тайные сношения с Московской православной церковью.
В конце XVI — начале XVII века Великое Княжество Литовское и Польское королевство начали длительную войну со Швецией. Король Сигизмунд III Ваза силой добивался наследственной короны после смерти его отца — шведского короля Иоанна III.
Чтобы лишить шведов поддержки со стороны Московского княжества и избежать одновременно войны с двумя государствами, власти ВКЛ и Польши приняли решение направить в Москву к Борису Годунову посольство с целью подписать «вечный мир». Ответственную миссию снова пришлось возглавить Льву Сапеге, за плечами которого был значительный дипломатический опыт.
27 сентября 1600 года посольство выехало из Вильно. В состав делегации кроме Льва Сапеги входили: Гальяш Пельгримовский — секретарь Княжества, Андрей Воропай — оршанский земский судья, Ян Сапега — витебский воеводич, Станислав Варшицкий — варшавский каштелян, а также паны — Николай Францкевич, Петр Дунин, Ян Боруцкий, Ян Пасек.
Путь к Москве и на этот раз был не легче, чем в 1584 году, так как московская сторона нарушала все статьи тогдашнего международного этикета, который предусматривал уважительное отношение к дипломатическим делегациям зарубежных стран. Послам даже не предоставляли должного ночлега и не выдавали необходимого количества продуктов. Но эти оскорбления и унижения в дороге были мелочью по сравнению с отказом царя Бориса Годунова принять Льва Сапегу вскоре после его прибытия в Москву 16 октября 1600 года.
Ссылаясь на болезнь ног, Борис Годунов намеренно затягивал начало переговоров. И только пожар в Москве 16 ноября, от которого чуть не пострадали послы, заставил московских бояр и царя согласиться на встречу.
Официальный прием у царя состоялся 26 ноября 1600 года, а непосредственные переговоры о статьях примирения начались неделей позже.
На второй сессии, которая открылась 4 декабря 1600 года, Лев Сапега объявил свои условия «вечного мира», которые включали 24 статьи. Все они детально перечислены в «Дневнике» Гальяша Пельгримовского.
Канцлер предлагал московской стороне следующее: короли польские и великие князья литовские — с одной стороны, и князья московские, вместе со всеми боярами — с другой стороны, впредь всегда должны жить в согласии. Если враг нападет на одну из союзных держав, то другая обязана помогать ей. Заключать мир или объявлять войну третьим странам надлежит только после предварительного взаимного согласования. Приобретенные во время совместных войн земли делить поровну. Позволить людям союзных государств свободно передвигаться по территории стран. Предоставить право жителям государств добровольно выбирать собственную веру. Воров, беглецов и других преступников возвращать без задержки их хозяевам. Держать на юге общую армию для защиты от татар и турок.
Именно вокруг статей «вечного мира» и начались острые дискуссии Льва Сапеги с тогдашними дипломатами: Иваном Татищевым, Стефаном и Иваном Годуновыми, Михаилом Оболенским и Василием Плащеевым. Переговоры с московскими боярами проходили чрезвычайно трудно. В наиболее сложной ситуации канцлер оказался 18 февраля 1601 года, когда в Москву прибыли шведские послы — Клаусон и Гендерсон, которых нарочно провезли с почетным эскортом мимо дома, где остановилась делегация Великого Княжества Литовского.
Несмотря на многочисленные сложности, Лев Сапега достиг желаемой цели. Предложенные им 24 статьи «вечного мира», после споров и согласований, были, наконец, приняты. 22-летний мир, чрезвычайно необходимый Великому Княжеству Литовскому, был подписан.
Как и требовал тогдашний международный этикет, в начале 1602 года к Сигизмунду III Вазе от московского князя приехал посол Михаил Салтыков-Морозов. Монарх ВКЛ и Польши со своей стороны закрепил результаты договоренностей.