Целые батальоны работали на заготовлении шпицрутенов для кровавой расправы. Были случаи, когда между осужденными и солдатами, которые их наказывали, были родственные связи: брат бичевал брата, отец — сына.
Особенно упорно сопротивлялось казачество в украинских военных поселениях. Там урочная система работы вконец изматывала силы. Поселяне кончали самоубийством, убивали ненавистное начальство, жгли поселения, дезертировали. Чтобы освободиться от военных поселений, они перестали обрабатывать землю, заниматься хозяйством. Очевидец, декабрист Арбузов, рассказывает, как одна украинка бросила своего ребенка под колеса пушки, чтобы ему впоследствии не быть военным поселянином.
Можно было видеть старых солдат, которые упорно сопротивлялись, умирая под пытками. Они просили своих сыновей, свидетелей их агонии, сопротивляться, когда до них дойдет очередь пострадать. Можно было видеть женщин, бросавших своих грудных детей под ноги коней, крича, что лучше им быть раздавленными, чем страдать в этом новом рабстве. Был и такой случай. Казак, которому угрожали в случае сопротивления прогнать сквозь строй нескольких тысяч шпицрутенов, попросил несколько минут на размышление. Это был человек уважаемый в деревне, его свободному согласию придавали большое значение. Ему дают несколько минут. Он возвращается с мешком, открывает его и кладет два трупа своих детей, которых он только что убил, сказав: «они не будут вонными поселянами». Затем он снял одежду и заявил палачам: «Я готов». Другой старик проклял своего сына за то, что тот пытался просить пощады. Были и другие факты, которые показывали, с каким упорством крестьяне боролись против свалившейся на них беды и с какой жестокостью царизм подавлял это отчаянное сопротивление.
Известия о восстании военных поселян обсуждались декабристами. Члены Союза спасения подняли вопрос о цареубийстве. А. Муравьев предложил воспользоваться сопротивлением крестьян. И. Якушин, возмущенный известиями о дикой расправе над людьми, отдал себя в распоряжение восставших.
Восстания военных поселян оказывали глубокое влияние на революционную идеологию декабристов. А.М. Муравьев писал, что Россия, в награду за свои героические усилия в 1812 году, получила военные поселения. Возмущались ими и Батенков, Штейнгель, Каховский, Пестель. Декабристы собирали сведения о военных поселениях, о происходивших в них событиях. Они считали, что военные поселения — это новая форма закрепощения крестьян, это бедствие, постигшее русский народ, а потому борьба с поселениями входила в их общий план борьбы с самодержавием. Некоторые декабристы (Лихарев, Давыдов, Батенков) сами служили в военных поселениях и видели все своими глазами.
Впоследствии Николаю I стало известно, что в 1825 году у декабристов был план отступления из столицы в недовольные военные поселения, где можно было поднять народ против самодержавия.
Деспотический российский самодержец испугался размеров Новгородского восстания. Военные поселения, стоившие казне миллионы рублей, приходили в упадок, а расходы на армию не уменьшались. Год от года «хозяева» нищали: караулы, учения, работы по прокладке дорог, осушение болот и т. п. не давали возможности поселянам заниматься хозяйством. Это было убыточное предприятие в финансовом отношении. Недостаток средств помешал реализовать идею военных поселений в широком масштабе. Они не разрешили проблемы комплектования армии, потому что рекрутская повинность не только не была отменена, как предполагалось, но и не была сокращена. Вместо надежной опоры самодержавию в его борьбе с ростом революционного движения в стране, военные поселения сами явились новым рассадником брожения среди народа.