Аракчеев хотел делать счастливыми военных поселян по приказу, не спрашивая их, как они сами понимают свое счастье. Аракчеев не ограничивался только изданием своих приказов и инструкций, но неуклонно требовал точнейшего их исполнения. За нарушение предписаний не было спасения от наказания ни низшим, ни высшим по рангу. В Аракчееве сочетались неимоверная жестокость, безграничная лживость и беззастенчивость. Когда виноватого даже в самой незначительной провинности наказывали шпицрутенами, Аракчеев после экзекуции сам осматривал спину не ради того, чтобы облегчить страдания наказанного. Если он находил на теле мало кровавых подтеков, то приказывал пороть того, кто недостаточно усердно наказывал.
Военные поселяне скоро поняли в какую беду попали и что их ожидает в будущем. Они не могли свободно распоряжаться не только своим хозяйством, работой, но даже своими детьми. Военный поселянин не мог продавать продукты своего хозяйства, не мог отлучаться из поселения, перестроить свой дом, не мог заниматься ремеслом или торговлей. Бесправие было условием его существования. Без разрешения военного начальства он не мог жениться или женить своих детей. Если кто, по мнению начальства, не был «хорошего поведения», батальонный командир докладывал Аракчееву о его пороках; такого исключали из военного поселения и ссылали в дальние гарнизоны, дабы это служило примером для других. Старообрядцев в военных поселениях заставляли сменить обычаи, брить бороду и т. п. Это приводило к тому, что целые семейства раскольников кончали самоубийством. Недовольство поселян переходило в ропот, а ропот — в волнения. К началу царствования Николая I военные поселения достигли внушительных размеров и были созданы также в Петербургской, Новгородской, Слободско-Украинской, Екатеринославской, Херсонской, Ярославской и других губерниях, протянувшись на север и на юг.
Однажды, когда Николай I проезжал Новгородскую губернию, толпа крестьян остановила царский кортеж и просила, чтобы их пощадили. «Пусть возьмут наши дома и имущество, но только не сделали бы из нас военных поселян. Прибавь нам, государь, подать, требуй из каждого дома по сыну на службу, отбери у нас все и вывези в степь, мы охотно согласимся, у нас есть руки, мы и там примемся работать и там примемся работать и там будем жить счастливо, но не тронь нашей одежды, обычаев отцов наших, не делай нас всех солдатами» — жаловались крестьяне царю.
Когда положение военных поселян стало невыносимым, они послали в Петербург выборных людей с просьбой отменить военные поселения и «защитить от Аракчеева». Всесильный Аракчеев велел схватить крестьянских делегатов, у них отняли жалобу, написанную в сильных выражениях, и жестоко расправились с ними: кого повесили, колесовали, четвертовали. Были еще попытки жаловаться, но после всех неудач поселяне стали решительнее действовать: отказывались переходить в новопостроенные селения, иные в отместку поджигали поселения. Борьба разгоралась более остро на юге, где казачество имело свои вольности и особые права.
В истории военных поселений было множество восстаний. Они вспыхивали с большей или меньшей силой то в северных, то в южных районах. Наибольшую известность получили Чугуевское и Шебелинское восстания и, наконец, в 1831 году произошло самое мощное массовое движение.
Непосредственной причиной восстания послужило то, что поселян в страдную пору хотели заставить косить сено — работу, которую они обязаны были делать безвозмездно. В субботу 11 июля возбуждение военно-рабочего батальона, расположенного в Старой Руссе, достигло крайнего напряжения. Они стали избивать своих начальников-офицеров, а также чиновников города и помещиков. Захваченных приводили на городскую площадь и после суда над ними казнили. Затем восставшие устремились в ближайшие окрестные военные поселения поднимать народ. Восстание охватило все окрестные округа. По селениям гремел набат. Генерал Эйлер, начальник поселенного корпуса, заместитель Аракчеева, стал стягивать войско — кадровые батальоны и артиллерию к Старой Руссе. Обманным путем, под предлогом смотра войскам, восстание было подавлено, после чего началась расправа. Суду было передано свыше пяти тысяч человек.
Вот как описывает очевидец сцены расправы с мятежниками-поселянами в 1831 году.
На место восстания были вызваны уланы и артиллерия. Генералы и сам Николай I были страшно напуганы случившимся. Вскоре прибыл генерал Данилов для наблюдения за экзекуцией. Он начал говорить солдатам, что бунтовщиков нельзя щадить, и кто окажет им малейшую снисходительность, того он сочтет за пособника и будут наказывать так же, как и восставших. «Стегайте их, шельмецов, без милосердия, по чему ни попало», — закончил он. Адъютант прочитал бумагу кого за что судили и к какому наказанию присудили. Сотни людей были присуждены к 4000, 3000 и 2000 ударов каждому. Картина была страшная: стон и плач несчастных, топот конницы, лязг кандалов и барабанный, душу раздирающий, бой. Многих избитых, лишившихся чувств, все-таки продолжали нещадно бить. Были случаи, когда у нескольких выпали внутренности. Раздавались мольбы о милосердии, о пощаде, но напрасно. У одного поселянина выхлестнули глаза; Морозова, который писал прошение от имени поселян, били нещадно и он не выдержал. Били до тех пор, пока не обломали палок, потом повели опять и остановили, когда опять обломали палки. Ему пробили бок, и он тут же скончался, не получив положенное ему число ударов. Генерала Данилова заменили генералы Стессель и Скобелев, и экзекуция продолжалась. Наказуемые умирали в невыносимых муках.