Пока проводились эти перестройки, у Кука, занятого наблюдением за всеми приготовлениями к экспедиции и набором команды для плавания, произошли неприятности. Официальный вариант его судового журнала с "Индевора" готовился к публикации. Но сам Кук не был допущен к столь тонкой литературной работе, поскольку был простым грубым моряком, а ведущее светило из литературных кругов и закадычный друг доктора Джонсона - некий доктор Джон Хоксуорт был призван, чтобы навести необходимый лоск, - либо обманным путем сам получил это поручение, - и если верно было второе, то ради гонорара в 6000 фунтов за эту работу, целое состояние по тем временам, стоило смошенничать.
Хоксуорт был педантичным идиотом с необузданным воображением, и конечным результатом его работы явилась пародия на то, что написал Кук. Предполагалось, что с Куком будут проводиться консультации. Но Хоксуорт не обратил на это внимания, издал журнал таким, каким он у него получился, игнорируя возражения Кука и не дав ему возможности просмотреть или отредактировать его перед публикацией. К счастью для Кука, перед тем как вышла книга, он был в море. Заметим мимоходом, что некий доктор Биглхоул выпустил неадаптированное издание журнала Кука за несколько лет до этого. Этот вариант настолько лучше, ибо кажется невероятным, что кто-нибудь, кроме профессиональных историков, когда-либо захочет прочитать книгу Хоксуорта.
В то же самое время у Кука произошли неприятности с Королевским обществом, члены которого выразили свое разочарование результатами прохождения Венеры. Верно, что большая часть их критики была направлена на Грина, но Грин был мертв, и Кук чувствовал необходимость вступиться за него, и делал это с таким гневом и горечью, что его реплики были исключены из официального выпуска Журнала.
А тем временем перестройка на борту "Резольюшен" была закончена. Ее влияние на устойчивость корабля было гибельным. Центр тяжести корабля сместился, и он готов был опрокинуться даже в относительно спокойном море. Лоцман, проводящий его по Темзе, отказался поднять все паруса, чтобы судно не перевернулось, и сказал, что будь он проклят, если корабль вообще выйдет в море. Лейтенант Кларк, который участвовал в этом весьма устрашающем испытании, писал: "Клянусь, я пошел бы в море и в лохани, если понадобится, или на "Резольюшен", если вам это понравится, но должен сказать, я считаю, что это самое ненадежное судно, которое я когда-либо видел или о котором слышал".
Очевидно, Адмиралтейство думало точно так же, потому что оно приказало отвести его обратно в док и убрать все новые надпалубные постройки. Сообщали, что Банкс, увидев это, "ругался и топал ногами на верфи как сумасшедший" и написал в Адмиралтейство, обругав всех за их поступок и требуя, чтобы тотчас же предоставили более крупный корабль. Похоже, Адмиралтейство уже было сыто по горло Банксом, его нахальством и неоднократным проявлением мании величия, и ему указали, что данная экспедиция устраивается не только для его пользы, а если он думает, что это так и он руководитель и начальник всего предприятия, то он глубоко ошибается. Банкс отправился в частную экспедицию в Исландию. Однако интересно, что дружба между ним и Куком не пострадала: когда Кук возвратился из своего второго путешествия, никто не встречал его так тепло и восторженно, как Банкс.
Ученых и художников, которые в полном составе отбыли с Банксом, надо было кем-то заменить. Возглавлял группу ученых знаменитый немецкий натуралист Джон Рейнхолд Форстер, сварливый и узколобый ханжа, который жаловался на все и на всех с того момента, как взошел на корабль. Но он был настоящим ученым, в этом нет сомнения. С ним был его сын Джордж, с более приятным характером, которому предстояло выполнять функции художника-натуралиста. Уильям Ходжез был приглашен в качестве художника-пейзажиста; также был взят в команду астроном из Совета по долготе, некий Уильям Уэллс, который вместе с Куком должен был испытать качества хронометра нового типа, измеряя долготу в море. (Другой астроном, Уильям Бейли, выполнявший те же задачи, находился на борту "Эдвенчура".)
13 июля, через год и день после того, как Кук вернулся на "Индеворе", "Резольюшен" и "Эдвенчур" отплыли из Плимута.
Путешествие на юг, в Кейптаун, прошло относительно спокойно. Кук потерял одного матроса, упавшего за борт, а Фюрно - двух матросов, которые заразились лихорадкой во время остановки на островах Зеленого Мыса. (Еще раньше они сделали остановку на Мадейре, чтобы набрать свежих фруктов и овощей и, конечно, пополнить запас мадеры.)
В Кейптаун они прибыли 30 октября. К огорчению Кука, запасы, заказанные заблаговременно, еще не прибыли, и ему пришлось около месяца их ожидать. Пока он находился там, он узнал новости о действиях французских кораблей в Индийском и Тихом океанах. Ходил слух о том, что два корабля из Маврикия обнаружили землю в южном направлении от Маврикия, но это было не так, но на 48-й параллели южной широты, вот это было верно. Два других французских судна, под командованием некоего Мариона Дюфрена, прибыли в Новую Зеландию в марте 1772 года. В июне их руководитель был убит маори в заливе Пленти, и французы уплыли обратно, дав острову название Острель-Франс и объявив его владением французского короля, не зная, что Кук уже объявил его владением Британской короны. Но в отличие от Кука они не обошли остров кругом и не нанесли его на карту.
Находясь в Кейптауне, Форстер встретил прославленного шведского ботаника, бывшего ученика Линнея, Андерса Спармана и попросил разрешения Кука взять его с собой. Тот дал согласие. О беззаботном отношении к путешествиям в те времена может свидетельствовать то, что человек, занимающийся ботаникой в Кейптауне, может почти случайно попасть на корабль, который, как его заранее предупредили, в последующие два года будет находиться далеко от цивилизованных мест.
Полностью укомплектовав запасы продовольствия для длительного морского путешествия - среди груза был всевозможный скот обоих полов для расселения по островам Тихого океана, 22 ноября оба корабля вышли в море. Первоначальным намерением Кука было попытаться найти остров со странным названием - остров Обрезания. Кук полагал, что это остров; разумеется, он мог бы оказаться полуостровом легендарного Южного материка. Считалось, что он находится около 1700 миль к югу от мыса Доброй Надежды и был замечен капитаном Буве, а у него была репутация человека, которому можно верить; возможно, что этот остров каким-то образом связан с недавно открытым островом Кергелена, который находился приблизительно на той же широте, но значительно восточнее, - может быть, он являлся частью Южного материка.